<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">If the H-atom is constituent of a molecule (e.g. H2O), then you could also try moving the molecule coordinates and see how it goes.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">I had a similar issue, but moving the molecule by an angstrom worked in my case. Good luck!</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Regards,</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Kester</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><div style="margin-top:30px;margin-left:0.8em;font-size:12px;font-family:돋움,arial;color:#0066CC;font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-size:12px;border-left-style:solid;border-left-width:2px;margin-bottom:0pt;margin-left:0.8em;margin-right:0pt;margin-top:0pt;padding-left:1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : Lovika Moudgil &lt;lovikamoudgil@gmail.com&gt;<br><b>받는사람</b> :  &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b>받은날짜</b> : 2014년 8월 25일(월) 13:52:49<br><b>제목</b> : Re: [gmx-users] mdrun error<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><pre>Thanks for reply Justin and Kester...Ya my geometry is getting distorted
and I tried to change the coordinates of atom 19 i.e Hydrogen ...but the
error is same!!!!


Regards
Lovika


On Mon, Aug 25, 2014 at 7:09 AM, Kester Wong <kester2014@ibs.re.kr> wrote:

&gt; Dear Lovika,
&gt;
&gt;
&gt; Have you looked into atom 19 specifically? Perhaps, changing the
&gt; coordinate of atom 19  manually, and let it do another minimisation run
&gt; would solve the issue?
&gt;
&gt;
&gt;
&gt; Regards,
&gt;
&gt; Kester
&gt;
&gt;
&gt; --------- 원본 메일 ---------
&gt;
&gt; *보낸사람* : Lovika Moudgil <lovikamoudgil@gmail.com>
&gt; *받는사람* : <gmx-users@gromacs.org>
&gt; *받은날짜* : 2014년 8월 24일(일) 18:28:06
&gt; *제목* : [gmx-users] mdrun error
&gt;
&gt; Hi everyone ,
&gt;
&gt; Need some help .I have got an error in my mdrun . Upto grompp every thing
&gt; was fine but when I give command for mdrun ,It stops with this ...
&gt; Steepest Descents:
&gt;    Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
&gt;    Number of steps    =        10000
&gt; Step=   14, Dmax= 1.2e-06 nm, Epot=  2.08534e+18 Fmax=         inf, atom= 19
&gt; Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
&gt; requested precision Fmax &lt; 1000 (which may not be possible for your system).
&gt; It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
&gt; small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
&gt; regard the minimization as converged to within the available machine
&gt; precision, given your starting configuration and EM parameters.
&gt;
&gt; Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
&gt; needed for preparing to run molecular dynamics.
&gt; You might need to increase your constraint accuracy, or turn
&gt; off constraints altogether (set constraints = none in mdp file)
&gt;
&gt; writing lowest energy coordinates.
&gt;
&gt;
&gt; Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
&gt; but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.
&gt; Potential Energy  =  2.0853354e+18
&gt; Maximum force     =            inf on atom 19
&gt; Norm of force     =  1.7429674e+18
&gt;
&gt; constraints are all ready none ...Please help me what should I do to solve
&gt; this .
&gt; Thanks and Regards
&gt; Lovika
&gt; --
&gt; Gromacs Users mailing list
&gt;
&gt; * Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!
&gt;
&gt; * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
&gt;
&gt;
&gt; * For (un)subscribe requests visithttps://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
&gt;
&gt;
&gt;
&gt; --
&gt; Gromacs Users mailing list
&gt;
&gt; * Please search the archive at
&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before
&gt; posting!
&gt;
&gt; * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
&gt;
&gt; * For (un)subscribe requests visit
&gt; https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or
&gt; send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
&gt;
&gt;
-- 
Gromacs Users mailing list

* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!

* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists

* For (un)subscribe requests visit
https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
</gmx-users@gromacs.org></lovikamoudgil@gmail.com></kester2014@ibs.re.kr></pre></div><!-- original content --><br></div></blockquote></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/Njg0MjMy/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />