Hello, (and thank you David) I think the answer lies in the use of the parameter -nmol 1. So the complete command line would be, genbox -cp out.gro -cs -ci tfe.gro -nmol 1 -o mshtfe1.gro Cheers, Pedro. -- Pedro Alexandre Lapido Loureiro Laboratório de Física Biológica Instituto de Biofísica UFRJ Brasil