[gmx-users] DNA simulation- Cannot fix pbc.
Mr.Sridhar
sridhar at www.cdfd.org.in
Thu Jun 5 16:01:01 CEST 2003
Dear GMX users,
I am trying to run MD simulation of a DNA molecule. I was using the
ffG43a1 forcefield. Initially the program was stopping because of
non-defined dihedral types. Because there was no dihedral type defined for
O1-P-O5-C5 of the deoxyribose in DADE,DCYT,DTHY and DGUA, I defined them
to be gd_11 which I felt is most appropriate.
I could solvate the protein and add 30 NA+ ions. But the MD run got
crashed giving some errors which I am not able to debug. I am attaching
the ("full.mdp") parameter file and the message ("log") generated by
mdrun. I'll be thankful if anyone of you can suggest me what to do.
Sincerely yours,
sridhar acharya.
-------------- next part --------------
;
; User spoel (236)
; Wed Nov 3 17:12:44 1993
; Input file
;
title = Yo
cpp = /lib/cpp
constraints = all-bonds
integrator = md
dt = 0.002 ; ps !
nsteps = 25000 ; total 50 ps.
nstcomm = 1
nstxout = 250
nstvout = 1000
nstfout = 0
nstlog = 100
nstenergy = 100
nstlist = 5
ns_type = grid
rlist = 0.9
rcoulomb = 0.9
rvdw = 1.4
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl = berendsen
tc-grps = DCYT DGUA DADE DTHY SOL NA+
tau_t = 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
ref_t = 300 300 300 300 300 300
; Energy monitoring
energygrps = DCYT DGUA DADE DTHY SOL NA+
; Isotropic pressure coupling is now on
Pcoupl = berendsen
Pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
ref_p = 1.0
; Generate velocites is off at 300 K.
gen_vel = no
gen_temp = 300.0
gen_seed = 173529
-------------- next part --------------
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 2.092667 (between atoms 83 and 84) rms 0.517678
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
6 20 37.4 0.1520 0.0909 0.1520
19 20 39.6 0.1520 0.1069 0.1520
20 21 90.0 0.1435 0.4365 0.1435
22 23 89.9 0.1480 0.2808 0.1480
22 24 89.9 0.1480 0.2810 0.1480
22 25 89.9 0.1610 0.3016 0.1610
25 26 35.5 0.1435 0.1640 0.1435
27 41 39.6 0.1520 0.0844 0.1520
40 41 42.6 0.1520 0.1076 0.1520
41 42 89.9 0.1435 0.4415 0.1435
43 44 89.9 0.1480 0.2842 0.1480
43 45 89.9 0.1480 0.2842 0.1480
43 46 89.9 0.1610 0.3049 0.1610
46 47 35.3 0.1435 0.1635 0.1435
48 62 38.2 0.1520 0.0852 0.1520
61 62 41.2 0.1520 0.1081 0.1520
62 63 89.9 0.1435 0.4397 0.1435
64 65 89.9 0.1480 0.2824 0.1480
64 66 89.9 0.1480 0.2808 0.1480
64 67 89.9 0.1610 0.3031 0.1610
67 68 35.3 0.1435 0.1635 0.1435
69 83 38.4 0.1520 0.0853 0.1520
82 83 41.4 0.1520 0.1082 0.1520
83 84 89.9 0.1435 0.4438 0.1435
85 86 89.9 0.1480 0.2848 0.1480
85 87 89.9 0.1480 0.2842 0.1480
85 88 89.9 0.1610 0.3054 0.1610
88 89 35.1 0.1435 0.1627 0.1435
90 108 37.1 0.1520 0.0860 0.1520
107 108 40.4 0.1520 0.1076 0.1520
108 109 89.9 0.1435 0.4368 0.1435
110 111 89.9 0.1480 0.2818 0.1480
110 112 89.9 0.1480 0.2812 0.1480
110 113 89.9 0.1610 0.3018 0.1610
113 114 35.2 0.1435 0.1631 0.1435
115 129 36.5 0.1520 0.0866 0.1520
128 129 39.9 0.1520 0.1084 0.1520
129 130 89.9 0.1435 0.4354 0.1435
131 132 89.9 0.1480 0.2806 0.1480
131 133 89.9 0.1480 0.2799 0.1480
131 134 89.9 0.1610 0.3009 0.1610
134 135 35.5 0.1435 0.1640 0.1435
136 150 40.2 0.1520 0.0838 0.1520
149 150 43.1 0.1520 0.1075 0.1520
150 151 89.9 0.1435 0.4408 0.1435
152 153 89.9 0.1480 0.2811 0.1480
152 154 89.9 0.1480 0.2831 0.1480
152 155 89.9 0.1610 0.3044 0.1610
155 156 35.3 0.1435 0.1634 0.1435
157 171 38.2 0.1520 0.0853 0.1520
170 171 41.2 0.1520 0.1080 0.1520
171 172 89.9 0.1435 0.4398 0.1435
173 174 89.9 0.1480 0.2830 0.1480
173 175 89.9 0.1480 0.2817 0.1480
173 176 89.9 0.1610 0.3035 0.1610
176 177 35.4 0.1435 0.1636 0.1435
178 192 38.5 0.1520 0.0852 0.1520
191 192 41.6 0.1520 0.1080 0.1520
192 193 89.9 0.1435 0.4437 0.1435
194 195 89.9 0.1480 0.2814 0.1480
194 196 89.9 0.1480 0.2833 0.1480
194 197 89.9 0.1610 0.3047 0.1610
197 198 35.1 0.1435 0.1627 0.1435
199 213 37.5 0.1520 0.0858 0.1520
212 213 40.6 0.1520 0.1082 0.1520
213 214 89.9 0.1435 0.4368 0.1435
215 216 89.9 0.1480 0.2816 0.1480
215 217 89.9 0.1480 0.2814 0.1480
215 218 89.9 0.1610 0.3019 0.1610
218 219 35.1 0.1435 0.1628 0.1435
220 234 36.3 0.1520 0.0869 0.1520
233 234 39.9 0.1520 0.1083 0.1520
234 235 89.9 0.1435 0.4356 0.1435
236 237 89.9 0.1480 0.2808 0.1480
236 238 89.9 0.1480 0.2807 0.1480
236 239 89.9 0.1610 0.3015 0.1610
239 240 35.6 0.1435 0.1644 0.1435
241 255 40.2 0.1520 0.0839 0.1520
254 255 42.8 0.1520 0.1078 0.1520
255 256 89.9 0.1435 0.4409 0.1435
257 258 89.9 0.1480 0.2818 0.1480
257 259 89.9 0.1480 0.2835 0.1480
257 260 89.9 0.1610 0.3046 0.1610
260 261 35.2 0.1435 0.1633 0.1435
262 276 37.8 0.1520 0.0856 0.1520
275 276 41.1 0.1520 0.1080 0.1520
276 277 89.9 0.1435 0.4396 0.1435
278 279 89.9 0.1480 0.2827 0.1480
278 280 89.9 0.1480 0.2825 0.1480
278 281 89.9 0.1610 0.3036 0.1610
281 282 35.4 0.1435 0.1637 0.1435
283 297 38.1 0.1520 0.0854 0.1520
296 297 41.3 0.1520 0.1081 0.1520
297 298 89.9 0.1435 0.4438 0.1435
299 300 89.9 0.1480 0.2836 0.1480
299 301 89.9 0.1480 0.2830 0.1480
299 302 89.9 0.1610 0.3030 0.1610
302 303 32.1 0.1435 0.1597 0.1435
325 343 40.4 0.1520 0.0888 0.1520
342 343 42.0 0.1520 0.1061 0.1520
343 344 90.0 0.1435 0.4433 0.1435
345 346 89.9 0.1480 0.2838 0.1480
345 347 89.9 0.1480 0.2836 0.1480
345 348 89.9 0.1610 0.3046 0.1610
348 349 35.3 0.1435 0.1634 0.1435
350 368 37.9 0.1520 0.0855 0.1520
367 368 40.8 0.1520 0.1080 0.1520
368 369 89.9 0.1435 0.4391 0.1435
370 371 89.9 0.1480 0.2823 0.1480
370 372 89.9 0.1480 0.2824 0.1480
370 373 89.9 0.1610 0.3033 0.1610
373 374 35.4 0.1435 0.1638 0.1435
375 393 38.3 0.1520 0.0852 0.1520
392 393 41.2 0.1520 0.1080 0.1520
393 394 89.9 0.1435 0.4433 0.1435
395 396 89.9 0.1480 0.2841 0.1480
395 397 89.9 0.1480 0.2842 0.1480
395 398 89.9 0.1610 0.3050 0.1610
398 399 35.1 0.1435 0.1628 0.1435
400 418 37.3 0.1520 0.0859 0.1520
417 418 40.3 0.1520 0.1080 0.1520
418 419 89.9 0.1435 0.4359 0.1435
420 421 89.9 0.1480 0.2813 0.1480
420 422 89.9 0.1480 0.2809 0.1480
420 423 89.9 0.1610 0.3015 0.1610
423 424 35.2 0.1435 0.1630 0.1435
425 441 36.4 0.1520 0.0866 0.1520
440 441 39.7 0.1520 0.1083 0.1520
441 442 89.9 0.1435 0.4351 0.1435
443 444 89.9 0.1480 0.2798 0.1480
443 445 89.9 0.1480 0.2808 0.1480
443 446 89.9 0.1610 0.3014 0.1610
446 447 35.5 0.1435 0.1643 0.1435
448 466 40.0 0.1520 0.0840 0.1520
465 466 42.5 0.1520 0.1077 0.1520
466 467 89.9 0.1435 0.4405 0.1435
468 469 89.9 0.1480 0.2839 0.1480
468 470 89.9 0.1480 0.2839 0.1480
468 471 89.9 0.1610 0.3047 0.1610
471 472 35.3 0.1435 0.1634 0.1435
473 489 37.7 0.1520 0.0856 0.1520
488 489 40.8 0.1520 0.1079 0.1520
489 490 89.9 0.1435 0.4399 0.1435
491 492 89.9 0.1480 0.2830 0.1480
491 493 89.9 0.1480 0.2827 0.1480
491 494 89.9 0.1610 0.3035 0.1610
494 495 35.4 0.1435 0.1638 0.1435
496 514 38.7 0.1520 0.0849 0.1520
513 514 41.3 0.1520 0.1081 0.1520
514 515 89.9 0.1435 0.4427 0.1435
516 517 89.9 0.1480 0.2846 0.1480
516 518 89.9 0.1480 0.2841 0.1480
516 519 89.9 0.1610 0.3051 0.1610
519 520 35.1 0.1435 0.1628 0.1435
521 537 37.3 0.1520 0.0859 0.1520
536 537 40.3 0.1520 0.1081 0.1520
537 538 89.9 0.1435 0.4367 0.1435
539 540 89.9 0.1480 0.2814 0.1480
539 541 89.9 0.1480 0.2810 0.1480
539 542 89.9 0.1610 0.3016 0.1610
542 543 35.2 0.1435 0.1630 0.1435
544 562 36.3 0.1520 0.0867 0.1520
561 562 39.6 0.1520 0.1082 0.1520
562 563 89.9 0.1435 0.4352 0.1435
564 565 89.9 0.1480 0.2806 0.1480
564 566 89.9 0.1480 0.2804 0.1480
564 567 89.9 0.1610 0.3013 0.1610
567 568 35.6 0.1435 0.1643 0.1435
569 583 40.3 0.1520 0.0839 0.1520
582 583 42.9 0.1520 0.1078 0.1520
583 584 89.9 0.1435 0.4415 0.1435
585 586 89.9 0.1480 0.2843 0.1480
585 587 89.9 0.1480 0.2834 0.1480
585 588 89.9 0.1610 0.3050 0.1610
588 589 35.3 0.1435 0.1633 0.1435
590 608 37.9 0.1520 0.0857 0.1520
607 608 40.8 0.1520 0.1079 0.1520
608 609 89.9 0.1435 0.4391 0.1435
610 611 89.9 0.1480 0.2823 0.1480
610 612 89.9 0.1480 0.2810 0.1480
610 613 89.9 0.1610 0.3031 0.1610
613 614 35.4 0.1435 0.1637 0.1435
615 633 38.3 0.1520 0.0852 0.1520
632 633 41.1 0.1520 0.1080 0.1520
633 634 89.9 0.1435 0.4431 0.1435
635 636 89.9 0.1480 0.2844 0.1480
635 637 89.9 0.1480 0.2840 0.1480
635 638 89.9 0.1610 0.3050 0.1610
638 639 35.1 0.1435 0.1628 0.1435
640 658 37.4 0.1520 0.0859 0.1520
657 658 40.4 0.1520 0.1078 0.1520
658 659 89.9 0.1435 0.4358 0.1435
660 661 89.9 0.1480 0.2807 0.1480
660 662 89.9 0.1480 0.2810 0.1480
660 663 89.9 0.1610 0.2997 0.1610
663 664 32.3 0.1435 0.1602 0.1435
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 4053338112.000000 (between atoms 583 and 584) rms 203826448.000000
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
5 6 87.3 0.1536 0.1761 0.1520
6 7 86.8 0.1449 0.1776 0.1435
6 20 117.5 0.0909 0.0611 0.1520
8 19 66.1 0.1532 0.2422 0.1520
19 20 46.4 0.1069 0.1832 0.1520
20 21 73.6 0.4365 0.1893 0.1435
25 26 76.7 0.1640 0.0730 0.1435
26 27 91.1 0.1536 0.3752 0.1520
27 28 87.6 0.1462 0.2588 0.1435
27 41 59.3 0.0844 0.0616 0.1520
29 40 68.1 0.1535 0.2409 0.1520
40 41 39.4 0.1076 0.1576 0.1520
41 42 69.2 0.4415 0.1801 0.1435
46 47 77.0 0.1635 0.0734 0.1435
47 48 91.0 0.1535 0.3750 0.1520
48 49 87.6 0.1460 0.2594 0.1435
48 62 54.1 0.0852 0.0732 0.1520
50 61 65.4 0.1534 0.2399 0.1520
61 62 40.2 0.1081 0.1550 0.1520
62 63 72.0 0.4397 0.1837 0.1435
67 68 99.4 0.1635 0.2646 0.1435
68 69 90.2 0.1535 9.7390 0.1520
69 70 84.9 0.1459 9.7561 0.1435
69 83 158.4 0.0853 11.5367 0.1520
70 71 92.5 0.1443 1.6885 0.1435
71 72 68.0 0.1486 0.5685 0.1480
71 82 92.5 0.1533 8.3750 0.1520
72 73 42.4 0.1403 0.1959 0.1400
72 74 38.3 0.1403 0.1887 0.1400
82 83 43.7 0.1082 13.9682 0.1520
83 84 93.8 0.4438 134.0894 0.1435
85 88 30.3 0.3054 0.1776 0.1610
88 89 77.7 0.1627 0.0780 0.1435
89 90 90.9 0.1535 0.3879 0.1520
90 91 87.5 0.1459 0.2722 0.1435
90 108 62.5 0.0860 0.0735 0.1520
92 107 66.9 0.1537 0.2460 0.1520
107 108 39.1 0.1076 0.1668 0.1520
108 109 83.3 0.4368 0.1995 0.1435
110 111 92.7 0.2818 0.4824 0.1480
110 112 92.9 0.2812 0.4579 0.1480
110 113 92.3 0.3018 0.5755 0.1610
113 114 38.1 0.1631 0.1521 0.1435
114 115 90.7 0.1535 0.3320 0.1520
115 116 87.4 0.1458 0.2472 0.1435
115 129 50.8 0.0866 0.0651 0.1520
117 128 65.1 0.1533 0.2389 0.1520
128 129 40.2 0.1084 0.1585 0.1520
129 130 68.8 0.4354 0.1761 0.1435
131 134 31.6 0.3009 0.1788 0.1610
134 135 76.4 0.1640 0.0737 0.1435
135 136 91.1 0.1535 0.3915 0.1520
136 137 87.6 0.1462 0.2705 0.1435
136 150 58.0 0.0838 0.0571 0.1520
138 149 64.7 0.1538 0.2577 0.1520
149 150 41.6 0.1075 0.1729 0.1520
150 151 93.8 0.4408 1.5060 0.1435
152 153 31.4 0.2811 0.1454 0.1480
152 154 50.8 0.2831 0.1499 0.1480
152 155 52.3 0.3044 0.2101 0.1610
155 156 44.0 0.1634 0.0931 0.1435
156 157 90.9 0.1535 0.3513 0.1520
157 158 87.5 0.1460 0.2522 0.1435
157 171 55.2 0.0853 0.0595 0.1520
159 170 67.0 0.1535 0.2407 0.1520
170 171 39.5 0.1080 0.1591 0.1520
171 172 69.7 0.4398 0.1782 0.1435
173 174 88.0 0.2830 0.4368 0.1480
173 175 88.0 0.2817 0.4401 0.1480
173 176 88.1 0.3035 0.5576 0.1610
176 177 32.1 0.1636 0.1434 0.1435
177 178 88.8 0.1535 0.3007 0.1520
178 179 87.5 0.1460 0.2276 0.1435
178 192 74.1 0.0852 0.0402 0.1520
180 191 68.0 0.1534 0.2423 0.1520
191 192 39.3 0.1080 0.1661 0.1520
192 193 72.3 0.4437 0.1804 0.1435
194 195 91.9 0.2814 1.5484 0.1480
194 196 91.9 0.2833 1.6045 0.1480
194 197 91.8 0.3047 1.7182 0.1610
197 198 82.6 0.1627 0.2145 0.1435
198 199 91.8 0.1536 0.3942 0.1520
199 200 87.5 0.1459 0.2681 0.1435
199 213 51.8 0.0858 0.0942 0.1520
201 212 63.2 0.1534 0.2401 0.1520
212 213 40.0 0.1082 0.1479 0.1520
213 214 79.0 0.4368 0.2036 0.1435
215 218 30.0 0.3019 0.1765 0.1610
218 219 78.8 0.1628 0.0787 0.1435
219 220 90.7 0.1535 0.4332 0.1520
220 221 86.4 0.1458 0.3193 0.1435
220 234 140.1 0.0869 0.1029 0.1520
222 233 85.8 0.1532 0.2881 0.1520
233 234 35.3 0.1083 0.2607 0.1520
234 235 99.3 0.4356 1.0919 0.1435
236 239 82.8 0.3015 1.1484 0.1610
239 240 83.9 0.1644 2.2076 0.1435
240 241 89.4 0.1536 244.2956 0.1520
241 242 94.8 0.1463 245.5716 0.1435
242 243 87.5 0.1443 40.5107 0.1435
243 244 114.8 0.1487 10.9109 0.1480
243 254 87.8 0.1536 209.8460 0.1520
244 245 62.8 0.1403 0.6353 0.1400
244 246 60.7 0.1403 0.7188 0.1400
245 253 125.8 0.1391 0.5097 0.1390
246 247 118.2 0.1231 0.6329 0.1230
246 248 118.8 0.1341 0.6659 0.1340
248 249 40.0 0.1340 0.1964 0.1340
254 255 134.9 0.1078 346.1418 0.1520
255 256 83.1 0.4409 1788.4949 0.1435
257 260 33.3 0.3046 0.1777 0.1610
260 261 77.8 0.1633 0.0784 0.1435
261 262 91.0 0.1535 0.3781 0.1520
262 263 87.5 0.1461 0.2622 0.1435
262 276 57.8 0.0856 0.0715 0.1520
264 275 66.6 0.1533 0.2403 0.1520
275 276 39.7 0.1080 0.1588 0.1520
276 277 69.5 0.4396 0.1778 0.1435
278 279 60.8 0.2827 0.1747 0.1480
278 280 100.7 0.2825 0.2090 0.1480
278 281 97.9 0.3036 0.2862 0.1610
281 282 82.5 0.1637 0.1604 0.1435
282 283 91.2 0.1535 0.3890 0.1520
283 284 87.4 0.1460 0.2664 0.1435
283 297 63.0 0.0854 0.0741 0.1520
285 296 67.5 0.1533 0.2411 0.1520
296 297 38.8 0.1081 0.1598 0.1520
297 298 69.9 0.4438 0.1777 0.1435
302 303 79.5 0.1597 0.1297 0.1435
303 304 36.3 0.1544 0.1800 0.1520
324 325 87.5 0.1539 0.1646 0.1520
325 326 86.9 0.1453 0.1686 0.1435
325 343 130.6 0.0888 0.0695 0.1520
327 342 69.0 0.1536 0.2435 0.1520
342 343 45.3 0.1061 0.1776 0.1520
343 344 71.0 0.4433 0.1909 0.1435
345 346 94.5 0.2838 0.5658 0.1480
345 347 94.5 0.2836 0.5657 0.1480
345 348 95.0 0.3046 0.5511 0.1610
349 350 61.5 0.1535 0.1923 0.1520
350 351 39.9 0.1459 0.1655 0.1435
367 368 35.5 0.1080 0.1520 0.1520
368 369 93.6 0.4391 0.4212 0.1435
370 371 31.7 0.2823 0.4014 0.1480
370 372 32.9 0.2824 0.3917 0.1480
370 373 94.3 0.3033 5.2709 0.1610
373 374 108.8 0.1638 16.7689 0.1435
374 375 90.1 0.1536 769.9472 0.1520
375 376 85.1 0.1460 775.4960 0.1435
375 393 157.9 0.0852 910.0733 0.1520
376 377 92.9 0.1443 140.8530 0.1435
377 378 62.8 0.1488 44.5784 0.1480
377 392 92.9 0.1534 660.3386 0.1520
378 379 142.6 0.1334 2.6281 0.1330
378 391 139.4 0.1334 2.7151 0.1330
379 380 53.9 0.1342 3.5063 0.1340
379 389 73.0 0.1391 3.4974 0.1390
380 381 46.5 0.1340 0.2117 0.1340
387 389 34.0 0.1390 0.1954 0.1390
390 391 68.0 0.1331 3.3403 0.1330
392 393 44.3 0.1080 1107.6732 0.1520
393 394 91.8 0.4433 22036.7676 0.1435
395 398 30.5 0.3050 0.1775 0.1610
398 399 77.6 0.1628 0.0779 0.1435
399 400 91.0 0.1535 0.3791 0.1520
400 401 87.6 0.1459 0.2642 0.1435
400 418 56.4 0.0859 0.0779 0.1520
402 417 65.7 0.1535 0.2400 0.1520
417 418 39.4 0.1080 0.1566 0.1520
418 419 70.1 0.4359 0.1800 0.1435
420 423 30.4 0.3015 0.1768 0.1610
423 424 77.8 0.1630 0.0772 0.1435
424 425 90.9 0.1535 0.3793 0.1520
425 426 87.6 0.1458 0.2650 0.1435
425 441 52.8 0.0866 0.0852 0.1520
427 440 63.8 0.1533 0.2384 0.1520
440 441 41.1 0.1083 0.1563 0.1520
441 442 71.5 0.4351 0.1812 0.1435
443 444 87.9 0.2798 21.2196 0.1480
443 445 88.0 0.2808 22.0137 0.1480
443 446 87.9 0.3014 21.7653 0.1610
446 447 93.1 0.1643 7.4967 0.1435
447 448 72.6 0.1536 0.6413 0.1520
448 449 94.2 0.1462 0.3990 0.1435
448 466 106.1 0.0840 0.5165 0.1520
450 465 65.7 0.1536 0.2367 0.1520
465 466 46.6 0.1077 0.1943 0.1520
466 467 66.3 0.4405 0.1827 0.1435
468 469 95.5 0.2839 0.4755 0.1480
468 470 95.5 0.2839 0.4739 0.1480
468 471 96.3 0.3047 0.4409 0.1610
472 473 92.2 0.1536 0.3290 0.1520
473 474 87.1 0.1460 0.2556 0.1435
473 489 73.6 0.0856 0.0441 0.1520
475 488 68.4 0.1535 0.2511 0.1520
488 489 39.7 0.1079 0.1807 0.1520
489 490 91.8 0.4399 0.2135 0.1435
491 492 36.8 0.2830 0.1508 0.1480
494 495 76.7 0.1638 0.0733 0.1435
495 496 91.0 0.1535 0.3777 0.1520
496 497 87.6 0.1460 0.2631 0.1435
496 514 60.1 0.0849 0.0666 0.1520
498 513 67.4 0.1535 0.2411 0.1520
513 514 39.2 0.1081 0.1602 0.1520
514 515 70.0 0.4427 0.1780 0.1435
516 519 30.5 0.3051 0.1774 0.1610
519 520 77.5 0.1628 0.0778 0.1435
520 521 91.0 0.1535 0.3788 0.1520
521 522 87.5 0.1459 0.2638 0.1435
521 537 56.9 0.0859 0.0778 0.1520
523 536 65.8 0.1534 0.2401 0.1520
536 537 39.1 0.1081 0.1566 0.1520
537 538 69.7 0.4367 0.1776 0.1435
539 542 32.7 0.3016 0.1828 0.1610
542 543 60.4 0.1630 0.0580 0.1435
543 544 90.9 0.1535 0.7355 0.1520
544 545 94.9 0.1458 0.8120 0.1435
545 546 87.1 0.1443 0.1754 0.1435
546 547 31.5 0.1488 0.1732 0.1480
546 561 86.3 0.1534 0.6468 0.1520
561 562 134.6 0.1082 1.1718 0.1520
562 563 85.9 0.4352 10.1769 0.1435
564 565 153.4 0.2806 38669.0977 0.1480
564 566 149.6 0.2804 38669.1367 0.1480
564 567 79.9 0.3013 956566.1250 0.1610
567 568 86.6 0.1643 2077843.5000 0.1435
568 569 89.4 0.1536 226159696.0000 0.1520
569 570 94.7 0.1462 227232688.0000 0.1435
570 571 87.4 0.1443 36717360.0000 0.1435
571 572 114.8 0.1487 9988128.0000 0.1480
571 582 87.8 0.1536 194107888.0000 0.1520
572 573 68.0 0.1403 650471.0000 0.1400
572 574 64.0 0.1403 657310.8125 0.1400
573 581 119.1 0.1391 578853.8125 0.1390
574 575 117.1 0.1231 644215.0625 0.1230
574 576 119.4 0.1341 644215.1250 0.1340
576 577 40.0 0.1340 0.1964 0.1340
582 583 135.0 0.1078 320556704.0000 0.1520
583 584 70.1 0.4415 581654016.0000 0.1435
585 586 61.3 0.2843 0.1602 0.1480
585 587 100.9 0.2834 0.1781 0.1480
585 588 81.2 0.3050 0.2817 0.1610
588 589 80.4 0.1633 0.1098 0.1435
589 590 91.1 0.1535 0.3814 0.1520
590 591 87.6 0.1459 0.2636 0.1435
590 608 54.6 0.0857 0.0784 0.1520
592 607 64.9 0.1535 0.2380 0.1520
607 608 40.8 0.1079 0.1550 0.1520
608 609 67.3 0.4391 0.1783 0.1435
610 611 41.2 0.2823 0.1525 0.1480
613 614 76.1 0.1637 0.0644 0.1435
614 615 90.9 0.1535 0.3757 0.1520
615 616 87.6 0.1459 0.2620 0.1435
615 633 57.9 0.0852 0.0697 0.1520
617 632 66.5 0.1534 0.2402 0.1520
632 633 39.7 0.1080 0.1587 0.1520
633 634 70.4 0.4431 0.1854 0.1435
635 636 46.4 0.2844 0.1529 0.1480
635 638 33.3 0.3050 0.1884 0.1610
638 639 53.5 0.1628 0.0697 0.1435
639 640 90.8 0.1535 0.3628 0.1520
640 641 87.6 0.1459 0.2579 0.1435
640 658 54.4 0.0859 0.0719 0.1520
642 657 65.6 0.1535 0.2396 0.1520
657 658 39.6 0.1078 0.1564 0.1520
658 659 69.3 0.4358 0.1786 0.1435
660 661 100.8 0.2807 0.2969 0.1480
660 662 102.2 0.2810 0.2599 0.1480
660 663 106.9 0.2997 0.2007 0.1610
663 664 78.3 0.1602 0.1890 0.1435
664 665 38.2 0.1544 0.1782 0.1520
665 666 30.9 0.1440 0.1618 0.1435
665 683 30.7 0.1527 0.1714 0.1520
Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.2#
Back Off! I just backed up step1.pdb to ./#step1.pdb.2#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Warning: 1-4 interaction at distance larger than 1
These are ignored for the rest of the simulation
turn on -debug for more information
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={ nan, nan, nan}
Box[ 1]={ nan, nan, nan}
Box[ 2]={ nan, nan, nan}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={ nan, nan, nan}
Box[ 1]={ nan, nan, nan}
Box[ 2]={ nan, nan, nan}
Can not fix pbc.
Warning: Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported.
Box (3x3):
Box[ 0]={ nan, nan, nan}
Box[ 1]={ nan, nan, nan}
Box[ 2]={ nan, nan, nan}
Can not fix pbc.
Fatal error: ci = -1 should be in 0 .. -1 [FILE nsgrid.c, LINE 210]
dump core (y/n):
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list