[gmx-users] Help-me with position restrained dynamics !!!!!!!!!!!!
Tanos
tccf at epq.ime.eb.br
Thu Nov 13 03:15:01 CET 2003
Hi folks,
I'm trying to perform a dynamics with position restrained (pr md) in a
protein but gromacs is halting. I have not been able yet to find out
what is happening. Could someone help-me ???? Find bellow my pr.mdp file
and the end of the file prlog.log generated in the dynamics.
MY PR.MDP FILE:
User Tanos (666)
; Wed Out 10 02:19:25 2002
; Input file
;
title = Dinamica
cpp = /lib/cpp
define = -DPOSRES
constraints = all-bonds
integrator = md
dt = 0.002 ; ps !
nsteps = 25000 ; total 50 ps.
nstcomm = 1
nstxout = 500
nstvout = 1000
nstfout = 0
nstlog = 1000
nstenergy = 1000
nstlist = 10
ns_type = grid
rlist = 1.5
rcoulomb = 1.5
rvdw = 1.5
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl = berendsen
tc-grps = Protein PLG FFO Cl SOL
tau_t = 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
ref_t = 300 300 300 300 300
; Energy monitoring
energygrps = Protein SOL
; Pressure coupling is not on
Pcoupl = no
tau_p = 0.5
compressibility = 4.5e-5
ref_p = 1.0
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel = yes
gen_temp = 300.0
gen_seed = 173529
THE END OF MY PRLOG.LOG FILE:
5582 5584 33.2 0.1330 0.1695 0.1330
5671 5673 76.6 0.1530 0.1289 0.1530
Constraint error in algorithm Lincs at step 2
Large VCM(group rest): 0.04708, -0.09935, -0.00923,
ekin-cm: 9146.09766
Step 3, time 0.006 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 1164542848.000000 (between atoms 985 and 999) rms 34629060.000000
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
935 937 38.6 0.1330 0.1831 0.1330
937 938 42.8 0.1000 0.1460 0.1000
937 939 113.2 0.1470 0.2145 0.1470
939 940 120.5 0.1530 0.2153 0.1530
939 943 58.7 0.1532 3.3135 0.1530
940 941 40.2 0.1530 0.2087 0.1530
940 942 40.6 0.1530 0.2094 0.1530
943 944 49.9 0.1232 3.3996 0.1230
943 945 141.4 0.1337 24.2494 0.1330
945 946 111.6 0.1006 22.7473 0.1000
945 947 39.5 0.1498 316.9225 0.1470
947 948 70.2 0.1551 302.2123 0.1530
947 954 164.2 0.1642 1846.4207 0.1530
948 949 121.1 0.1533 8.4137 0.1530
949 950 55.3 0.1231 0.8101 0.1230
949 951 64.1 0.1331 0.7978 0.1330
951 952 36.5 0.1000 0.1085 0.1000
951 953 39.7 0.1000 0.1150 0.1000
954 955 104.9 0.1343 1572.6531 0.1230
954 956 56.9 0.1821 18755.3281 0.1330
956 957 72.4 0.1451 18324.1992 0.1000
956 958 161.2 334.0933 133541.8125 0.1470
958 959 160.9 334.0936 136181.2500 0.1530
958 962 174.0 1474.5835 597897.6875 0.1530
959 960 32.8 0.2071 21850.0469 0.1530
959 961 83.3 0.2071 20308.8320 0.1530
962 963 170.7 1247.9329 553834.3750 0.1230
962 964 135.1 11073.7217 2370382.7500 0.1330
964 965 138.3 9964.9775 2473589.7500 0.1000
964 966 163.9 84718.0078 11711047.0000 0.1470
966 967 168.1 83592.8203 11872569.0000 0.1530
966 974 177.4 531854.6250 34121308.0000 0.1530
967 968 130.4 8524.6006 2313893.5000 0.1530
968 969 164.4 789.7648 398261.7188 0.1530
969 970 164.9 210.2915 105169.2969 0.1230
969 971 164.8 210.2928 106477.4844 0.1330
971 972 63.8 0.1641 14579.9697 0.1000
971 973 42.0 0.1687 15633.4590 0.1000
974 975 178.0 468261.0938 29091216.0000 0.1230
974 976 173.0 1824974.2500 59607392.0000 0.1330
976 977 177.6 4301143.5000 93035968.0000 0.1470
976 980 169.6 1763389.0000 45301128.0000 0.1470
977 978 176.2 3762538.2500 77157208.0000 0.1530
977 981 178.3 8019438.0000 136197808.0000 0.1530
978 979 159.1 800153.4375 20493440.0000 0.1530
979 980 176.8 390867.5000 8532909.0000 0.1530
981 982 178.2 6300602.0000 94115936.0000 0.1230
981 983 178.0 9328437.0000 133330600.0000 0.1330
983 984 175.1 6393902.5000 88507168.0000 0.1000
983 985 177.8 10676695.0000 146439200.0000 0.1470
985 986 177.2 8838409.0000 125023544.0000 0.1530
985 999 179.3 12291217.0000 178175056.0000 0.1530
986 987 177.7 3611468.7500 56881804.0000 0.1530
987 988 168.1 2173070.2500 35534920.0000 0.1390
987 990 167.3 2146427.2500 34981964.0000 0.1390
988 989 177.4 947032.1875 16722157.0000 0.1080
988 992 176.2 851603.4375 15852324.0000 0.1390
990 991 171.5 887734.8125 16090877.0000 0.1080
990 994 173.9 835910.2500 15405760.0000 0.1390
992 993 168.6 355163.7812 8087312.0000 0.1080
992 996 170.8 376448.3438 10301986.0000 0.1390
994 995 170.1 358500.0938 7973824.0000 0.1080
994 996 170.5 384787.1250 10268269.0000 0.1390
996 997 177.1 199042.5938 6236564.0000 0.1360
997 998 162.7 35645.2578 1556811.3750 0.1000
999 1000 174.8 6998500.5000 106031656.0000 0.1230
999 1001 177.4 7781046.0000 122113768.0000 0.1330
1001 1002 174.2 3344113.7500 54830364.0000 0.1000
1001 1003 177.1 2599770.7500 55070252.0000 0.1470
1003 1004 171.9 879845.1250 26124280.0000 0.1530
1003 1007 169.9 922419.2500 26508644.0000 0.1530
1004 1005 64.2 21983.4668 5471561.5000 0.1430
1005 1006 124.3 1602.4186 421393.0312 0.1000
1007 1008 129.8 248953.7031 7021160.5000 0.1230
1007 1009 134.1 270228.1250 7430748.0000 0.1330
1009 1010 167.3 100565.0156 1927441.1250 0.1000
1009 1011 170.5 113814.9297 1691708.8750 0.1470
1011 1012 164.4 43332.3008 786966.6250 0.1530
1012 1013 173.3 22248.5879 414639.1562 0.1230
1012 1014 174.6 22725.3594 444469.4375 0.1330
1014 1015 137.1 3116.6343 129006.1016 0.1000
1014 1016 153.9 3244.5698 145934.5938 0.1470
1016 1017 175.3 1501.5502 64627.3477 0.1530
1016 1020 177.6 1526.1755 62335.4219 0.1530
1020 1021 80.7 63.5151 13728.9766 0.1230
1020 1022 62.9 62.1182 12748.1641 0.1330
1022 1023 123.1 3.7880 14796.8535 0.1470
1022 1026 168.9 3.6909 5702.0054 0.1470
1023 1024 120.6 0.6503 14065.1895 0.1530
1023 1027 123.3 0.7394 14003.5088 0.1530
1024 1025 117.3 0.0946 7533.8438 0.1530
1025 1026 48.3 0.6804 698.9347 0.1530
1027 1028 68.5 0.1097 9449.9199 0.1230
1027 1029 59.3 0.1586 9227.2900 0.1330
1029 1030 90.8 0.1012 840.4069 0.1000
1029 1031 173.2 0.1495 2228.0525 0.1470
1031 1032 55.6 0.1533 1387.0967 0.1530
1031 1033 71.1 0.1534 1416.1237 0.1530
1033 1034 144.7 0.1234 78.8104 0.1230
1033 1035 97.4 0.1333 33.5699 0.1330
1035 1036 67.7 0.1001 35.6458 0.1000
1035 1037 52.0 0.1471 35.7107 0.1470
1037 1038 37.1 0.1530 0.1975 0.1530
1037 1044 36.7 0.1530 0.2002 0.1530
1356 1357 32.1 0.1230 0.1558 0.1230
1356 1358 123.6 0.1331 10.6364 0.1330
1358 1359 123.8 0.1001 10.7200 0.1000
1358 1360 113.4 0.1474 138675.7969 0.1470
1360 1361 112.1 0.1534 138676.1250 0.1530
1360 1369 95.3 0.1548 248554.3125 0.1530
1361 1362 112.0 0.1531 10.0255 0.1530
1362 1363 34.3 0.1530 0.1865 0.1530
1369 1370 91.3 0.1250 261095.9062 0.1230
1369 1371 119.3 0.1349 1491179.2500 0.1330
1371 1372 100.1 0.1009 1456388.6250 0.1000
1371 1373 68.0 0.1349 1581910.2500 0.1470
1373 1374 91.8 0.1887 46806432.0000 0.1530
1373 1382 124.2 0.1418 894755.5000 0.1530
1374 1375 90.0 0.2638 88520448.0000 0.1530
1375 1376 90.0 0.4068 97632848.0000 0.1530
1376 1377 90.0 0.1661 10831680.0000 0.1530
1377 1378 89.0 0.1474 183622.0938 0.1470
1378 1379 91.5 0.1001 31787.4688 0.1000
1378 1380 93.1 0.1002 29384.2383 0.1000
1378 1381 91.5 0.1001 31895.3340 0.1000
1382 1383 72.9 0.1255 1825411.5000 0.1230
1382 1384 65.5 0.1357 1864909.7500 0.1330
1384 1385 79.4 0.1012 314981.7500 0.1000
1384 1386 90.1 0.1482 385514.9375 0.1470
1386 1387 66.0 0.1533 174624.0781 0.1530
1386 1391 61.8 0.1534 174561.9531 0.1530
1387 1388 89.1 0.1531 228.2726 0.1530
1387 1389 89.4 0.1531 218.3207 0.1530
1388 1390 95.5 0.1530 59.6468 0.1530
1391 1392 87.7 0.1231 177.0004 0.1230
1391 1393 92.7 0.1331 197.4645 0.1330
1393 1394 99.7 0.1000 69.3801 0.1000
1393 1395 101.7 0.1470 79.4502 0.1470
1395 1396 98.2 0.1530 19.6475 0.1530
1395 1399 99.2 0.1530 19.2183 0.1530
1396 1397 114.2 0.1430 2.7858 0.1430
1397 1398 40.3 0.1000 0.1325 0.1000
1399 1400 118.8 0.1230 3.8795 0.1230
1399 1401 117.5 0.1330 3.8490 0.1330
1401 1402 41.5 0.1000 0.1463 0.1000
1401 1403 40.0 0.1470 0.2038 0.1470
2268 2270 38.1 0.1330 0.1809 0.1330
2270 2271 39.6 0.1000 0.1384 0.1000
2270 2272 77.9 0.1471 0.2629 0.1470
2272 2273 80.9 0.1531 0.2957 0.1530
2272 2280 68.0 0.1536 0.2555 0.1530
2273 2274 37.1 0.1530 0.2015 0.1530
2280 2281 78.3 0.1237 0.3460 0.1230
2280 2282 59.3 0.1350 1.7180 0.1330
2282 2283 80.4 0.1018 1.6494 0.1000
2282 2284 97.8 0.1583 1.4565 0.1470
2284 2285 96.7 0.1646 1.4969 0.1530
2284 2288 61.7 0.2011 6.4647 0.1530
2285 2286 81.6 0.1545 1.8273 0.1530
2285 2287 67.1 0.1546 1.6700 0.1530
2288 2289 85.8 0.1695 7.3437 0.1230
2288 2290 92.0 8.1839 16.2816 0.1330
2290 2291 93.9 8.1252 15.7185 0.1000
2290 2292 89.7 28.2505 76.0594 0.1470
2292 2293 89.2 28.1261 75.8688 0.1530
2292 2296 90.6 97.9383 179.6196 0.1530
2293 2294 91.2 8.5093 27.5406 0.1530
2293 2295 91.2 8.5087 27.3733 0.1530
2296 2297 90.5 99.5270 173.2957 0.1230
2296 2298 93.8 151.9407 177.9941 0.1330
2298 2299 134.9 200.1994 170.4824 0.1000
2298 2300 132.0 418.5236 1312.3619 0.1470
2300 2301 111.3 437.8054 1613.0421 0.1530
2300 2305 94.4 1910.3650 16787.2363 0.1530
2301 2302 79.1 45.7274 549.3641 0.1430
2301 2304 79.1 34.7751 549.9542 0.1530
2302 2303 111.4 3.1883 26.0384 0.1000
2305 2306 94.1 1722.7191 16088.0244 0.1230
2305 2307 122.9 15581.8096 5457.5718 0.1330
2307 2308 91.5 15097.3447 13937.4365 0.1000
2307 2309 97.0 20346.6055 105958.2812 0.1470
2309 2310 98.2 18545.4902 119955.5625 0.1530
2309 2314 88.5 123429.0078 372692.7812 0.1530
2310 2311 169.3 14396.5801 14336.5742 0.1430
2310 2313 161.7 14486.1475 14823.3799 0.1530
2311 2312 76.7 1922.4841 11739.2471 0.1000
2314 2315 89.3 140138.2344 379082.1562 0.1230
2314 2316 120.3 337342.0000 265101.2812 0.1330
2316 2317 123.2 379763.2188 348789.5312 0.1000
2316 2318 153.7 108241.1797 573724.6250 0.1470
2318 2319 176.3 64805.7422 963081.8750 0.1530
2318 2323 160.3 48901.1094 512064.8438 0.1530
2319 2320 158.1 401522.2500 773408.2500 0.1430
2319 2322 157.2 284190.1250 747289.0000 0.1530
2320 2321 95.6 176991.3281 471741.5625 0.1000
2323 2324 36.5 283039.6250 339214.7188 0.1230
2323 2325 146.4 203861.5469 177035.3594 0.1330
2325 2326 88.9 405664.2188 566967.0625 0.1000
2325 2327 95.6 366503.4688 193754.9062 0.1470
2327 2328 92.0 126718.6641 331990.7812 0.1530
2327 2332 92.1 127053.6953 335887.0938 0.1530
2328 2329 96.6 35673.3672 85231.8672 0.1430
2328 2331 95.8 35598.3320 88458.1719 0.1530
2329 2330 73.2 5820.2104 14419.1484 0.1000
2332 2333 96.8 33154.6094 91863.8906 0.1230
2332 2334 98.8 31564.8555 90513.4531 0.1330
2334 2335 52.2 10229.2559 20124.7598 0.1000
2334 2336 61.5 10940.0215 21548.8477 0.1470
2336 2337 66.5 3174.4263 13422.8740 0.1530
2336 2344 68.4 4022.3145 13505.5293 0.1530
2337 2338 104.1 1545.7861 3944.4102 0.1530
2338 2339 89.3 53.0758 1327.8859 0.1330
2338 2340 91.3 50.7887 1314.9303 0.1330
2339 2341 90.5 15.2694 228.5839 0.1330
2340 2342 88.9 17.8451 225.3660 0.1330
2341 2342 100.3 1.0604 14.9207 0.1330
2342 2343 85.5 1.8232 16.1598 0.1000
2344 2345 73.4 197.3445 683.8052 0.1230
2344 2346 94.6 22.1648 667.1306 0.1330
2346 2347 49.3 24.1575 179.6060 0.1000
2346 2348 55.6 24.5771 216.8384 0.1470
2348 2349 117.3 9.4003 120.9253 0.1530
2348 2357 120.8 9.2344 136.7168 0.1530
2349 2350 76.6 0.9804 19.6452 0.1530
2351 2352 112.5 0.1545 0.3973 0.1530
2352 2353 95.7 0.1472 0.2306 0.1470
2357 2358 65.9 1.2531 29.3172 0.1230
2357 2359 64.3 1.2200 29.3590 0.1330
2359 2360 67.8 0.1568 4.5153 0.1000
2359 2361 42.5 0.2107 4.5668 0.1470
2361 2362 162.2 0.1627 0.9178 0.1530
2361 2366 106.7 0.1631 0.2211 0.1530
2362 2363 81.4 0.1448 0.8493 0.1430
2362 2365 73.3 0.1548 0.8459 0.1530
2363 2364 51.7 0.1003 0.1538 0.1000
2366 2367 35.9 0.1255 0.1071 0.1230
2366 2368 75.4 0.1357 0.1495 0.1330
2368 2369 41.4 0.1005 0.1382 0.1000
2368 2370 35.7 0.1476 0.1882 0.1470
2407 2409 31.0 0.1470 0.1744 0.1470
2409 2410 71.7 0.1530 0.3017 0.1530
2410 2411 85.8 0.1530 1.2704 0.1530
2411 2412 84.3 0.1530 8.5910 0.1530
2412 2413 86.2 0.1470 25.1450 0.1470
2413 2414 83.9 0.1000 20.4936 0.1000
2413 2415 86.1 0.1340 71.6241 0.1340
2415 2416 86.7 0.1340 62.3694 0.1340
2415 2419 89.3 0.1340 250.5079 0.1340
2416 2417 86.8 0.1000 28.2410 0.1000
2416 2418 86.4 0.1000 27.0553 0.1000
2419 2420 89.1 0.1000 99.3741 0.1000
2419 2421 89.5 0.1000 193.1493 0.1000
2769 2773 45.3 0.1750 0.1705 0.1530
2773 2774 57.6 0.1423 0.1161 0.1230
2773 2775 44.4 0.1675 0.1681 0.1330
2775 2776 92.0 0.1203 0.2217 0.1000
2775 2777 31.5 0.2371 0.1726 0.1470
2777 2778 89.0 0.4568 2.0289 0.1530
2778 2779 88.7 0.5164 1.9580 0.1230
2778 2780 88.5 0.6461 8.9035 0.1330
2780 2781 89.5 0.8007 7.9724 0.1000
2780 2782 90.7 15.7554 91.6576 0.1470
2782 2783 88.6 84.8232 112.8320 0.1530
2782 2787 90.6 15.7568 91.7997 0.1530
2783 2784 115.8 204.6759 90.0655 0.1530
2784 2785 104.6 128.3330 84.9035 0.1530
2784 2786 120.4 206.1736 70.6617 0.1530
2787 2788 88.1 2.9894 14.5061 0.1230
2787 2789 88.2 3.0152 14.0248 0.1330
2789 2790 90.9 0.7095 2.0431 0.1000
2789 2791 90.5 0.6299 2.0050 0.1470
2791 2792 97.3 0.2309 0.3987 0.1530
2791 2799 91.4 0.2164 0.6770 0.1530
2792 2793 48.2 0.1771 0.1443 0.1530
2799 2800 87.8 0.1311 0.2137 0.1230
2799 2801 80.8 0.1435 0.2322 0.1330
2801 2802 34.1 0.1045 0.1180 0.1000
2803 2804 32.4 0.1566 0.1706 0.1530
3012 3013 33.0 0.1230 0.1551 0.1230
3012 3014 69.7 0.1330 0.2262 0.1330
3014 3015 78.8 0.1000 0.1530 0.1000
3014 3016 83.5 0.1470 0.6683 0.1470
3016 3017 84.7 0.1530 0.7500 0.1530
3016 3020 79.7 0.1530 0.9310 0.1530
3017 3018 61.4 0.1530 0.2493 0.1530
3017 3019 61.4 0.1530 0.2490 0.1530
3020 3021 83.4 0.1230 1.1545 0.1230
3020 3022 89.2 0.1330 14.8677 0.1330
3022 3023 89.6 0.1000 13.9994 0.1000
3022 3024 89.5 0.1470 15.0213 0.1470
3024 3025 86.9 0.1530 1.9529 0.1530
3024 3038 84.6 0.1530 1.7327 0.1530
3025 3026 85.3 0.1530 0.5238 0.1530
3026 3027 51.2 0.1390 0.1982 0.1390
3026 3029 51.4 0.1390 0.1995 0.1390
3038 3039 80.0 0.1230 0.5925 0.1230
3038 3040 81.5 0.1330 0.7590 0.1330
3040 3041 73.1 0.1000 0.1835 0.1000
3040 3042 82.7 0.1470 0.3787 0.1470
3042 3043 44.0 0.1530 0.2130 0.1530
3042 3050 43.9 0.1530 0.2164 0.1530
4831 4845 39.9 0.1530 0.2221 0.1530
4845 4846 44.8 0.1230 0.1919 0.1230
4845 4847 64.6 0.1330 0.1686 0.1330
4847 4848 82.9 0.1470 0.7371 0.1470
4847 4851 72.9 0.1470 0.1464 0.1470
4848 4849 84.7 0.1530 0.7376 0.1530
4848 4852 84.1 0.1530 1.8069 0.1530
4849 4850 79.3 0.1530 0.2675 0.1530
4850 4851 36.5 0.1530 0.1931 0.1530
4852 4853 83.0 0.1230 1.3431 0.1230
4852 4854 89.2 0.1330 12.2329 0.1330
4854 4855 89.4 0.1000 11.1131 0.1000
4854 4856 89.4 0.1470 12.7845 0.1470
4856 4857 87.3 0.1530 1.6304 0.1530
4857 4858 79.0 0.1230 0.3641 0.1230
4857 4859 81.8 0.1330 0.5029 0.1330
4859 4860 76.5 0.1000 0.1302 0.1000
4859 4861 74.8 0.1470 0.2769 0.1470
4861 4862 35.5 0.1530 0.1917 0.1530
4861 4869 34.7 0.1530 0.1934 0.1530
5017 5019 35.8 0.1505 0.1841 0.1470
5019 5020 34.4 0.1559 0.1889 0.1530
5024 5026 91.5 0.1976 3.3239 0.1330
5026 5027 91.4 0.1440 3.3034 0.1000
5026 5028 85.5 0.2916 7.1391 0.1470
5028 5029 83.1 0.3292 7.2828 0.1530
5028 5033 91.6 0.1825 9.6887 0.1530
5029 5030 98.3 0.2178 2.7452 0.1530
5033 5034 91.6 0.2076 12.1551 0.1230
5033 5035 86.0 1.1894 17.3951 0.1330
5035 5036 82.4 1.2680 9.9619 0.1000
5035 5037 103.6 3.2214 8.8592 0.1470
5037 5038 143.2 3.1628 4.7965 0.1530
5037 5041 73.5 47.3919 151.7677 0.1530
5038 5039 86.2 1.1649 12.3908 0.1830
5039 5040 89.7 0.1662 8.0262 0.1330
5041 5042 75.6 49.9501 153.5515 0.1230
5041 5043 101.4 42.2309 1132.9116 0.1330
5043 5044 108.7 42.1792 1111.0173 0.1000
5043 5045 101.0 1755.9854 2658.4407 0.1470
5045 5046 105.3 1728.3600 1976.3347 0.1530
5045 5053 127.2 3662.8364 685.7919 0.1530
5046 5047 89.2 59.4218 28212.8828 0.1530
5047 5048 90.9 44.8608 720075.6875 0.1530
5048 5049 152.5 4.7603 122998.7031 0.1230
5048 5050 90.1 4.7441 5428780.0000 0.1330
5050 5051 90.0 0.8520 5405231.0000 0.1000
5050 5052 90.2 0.5842 4597222.0000 0.1000
5053 5054 83.9 535.3715 1472.1228 0.1230
5053 5055 113.7 3066.2390 656.1940 0.1330
5055 5056 89.7 1095.8907 1334.1121 0.1000
5055 5057 83.8 1082.5946 1782.9033 0.1470
5057 5058 91.3 131.3824 1821.6167 0.1530
5057 5066 102.7 134.0032 4382.4575 0.1530
5058 5059 86.5 42.3194 170.3921 0.1530
5059 5060 90.2 14.0957 62.5201 0.1530
5060 5061 90.1 2.5170 15.8984 0.1530
5061 5062 90.0 0.2355 1.9449 0.1470
5062 5063 46.9 0.1298 0.1280 0.1000
5062 5064 90.1 0.1335 0.1686 0.1000
5062 5065 83.3 0.1353 0.1674 0.1000
5066 5067 164.0 47.8155 3068.0818 0.1230
5066 5068 117.0 47.7541 23914.7539 0.1330
5068 5070 67.2 16.7328 220207.1719 0.1470
5070 5071 32.0 2.8986 199426.6562 0.1530
5070 5083 78.7 3.7743 1014720.3750 0.1530
5071 5072 128.4 2.1713 26760.0801 0.1530
5072 5073 117.3 0.3834 11264.4023 0.1530
5074 5075 90.5 0.1068 0.1269 0.1000
5074 5076 50.5 0.1426 0.1479 0.1340
5076 5077 32.7 0.1366 0.1499 0.1340
5080 5081 34.1 0.1007 0.1131 0.1000
5080 5082 30.2 0.1008 0.1108 0.1000
5083 5084 100.8 0.1165 976790.5625 0.1230
5083 5085 117.2 0.1613 1107782.3750 0.1330
5085 5086 88.2 0.1013 1937311.1250 0.1000
5085 5087 81.8 0.1496 1379639.6250 0.1470
5087 5088 100.2 0.1534 1153718.1250 0.1530
5087 5089 94.6 0.1535 1877233.3750 0.1530
5089 5090 96.2 0.1234 55753.7539 0.1230
5089 5091 109.3 0.1334 53417.0156 0.1330
5091 5092 135.6 0.1001 20264.7148 0.1000
5091 5093 144.0 0.1471 18546.8848 0.1470
5093 5094 84.5 0.1530 3267.5020 0.1530
5093 5098 80.2 0.1530 3403.1187 0.1530
5094 5095 112.0 0.1530 757.8778 0.1530
5095 5096 72.3 0.1530 317.0366 0.1530
5095 5097 66.8 0.1530 317.0385 0.1530
5098 5099 108.8 0.1230 481.4034 0.1230
5098 5100 98.0 0.1330 422.2055 0.1330
5100 5101 66.1 0.1000 319.0863 0.1000
5100 5102 55.4 0.1470 319.1584 0.1470
5102 5103 37.1 0.1530 0.1991 0.1530
5102 5110 34.6 0.1530 0.1974 0.1530
5129 5130 33.9 0.1084 0.1078 0.1080
5217 5218 32.9 0.1530 0.1779 0.1530
5218 5219 37.6 0.1230 0.1471 0.1230
5218 5220 87.9 0.1330 0.2198 0.1330
5220 5221 88.6 0.1000 0.2578 0.1000
5220 5222 84.8 0.1472 0.1978 0.1470
5222 5226 62.3 0.1543 0.1722 0.1530
5226 5227 56.0 0.1245 0.0754 0.1230
5228 5229 60.7 0.1033 0.4647 0.1000
5228 5230 152.6 0.1558 2.0863 0.1470
5230 5231 116.2 0.1598 1.8860 0.1530
5231 5232 53.1 0.1548 0.2778 0.1530
5237 5238 72.1 0.1254 14.3563 0.1230
5237 5239 103.5 0.1431 325.7570 0.1330
5239 5240 100.5 0.1261 325.9928 0.1000
5239 5241 173.6 6.3371 2584.5200 0.1470
5241 5242 173.9 6.4012 2655.4866 0.1530
5241 5245 173.0 58.8620 9740.4131 0.1530
5242 5243 151.1 0.2945 453.8227 0.1530
5242 5244 120.7 0.3020 416.6127 0.1530
5245 5246 170.4 52.8649 8815.3633 0.1230
5245 5247 132.6 251.7470 35595.7344 0.1330
5247 5248 132.1 286.6422 35898.1172 0.1000
5247 5249 158.3 2099.3433 174605.4844 0.1470
5249 5250 159.5 2018.7368 174787.1719 0.1530
5249 5257 169.9 12363.8262 530120.6250 0.1530
5250 5251 87.9 60.4467 29326.6133 0.1530
5254 5255 90.0 0.7989 14.4115 0.1000
5254 5256 89.5 0.7861 13.5933 0.1000
5257 5258 165.4 12198.9385 473465.1250 0.1230
5257 5259 177.5 40461.7734 1034506.8125 0.1330
5259 5260 179.4 92213.3359 1675644.3750 0.1470
5259 5263 175.4 38523.6016 854674.3125 0.1470
5260 5261 179.0 80296.1562 1355112.5000 0.1530
5260 5264 179.0 136430.8594 2127281.7500 0.1530
5261 5262 171.1 21233.1797 379867.7812 0.1530
5262 5263 174.4 4926.6387 150398.4844 0.1530
5264 5265 178.7 90187.9922 1336516.3750 0.1230
5264 5266 179.1 113600.3516 1696929.6250 0.1330
5266 5267 176.0 63028.8281 945417.5625 0.1000
5266 5268 178.0 86522.3594 1358614.1250 0.1470
5268 5269 177.5 64403.5391 1050546.5000 0.1530
5268 5282 178.4 84112.1484 1435165.3750 0.1530
5269 5270 178.9 24754.6270 468585.1250 0.1530
5270 5271 171.0 12996.0391 276551.6562 0.1390
5270 5273 169.5 12439.6748 270763.4375 0.1390
5271 5272 171.8 5690.7827 124475.3750 0.1080
5271 5275 172.8 6009.5229 122748.5469 0.1390
5273 5274 167.0 5326.0654 116115.7422 0.1080
5273 5277 167.5 5521.4810 116179.5469 0.1390
5275 5276 172.1 3217.0144 65549.8672 0.1080
5275 5279 177.3 4875.6870 88025.4297 0.1390
5277 5278 176.6 3249.7627 62768.8438 0.1080
5277 5279 176.0 4718.9092 86021.2891 0.1390
5279 5280 175.8 3238.8879 55700.1836 0.1360
5280 5281 174.6 843.1433 15131.8760 0.1000
5282 5283 178.6 43551.6406 803734.5625 0.1230
5282 5284 177.9 46920.2734 908791.8750 0.1330
5284 5285 170.6 17588.0918 377183.8438 0.1000
5284 5286 174.3 14491.2568 382286.4688 0.1470
5286 5287 176.2 3531.5229 175449.0000 0.1530
5286 5290 170.3 3736.2996 184334.0938 0.1530
5287 5288 73.9 170.3543 32757.7559 0.1430
5288 5289 74.9 69.2329 1477.9634 0.1000
5290 5291 97.1 580.3807 41541.1953 0.1230
5290 5292 37.5 880.6021 46670.1250 0.1330
5292 5294 85.3 125.0450 6426.4517 0.1470
5294 5295 99.2 118.8851 1447.0420 0.1530
5295 5296 131.6 911.7426 1901.4160 0.1230
5295 5297 127.1 853.2061 6177.7334 0.1330
5297 5298 67.2 69.8311 6435.8452 0.1000
5297 5299 152.6 1172.9722 37030.1758 0.1470
5299 5300 153.6 2518.6235 41078.7031 0.1530
5299 5303 123.1 13501.5537 113363.6094 0.1530
5300 5301 177.5 1417.8087 14169.3281 0.1430
5301 5302 55.3 22.7130 4572.8262 0.1000
5303 5304 117.7 10316.3271 110643.4531 0.1230
5303 5305 167.0 90126.8203 218846.0000 0.1330
5305 5306 168.8 93211.7500 243023.4531 0.1470
5305 5309 178.1 94001.8047 208654.8281 0.1470
5306 5307 141.5 19397.1777 149435.4688 0.1530
5306 5310 135.4 22762.7344 158066.1406 0.1530
5307 5308 164.2 5172.1929 23514.1992 0.1530
5308 5309 114.3 15741.4111 93048.6250 0.1530
5310 5311 131.9 6079.5171 52977.4102 0.1230
5310 5312 134.8 4445.2959 53550.5312 0.1330
5312 5313 116.9 242.4932 8594.5039 0.1000
5312 5314 71.9 276.7717 8577.8691 0.1470
5316 5317 60.5 3.5274 339.1859 0.1230
5316 5318 60.7 3.5658 338.8117 0.1330
5318 5319 35.9 0.1457 9.5140 0.1000
5318 5320 61.5 0.2000 6.2197 0.1470
5320 5321 173.4 0.1616 10.8394 0.1530
5320 5327 112.7 0.1627 6.2151 0.1530
5321 5322 59.8 0.1543 5.5692 0.1530
5322 5323 126.3 0.1234 0.4758 0.1230
5322 5324 119.7 0.1333 0.4685 0.1330
5324 5325 55.3 0.1001 0.1759 0.1000
5324 5326 54.1 0.1001 0.1713 0.1000
5327 5328 39.8 0.1253 1.6751 0.1230
5327 5329 70.4 0.1355 1.6073 0.1330
5530 5532 33.7 0.1330 0.1680 0.1330
5532 5533 35.9 0.1000 0.1288 0.1000
5532 5534 68.2 0.1470 1.2845 0.1470
5534 5535 71.2 0.1532 6.2310 0.1530
5535 5536 70.0 0.1233 6.0138 0.1230
5535 5537 74.4 0.1340 36.0719 0.1330
5537 5538 72.9 0.1010 30.6511 0.1000
5537 5539 92.0 0.1517 61.5783 0.1470
5539 5540 89.7 0.1577 64.7699 0.1530
5540 5541 79.2 0.1539 27.0218 0.1530
5541 5542 67.8 0.1332 2.9631 0.1330
5541 5544 66.7 0.1332 2.9159 0.1330
5542 5543 60.2 0.1000 0.8101 0.1000
5542 5545 72.9 0.1330 0.8579 0.1330
5544 5546 73.9 0.1330 0.9400 0.1330
5547 5548 90.3 0.1295 129.9409 0.1230
5547 5549 99.6 121.1617 352.3419 0.1330
5549 5550 103.4 121.1052 358.1511 0.1000
5551 5556 94.4 2527.1748 9131.4336 0.1530
5552 5553 97.3 126.3920 318.0525 0.1530
5553 5554 88.1 0.1660 153.6032 0.1530
5553 5555 81.8 0.1656 130.4371 0.1530
5556 5557 89.6 2534.7061 10307.1660 0.1230
5556 5558 95.8 7603.7334 15123.8545 0.1330
5558 5559 95.0 6795.9517 15633.1582 0.1000
5558 5560 68.3 29588.2266 61711.1797 0.1470
5560 5561 66.9 32118.7266 68364.4375 0.1530
5560 5565 167.7 66222.6641 148245.4688 0.1530
5561 5562 83.8 4983.0190 18136.3105 0.1430
5561 5564 75.9 4836.2197 16441.7324 0.1530
5562 5563 91.6 930.3887 4266.0703 0.1000
5565 5566 161.3 76707.0781 145603.2812 0.1230
5565 5567 166.1 74941.7734 146131.0781 0.1330
5567 5568 85.2 17249.6523 75440.8828 0.1000
5567 5569 105.9 27474.1699 69897.7969 0.1470
5569 5570 104.5 8497.9395 27733.4316 0.1530
5569 5577 102.1 8592.3750 28897.0977 0.1530
5570 5571 80.6 2042.2086 3622.5613 0.1530
5571 5572 92.0 257.7942 1828.4253 0.1330
5571 5573 95.5 246.1571 1615.4517 0.1330
5572 5574 90.1 113.7482 422.0646 0.1330
5573 5575 87.5 130.7542 1042.4573 0.1330
5574 5575 69.0 0.1353 65.2477 0.1330
5575 5576 99.0 0.1139 64.6031 0.1000
5577 5578 99.2 2231.1560 5645.9580 0.1230
5577 5579 87.7 2395.8113 6684.7993 0.1330
5579 5580 89.5 473.4934 2346.2981 0.1000
5579 5581 90.2 537.6461 2457.6582 0.1470
5581 5582 89.7 135.5586 277.1081 0.1530
5582 5583 90.3 0.1553 142.2841 0.1230
5582 5584 88.7 0.1695 156.6814 0.1330
5584 5585 84.0 0.1071 6.9570 0.1000
5584 5586 31.1 0.1543 5.0781 0.1470
5586 5587 70.4 0.1546 2.5298 0.1530
5586 5599 73.5 0.1550 2.5692 0.1530
5587 5588 39.8 0.1533 0.8438 0.1530
5588 5589 128.7 0.1391 0.1782 0.1390
5588 5591 123.3 0.1391 0.1764 0.1390
5589 5590 42.4 0.1080 0.1596 0.1080
5589 5593 41.5 0.1390 0.1980 0.1390
5591 5592 41.3 0.1080 0.1560 0.1080
5591 5595 41.0 0.1390 0.1955 0.1390
5599 5600 45.4 0.1235 0.7397 0.1230
5599 5601 51.8 0.1335 0.7702 0.1330
5601 5602 139.7 0.1001 0.1280 0.1000
5601 5603 64.5 0.1471 0.0427 0.1470
5670 5671 31.7 0.1269 0.1676 0.1530
5671 5673 89.7 0.1289 0.1675 0.1530
6651 6653 36.3 0.1470 0.1927 0.1470
6653 6654 35.8 0.1530 0.1969 0.1530
6653 6658 111.8 0.1530 0.2341 0.1530
6658 6659 114.4 0.1230 0.2236 0.1230
6658 6660 106.2 0.1330 0.8488 0.1330
6660 6661 101.6 0.1000 0.9648 0.1000
6660 6662 98.2 0.1470 4.7743 0.1470
6662 6663 95.4 0.1530 4.9517 0.1530
6662 6675 95.9 0.1530 11.4917 0.1530
6663 6664 100.9 0.1530 0.6215 0.1530
6675 6676 94.8 0.1230 11.7186 0.1230
6675 6677 90.2 0.1330 505.7903 0.1330
6677 6678 90.1 0.1000 505.5841 0.1000
6677 6679 90.1 0.1470 498.2594 0.1470
6679 6680 91.7 0.1530 35.1701 0.1530
6680 6681 96.0 0.1230 5.5142 0.1230
6680 6682 96.2 0.1330 5.7948 0.1330
6682 6683 103.2 0.1000 1.7632 0.1000
6682 6684 101.1 0.1470 2.0506 0.1470
6684 6685 98.9 0.1530 0.4395 0.1530
6684 6688 100.0 0.1530 0.4221 0.1530
7052 7056 85.4 0.1530 0.1873 0.1530
7056 7057 59.0 0.1230 0.1584 0.1230
7056 7058 33.7 0.1330 0.1735 0.1330
7058 7059 85.0 0.1000 0.0986 0.1000
7058 7060 85.4 0.1470 0.1729 0.1470
7060 7061 45.2 0.1530 0.2107 0.1530
7192 7193 49.0 0.1530 0.1612 0.1530
7193 7194 56.2 0.1530 0.1796 0.1530
Constraint error in algorithm Lincs at step 3
t = 0.006 ps: Water molecule starting at atom 117351 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with
previous and current coordinates
Fatal error: ci = -2147483648 should be in 0 .. 5831 [FILE nsgrid.c,
LINE 210]
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list