<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Dear David,&nbsp;</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Thanks for the reply! I was wondering if you have had the same issue with this force field, such that you could only use one domain for all the SWM4-NDP calculations?</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Knowing that I could only use one MPI rank, is there a way to get the calculation work on two nodes? One of my systems has 10k water molecules :(&nbsp;</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Regards,</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Kester</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><div style="margin-top:30px;margin-left:0.8em;font-size:12px;font-family:돋움,arial;color:#0066CC;font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-size:12px;border-left-style:solid;border-left-width:2px;margin-bottom:0pt;margin-left:0.8em;margin-right:0pt;margin-top:0pt;padding-left:1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<br><b>받는사람</b> :  &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b>받은날짜</b> : 2014년 9월 19일(금) 02:11:26<br><b>제목</b> : Re: [gmx-users] Problem with: Shell particles are not implemented with domain de<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><pre>On 2014-09-18 14:26, Justin Lemkul wrote:
&gt;
&gt;
&gt; On 9/18/14 8:01 AM, Kester Wong wrote:
&gt;&gt; Dear gromacs users,
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Has anyone experienced a problem with running polarisable water model
&gt;&gt; SWM4-NDP
&gt;&gt; with the following warning: Shell particles are not implemented with
&gt;&gt; domain
&gt;&gt; decomposition?
&gt;&gt;
&gt;
&gt; Out of curiosity, what is the source of your SWM4-NDP topology?
http://virtualchemistry.org/pol.php

&gt;
&gt;&gt; The md.log also stated the following: Number of hardware threads
&gt;&gt; detected (12)
&gt;&gt; does not match the number reported by OpenMP (1). I don't think this
&gt;&gt; is the
&gt;&gt; cause, as this message was also found in my other "working" calculations.
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; I have tried using OpenMP and also tried a variety of -ntmpi and
&gt;&gt; -ntomp settings.
&gt;&gt;
&gt;
&gt; The only valid option here is -ntmpi 1 and -ntomp equal to whatever
&gt; number of cores you're using.  Until I finish the DD implementation for
&gt; shells/Drudes, only OpenMP is supported here.
&gt;
&gt; -Justin
&gt;
&gt;&gt; The same calculation did not work in GROMACS versions 5.0 and 5.0.1,
&gt;&gt; in the
&gt;&gt; following cluster:
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Gromacs version:    VERSION 5.0.1
&gt;&gt;
&gt;&gt; Precision:          double
&gt;&gt;
&gt;&gt; Memory model:       64 bit
&gt;&gt;
&gt;&gt; MPI library:        MPI
&gt;&gt;
&gt;&gt; OpenMP support:     enabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; GPU support:        disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; invsqrt routine:    gmx_software_invsqrt(x)
&gt;&gt;
&gt;&gt; SIMD instructions:  NONE
&gt;&gt;
&gt;&gt; FFT library:        fftw-3.3.3
&gt;&gt;
&gt;&gt; RDTSCP usage:       disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++11 compilation:  disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; TNG support:        enabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; Tracing support:    disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; Built on:           Thu Sep 18 20:14:41 KST 2014
&gt;&gt;
&gt;&gt; Built by:           root@master.hpc [CMAKE]
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build OS/arch:      Linux 2.6.18-274.7.1.el5 x86_64
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU vendor:   GenuineIntel
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU brand:    Intel(R) Xeon(R) CPU           X3220  @ 2.40GHz
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU family:   6   Model: 15   Stepping: 11
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU features: apic clfsh cmov cx8 cx16 lahf_lm mmx msr pdcm pse
&gt;&gt; sse2 sse3
&gt;&gt; ssse3
&gt;&gt;
&gt;&gt; C compiler:         /usr/bin/cc GNU 4.1.2
&gt;&gt;
&gt;&gt; C compiler flags:      -Wextra -Wno-missing-field-initializers
&gt;&gt; -Wno-sign-compare
&gt;&gt; -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter
&gt;&gt; -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops   -O3 -DNDEBUG
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++ compiler:       /usr/bin/c++ GNU 4.1.2
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++ compiler flags:    -Wextra -Wno-missing-field-initializers
&gt;&gt; -Wpointer-arith
&gt;&gt; -Wall -Wno-unused-function   -fomit-frame-pointer -funroll-all-loops
&gt;&gt; -O3 -DNDEBUG
&gt;&gt;
&gt;&gt; Boost version:      1.55.0 (internal)
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Using 24 MPI processes
&gt;&gt; Using 1 OpenMP thread per MPI process
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; However, the same input files worked in another cluster (albeit very
&gt;&gt; slowly,
&gt;&gt; ~0.3ns/day).
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Gromacs version:    VERSION 5.0
&gt;&gt;
&gt;&gt; Precision:          single
&gt;&gt;
&gt;&gt; Memory model:       64 bit
&gt;&gt;
&gt;&gt; MPI library:        MPI
&gt;&gt;
&gt;&gt; OpenMP support:     enabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; GPU support:        disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; invsqrt routine:    gmx_software_invsqrt(x)
&gt;&gt;
&gt;&gt; SIMD instructions:  AVX_256
&gt;&gt;
&gt;&gt; FFT library:        fftpack (built-in)
&gt;&gt;
&gt;&gt; RDTSCP usage:       enabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++11 compilation:  disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; TNG support:        enabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; Tracing support:    disabled
&gt;&gt;
&gt;&gt; Built on:           Thu Aug 28 16:44:08 KST 2014
&gt;&gt;
&gt;&gt; Built by:           root@kant [CMAKE]
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build OS/arch:      Linux 2.6.32-431.23.3.el6.x86_64 x86_64
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU vendor:   GenuineIntel
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU brand:    Intel(R) Core(TM) i5-4670 CPU @ 3.40GHz
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU family:   6   Model: 60   Stepping: 3
&gt;&gt;
&gt;&gt; Build CPU features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma htt
&gt;&gt; lahf_lm
&gt;&gt; mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp
&gt;&gt; sse2 sse3
&gt;&gt; sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic
&gt;&gt;
&gt;&gt; C compiler:         /usr/bin/gcc GNU 4.4.7
&gt;&gt;
&gt;&gt; C compiler flags:    -mavx   -Wno-maybe-uninitialized -Wextra
&gt;&gt; -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith -Wall
&gt;&gt; -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter   -fomit-frame-pointer
&gt;&gt; -funroll-all-loops  -Wno-array-bounds  -O3 -DNDEBUG
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++ compiler:       /usr/bin/g++ GNU 4.4.7
&gt;&gt;
&gt;&gt; C++ compiler flags:  -mavx   -Wextra -Wno-missing-field-initializers
&gt;&gt; -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused-function   -fomit-frame-pointer
&gt;&gt; -funroll-all-loops  -Wno-array-bounds  -O3 -DNDEBUG
&gt;&gt;
&gt;&gt; Boost version:      1.55.0 (internal)
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Using 1 MPI process
&gt;&gt;
&gt;&gt; Using 16 OpenMP threads
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; Regards,
&gt;&gt; Kester
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;


-- 
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205.
spoel@xray.bmc.uu.se    http://folding.bmc.uu.se
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