[gmx-users] Help-me with position restrained dynamics !!!!!!!!!!!!
Martina Bertsch, PhD
mbe404 at lulu.it.northwestern.edu
Thu Nov 13 03:52:00 CET 2003
Hello, Tanos.
If your water molecule starting at atom 117351 cannot be settled, you
might have to do a CG-EM first (with FLEX_SPC), or you might want to
just delete that water. If you decide to delete it from the input *gro
file, you must also change the number of atoms on line 2 of the same
file, renumber residues (editconf), change the number of SOL at the end
of the *top file and rerun the make_ndx if you are using an *ndx file.
You are also getting a LINCS warning about a relative constraint
deviation after LINCS between atoms 985 and 999. Check the file to see
which molecule those atoms belong to. If you cannot delete them, because
they belong to your protein, for example, you are going to have to run
an EM, preferably using the CG algorithm, because the SD has problems.
Also, see David's answers to my question regarding "Relative constraint
deviation after LINCS" posted yesterday.
Regards,
Martina Bertsch, Ph.D.
Northwestern University
Feinberg School of Medicine
Molecular Pharmacology and Biological Chemistry
303 East Chicago Avenue
Chicago, IL 60611
Tanos wrote:
> Hi folks,
>
> I'm trying to perform a dynamics with position restrained (pr md) in
> a protein but gromacs is halting. I have not been able yet to find out
> what is happening. Could someone help-me ???? Find bellow my pr.mdp
> file and the end of the file prlog.log generated in the dynamics.
>
> MY PR.MDP FILE:
>
> User Tanos (666)
> ; Wed Out 10 02:19:25 2002
> ; Input file
> ;
> title = Dinamica
> cpp = /lib/cpp
> define = -DPOSRES
> constraints = all-bonds
> integrator = md
> dt = 0.002 ; ps !
> nsteps = 25000 ; total 50 ps.
> nstcomm = 1
> nstxout = 500
> nstvout = 1000
> nstfout = 0
> nstlog = 1000
> nstenergy = 1000
> nstlist = 10
> ns_type = grid
> rlist = 1.5
> rcoulomb = 1.5
> rvdw = 1.5
> ; Berendsen temperature coupling is on in two groups
> Tcoupl = berendsen
> tc-grps = Protein PLG FFO Cl SOL
> tau_t = 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1
> ref_t = 300 300 300 300 300
> ; Energy monitoring
> energygrps = Protein SOL
> ; Pressure coupling is not on
> Pcoupl = no
> tau_p = 0.5
> compressibility = 4.5e-5
> ref_p = 1.0
> ; Generate velocites is on at 300 K.
> gen_vel = yes
> gen_temp = 300.0
> gen_seed = 173529
>
>
> THE END OF MY PRLOG.LOG FILE:
>
>
> 5582 5584 33.2 0.1330 0.1695 0.1330
> 5671 5673 76.6 0.1530 0.1289 0.1530
> Constraint error in algorithm Lincs at step 2
> Large VCM(group rest): 0.04708, -0.09935, -0.00923,
> ekin-cm: 9146.09766
>
> Step 3, time 0.006 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> max 1164542848.000000 (between atoms 985 and 999) rms 34629060.000000
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 935 937 38.6 0.1330 0.1831 0.1330
> 937 938 42.8 0.1000 0.1460 0.1000
> 937 939 113.2 0.1470 0.2145 0.1470
> 939 940 120.5 0.1530 0.2153 0.1530
> 939 943 58.7 0.1532 3.3135 0.1530
> 940 941 40.2 0.1530 0.2087 0.1530
> 940 942 40.6 0.1530 0.2094 0.1530
> 943 944 49.9 0.1232 3.3996 0.1230
> 943 945 141.4 0.1337 24.2494 0.1330
> 945 946 111.6 0.1006 22.7473 0.1000
> 945 947 39.5 0.1498 316.9225 0.1470
> 947 948 70.2 0.1551 302.2123 0.1530
> 947 954 164.2 0.1642 1846.4207 0.1530
> 948 949 121.1 0.1533 8.4137 0.1530
> 949 950 55.3 0.1231 0.8101 0.1230
> 949 951 64.1 0.1331 0.7978 0.1330
> 951 952 36.5 0.1000 0.1085 0.1000
> 951 953 39.7 0.1000 0.1150 0.1000
> 954 955 104.9 0.1343 1572.6531 0.1230
> 954 956 56.9 0.1821 18755.3281 0.1330
> 956 957 72.4 0.1451 18324.1992 0.1000
> 956 958 161.2 334.0933 133541.8125 0.1470
> 958 959 160.9 334.0936 136181.2500 0.1530
> 958 962 174.0 1474.5835 597897.6875 0.1530
> 959 960 32.8 0.2071 21850.0469 0.1530
> 959 961 83.3 0.2071 20308.8320 0.1530
> 962 963 170.7 1247.9329 553834.3750 0.1230
> 962 964 135.1 11073.7217 2370382.7500 0.1330
> 964 965 138.3 9964.9775 2473589.7500 0.1000
> 964 966 163.9 84718.0078 11711047.0000 0.1470
> 966 967 168.1 83592.8203 11872569.0000 0.1530
> 966 974 177.4 531854.6250 34121308.0000 0.1530
> 967 968 130.4 8524.6006 2313893.5000 0.1530
> 968 969 164.4 789.7648 398261.7188 0.1530
> 969 970 164.9 210.2915 105169.2969 0.1230
> 969 971 164.8 210.2928 106477.4844 0.1330
> 971 972 63.8 0.1641 14579.9697 0.1000
> 971 973 42.0 0.1687 15633.4590 0.1000
> 974 975 178.0 468261.0938 29091216.0000 0.1230
> 974 976 173.0 1824974.2500 59607392.0000 0.1330
> 976 977 177.6 4301143.5000 93035968.0000 0.1470
> 976 980 169.6 1763389.0000 45301128.0000 0.1470
> 977 978 176.2 3762538.2500 77157208.0000 0.1530
> 977 981 178.3 8019438.0000 136197808.0000 0.1530
> 978 979 159.1 800153.4375 20493440.0000 0.1530
> 979 980 176.8 390867.5000 8532909.0000 0.1530
> 981 982 178.2 6300602.0000 94115936.0000 0.1230
> 981 983 178.0 9328437.0000 133330600.0000 0.1330
> 983 984 175.1 6393902.5000 88507168.0000 0.1000
> 983 985 177.8 10676695.0000 146439200.0000 0.1470
> 985 986 177.2 8838409.0000 125023544.0000 0.1530
> 985 999 179.3 12291217.0000 178175056.0000 0.1530
> 986 987 177.7 3611468.7500 56881804.0000 0.1530
> 987 988 168.1 2173070.2500 35534920.0000 0.1390
> 987 990 167.3 2146427.2500 34981964.0000 0.1390
> 988 989 177.4 947032.1875 16722157.0000 0.1080
> 988 992 176.2 851603.4375 15852324.0000 0.1390
> 990 991 171.5 887734.8125 16090877.0000 0.1080
> 990 994 173.9 835910.2500 15405760.0000 0.1390
> 992 993 168.6 355163.7812 8087312.0000 0.1080
> 992 996 170.8 376448.3438 10301986.0000 0.1390
> 994 995 170.1 358500.0938 7973824.0000 0.1080
> 994 996 170.5 384787.1250 10268269.0000 0.1390
> 996 997 177.1 199042.5938 6236564.0000 0.1360
> 997 998 162.7 35645.2578 1556811.3750 0.1000
> 999 1000 174.8 6998500.5000 106031656.0000 0.1230
> 999 1001 177.4 7781046.0000 122113768.0000 0.1330
> 1001 1002 174.2 3344113.7500 54830364.0000 0.1000
> 1001 1003 177.1 2599770.7500 55070252.0000 0.1470
> 1003 1004 171.9 879845.1250 26124280.0000 0.1530
> 1003 1007 169.9 922419.2500 26508644.0000 0.1530
> 1004 1005 64.2 21983.4668 5471561.5000 0.1430
> 1005 1006 124.3 1602.4186 421393.0312 0.1000
> 1007 1008 129.8 248953.7031 7021160.5000 0.1230
> 1007 1009 134.1 270228.1250 7430748.0000 0.1330
> 1009 1010 167.3 100565.0156 1927441.1250 0.1000
> 1009 1011 170.5 113814.9297 1691708.8750 0.1470
> 1011 1012 164.4 43332.3008 786966.6250 0.1530
> 1012 1013 173.3 22248.5879 414639.1562 0.1230
> 1012 1014 174.6 22725.3594 444469.4375 0.1330
> 1014 1015 137.1 3116.6343 129006.1016 0.1000
> 1014 1016 153.9 3244.5698 145934.5938 0.1470
> 1016 1017 175.3 1501.5502 64627.3477 0.1530
> 1016 1020 177.6 1526.1755 62335.4219 0.1530
> 1020 1021 80.7 63.5151 13728.9766 0.1230
> 1020 1022 62.9 62.1182 12748.1641 0.1330
> 1022 1023 123.1 3.7880 14796.8535 0.1470
> 1022 1026 168.9 3.6909 5702.0054 0.1470
> 1023 1024 120.6 0.6503 14065.1895 0.1530
> 1023 1027 123.3 0.7394 14003.5088 0.1530
> 1024 1025 117.3 0.0946 7533.8438 0.1530
> 1025 1026 48.3 0.6804 698.9347 0.1530
> 1027 1028 68.5 0.1097 9449.9199 0.1230
> 1027 1029 59.3 0.1586 9227.2900 0.1330
> 1029 1030 90.8 0.1012 840.4069 0.1000
> 1029 1031 173.2 0.1495 2228.0525 0.1470
> 1031 1032 55.6 0.1533 1387.0967 0.1530
> 1031 1033 71.1 0.1534 1416.1237 0.1530
> 1033 1034 144.7 0.1234 78.8104 0.1230
> 1033 1035 97.4 0.1333 33.5699 0.1330
> 1035 1036 67.7 0.1001 35.6458 0.1000
> 1035 1037 52.0 0.1471 35.7107 0.1470
> 1037 1038 37.1 0.1530 0.1975 0.1530
> 1037 1044 36.7 0.1530 0.2002 0.1530
> 1356 1357 32.1 0.1230 0.1558 0.1230
> 1356 1358 123.6 0.1331 10.6364 0.1330
> 1358 1359 123.8 0.1001 10.7200 0.1000
> 1358 1360 113.4 0.1474 138675.7969 0.1470
> 1360 1361 112.1 0.1534 138676.1250 0.1530
> 1360 1369 95.3 0.1548 248554.3125 0.1530
> 1361 1362 112.0 0.1531 10.0255 0.1530
> 1362 1363 34.3 0.1530 0.1865 0.1530
> 1369 1370 91.3 0.1250 261095.9062 0.1230
> 1369 1371 119.3 0.1349 1491179.2500 0.1330
> 1371 1372 100.1 0.1009 1456388.6250 0.1000
> 1371 1373 68.0 0.1349 1581910.2500 0.1470
> 1373 1374 91.8 0.1887 46806432.0000 0.1530
> 1373 1382 124.2 0.1418 894755.5000 0.1530
> 1374 1375 90.0 0.2638 88520448.0000 0.1530
> 1375 1376 90.0 0.4068 97632848.0000 0.1530
> 1376 1377 90.0 0.1661 10831680.0000 0.1530
> 1377 1378 89.0 0.1474 183622.0938 0.1470
> 1378 1379 91.5 0.1001 31787.4688 0.1000
> 1378 1380 93.1 0.1002 29384.2383 0.1000
> 1378 1381 91.5 0.1001 31895.3340 0.1000
> 1382 1383 72.9 0.1255 1825411.5000 0.1230
> 1382 1384 65.5 0.1357 1864909.7500 0.1330
> 1384 1385 79.4 0.1012 314981.7500 0.1000
> 1384 1386 90.1 0.1482 385514.9375 0.1470
> 1386 1387 66.0 0.1533 174624.0781 0.1530
> 1386 1391 61.8 0.1534 174561.9531 0.1530
> 1387 1388 89.1 0.1531 228.2726 0.1530
> 1387 1389 89.4 0.1531 218.3207 0.1530
> 1388 1390 95.5 0.1530 59.6468 0.1530
> 1391 1392 87.7 0.1231 177.0004 0.1230
> 1391 1393 92.7 0.1331 197.4645 0.1330
> 1393 1394 99.7 0.1000 69.3801 0.1000
> 1393 1395 101.7 0.1470 79.4502 0.1470
> 1395 1396 98.2 0.1530 19.6475 0.1530
> 1395 1399 99.2 0.1530 19.2183 0.1530
> 1396 1397 114.2 0.1430 2.7858 0.1430
> 1397 1398 40.3 0.1000 0.1325 0.1000
> 1399 1400 118.8 0.1230 3.8795 0.1230
> 1399 1401 117.5 0.1330 3.8490 0.1330
> 1401 1402 41.5 0.1000 0.1463 0.1000
> 1401 1403 40.0 0.1470 0.2038 0.1470
> 2268 2270 38.1 0.1330 0.1809 0.1330
> 2270 2271 39.6 0.1000 0.1384 0.1000
> 2270 2272 77.9 0.1471 0.2629 0.1470
> 2272 2273 80.9 0.1531 0.2957 0.1530
> 2272 2280 68.0 0.1536 0.2555 0.1530
> 2273 2274 37.1 0.1530 0.2015 0.1530
> 2280 2281 78.3 0.1237 0.3460 0.1230
> 2280 2282 59.3 0.1350 1.7180 0.1330
> 2282 2283 80.4 0.1018 1.6494 0.1000
> 2282 2284 97.8 0.1583 1.4565 0.1470
> 2284 2285 96.7 0.1646 1.4969 0.1530
> 2284 2288 61.7 0.2011 6.4647 0.1530
> 2285 2286 81.6 0.1545 1.8273 0.1530
> 2285 2287 67.1 0.1546 1.6700 0.1530
> 2288 2289 85.8 0.1695 7.3437 0.1230
> 2288 2290 92.0 8.1839 16.2816 0.1330
> 2290 2291 93.9 8.1252 15.7185 0.1000
> 2290 2292 89.7 28.2505 76.0594 0.1470
> 2292 2293 89.2 28.1261 75.8688 0.1530
> 2292 2296 90.6 97.9383 179.6196 0.1530
> 2293 2294 91.2 8.5093 27.5406 0.1530
> 2293 2295 91.2 8.5087 27.3733 0.1530
> 2296 2297 90.5 99.5270 173.2957 0.1230
> 2296 2298 93.8 151.9407 177.9941 0.1330
> 2298 2299 134.9 200.1994 170.4824 0.1000
> 2298 2300 132.0 418.5236 1312.3619 0.1470
> 2300 2301 111.3 437.8054 1613.0421 0.1530
> 2300 2305 94.4 1910.3650 16787.2363 0.1530
> 2301 2302 79.1 45.7274 549.3641 0.1430
> 2301 2304 79.1 34.7751 549.9542 0.1530
> 2302 2303 111.4 3.1883 26.0384 0.1000
> 2305 2306 94.1 1722.7191 16088.0244 0.1230
> 2305 2307 122.9 15581.8096 5457.5718 0.1330
> 2307 2308 91.5 15097.3447 13937.4365 0.1000
> 2307 2309 97.0 20346.6055 105958.2812 0.1470
> 2309 2310 98.2 18545.4902 119955.5625 0.1530
> 2309 2314 88.5 123429.0078 372692.7812 0.1530
> 2310 2311 169.3 14396.5801 14336.5742 0.1430
> 2310 2313 161.7 14486.1475 14823.3799 0.1530
> 2311 2312 76.7 1922.4841 11739.2471 0.1000
> 2314 2315 89.3 140138.2344 379082.1562 0.1230
> 2314 2316 120.3 337342.0000 265101.2812 0.1330
> 2316 2317 123.2 379763.2188 348789.5312 0.1000
> 2316 2318 153.7 108241.1797 573724.6250 0.1470
> 2318 2319 176.3 64805.7422 963081.8750 0.1530
> 2318 2323 160.3 48901.1094 512064.8438 0.1530
> 2319 2320 158.1 401522.2500 773408.2500 0.1430
> 2319 2322 157.2 284190.1250 747289.0000 0.1530
> 2320 2321 95.6 176991.3281 471741.5625 0.1000
> 2323 2324 36.5 283039.6250 339214.7188 0.1230
> 2323 2325 146.4 203861.5469 177035.3594 0.1330
> 2325 2326 88.9 405664.2188 566967.0625 0.1000
> 2325 2327 95.6 366503.4688 193754.9062 0.1470
> 2327 2328 92.0 126718.6641 331990.7812 0.1530
> 2327 2332 92.1 127053.6953 335887.0938 0.1530
> 2328 2329 96.6 35673.3672 85231.8672 0.1430
> 2328 2331 95.8 35598.3320 88458.1719 0.1530
> 2329 2330 73.2 5820.2104 14419.1484 0.1000
> 2332 2333 96.8 33154.6094 91863.8906 0.1230
> 2332 2334 98.8 31564.8555 90513.4531 0.1330
> 2334 2335 52.2 10229.2559 20124.7598 0.1000
> 2334 2336 61.5 10940.0215 21548.8477 0.1470
> 2336 2337 66.5 3174.4263 13422.8740 0.1530
> 2336 2344 68.4 4022.3145 13505.5293 0.1530
> 2337 2338 104.1 1545.7861 3944.4102 0.1530
> 2338 2339 89.3 53.0758 1327.8859 0.1330
> 2338 2340 91.3 50.7887 1314.9303 0.1330
> 2339 2341 90.5 15.2694 228.5839 0.1330
> 2340 2342 88.9 17.8451 225.3660 0.1330
> 2341 2342 100.3 1.0604 14.9207 0.1330
> 2342 2343 85.5 1.8232 16.1598 0.1000
> 2344 2345 73.4 197.3445 683.8052 0.1230
> 2344 2346 94.6 22.1648 667.1306 0.1330
> 2346 2347 49.3 24.1575 179.6060 0.1000
> 2346 2348 55.6 24.5771 216.8384 0.1470
> 2348 2349 117.3 9.4003 120.9253 0.1530
> 2348 2357 120.8 9.2344 136.7168 0.1530
> 2349 2350 76.6 0.9804 19.6452 0.1530
> 2351 2352 112.5 0.1545 0.3973 0.1530
> 2352 2353 95.7 0.1472 0.2306 0.1470
> 2357 2358 65.9 1.2531 29.3172 0.1230
> 2357 2359 64.3 1.2200 29.3590 0.1330
> 2359 2360 67.8 0.1568 4.5153 0.1000
> 2359 2361 42.5 0.2107 4.5668 0.1470
> 2361 2362 162.2 0.1627 0.9178 0.1530
> 2361 2366 106.7 0.1631 0.2211 0.1530
> 2362 2363 81.4 0.1448 0.8493 0.1430
> 2362 2365 73.3 0.1548 0.8459 0.1530
> 2363 2364 51.7 0.1003 0.1538 0.1000
> 2366 2367 35.9 0.1255 0.1071 0.1230
> 2366 2368 75.4 0.1357 0.1495 0.1330
> 2368 2369 41.4 0.1005 0.1382 0.1000
> 2368 2370 35.7 0.1476 0.1882 0.1470
> 2407 2409 31.0 0.1470 0.1744 0.1470
> 2409 2410 71.7 0.1530 0.3017 0.1530
> 2410 2411 85.8 0.1530 1.2704 0.1530
> 2411 2412 84.3 0.1530 8.5910 0.1530
> 2412 2413 86.2 0.1470 25.1450 0.1470
> 2413 2414 83.9 0.1000 20.4936 0.1000
> 2413 2415 86.1 0.1340 71.6241 0.1340
> 2415 2416 86.7 0.1340 62.3694 0.1340
> 2415 2419 89.3 0.1340 250.5079 0.1340
> 2416 2417 86.8 0.1000 28.2410 0.1000
> 2416 2418 86.4 0.1000 27.0553 0.1000
> 2419 2420 89.1 0.1000 99.3741 0.1000
> 2419 2421 89.5 0.1000 193.1493 0.1000
> 2769 2773 45.3 0.1750 0.1705 0.1530
> 2773 2774 57.6 0.1423 0.1161 0.1230
> 2773 2775 44.4 0.1675 0.1681 0.1330
> 2775 2776 92.0 0.1203 0.2217 0.1000
> 2775 2777 31.5 0.2371 0.1726 0.1470
> 2777 2778 89.0 0.4568 2.0289 0.1530
> 2778 2779 88.7 0.5164 1.9580 0.1230
> 2778 2780 88.5 0.6461 8.9035 0.1330
> 2780 2781 89.5 0.8007 7.9724 0.1000
> 2780 2782 90.7 15.7554 91.6576 0.1470
> 2782 2783 88.6 84.8232 112.8320 0.1530
> 2782 2787 90.6 15.7568 91.7997 0.1530
> 2783 2784 115.8 204.6759 90.0655 0.1530
> 2784 2785 104.6 128.3330 84.9035 0.1530
> 2784 2786 120.4 206.1736 70.6617 0.1530
> 2787 2788 88.1 2.9894 14.5061 0.1230
> 2787 2789 88.2 3.0152 14.0248 0.1330
> 2789 2790 90.9 0.7095 2.0431 0.1000
> 2789 2791 90.5 0.6299 2.0050 0.1470
> 2791 2792 97.3 0.2309 0.3987 0.1530
> 2791 2799 91.4 0.2164 0.6770 0.1530
> 2792 2793 48.2 0.1771 0.1443 0.1530
> 2799 2800 87.8 0.1311 0.2137 0.1230
> 2799 2801 80.8 0.1435 0.2322 0.1330
> 2801 2802 34.1 0.1045 0.1180 0.1000
> 2803 2804 32.4 0.1566 0.1706 0.1530
> 3012 3013 33.0 0.1230 0.1551 0.1230
> 3012 3014 69.7 0.1330 0.2262 0.1330
> 3014 3015 78.8 0.1000 0.1530 0.1000
> 3014 3016 83.5 0.1470 0.6683 0.1470
> 3016 3017 84.7 0.1530 0.7500 0.1530
> 3016 3020 79.7 0.1530 0.9310 0.1530
> 3017 3018 61.4 0.1530 0.2493 0.1530
> 3017 3019 61.4 0.1530 0.2490 0.1530
> 3020 3021 83.4 0.1230 1.1545 0.1230
> 3020 3022 89.2 0.1330 14.8677 0.1330
> 3022 3023 89.6 0.1000 13.9994 0.1000
> 3022 3024 89.5 0.1470 15.0213 0.1470
> 3024 3025 86.9 0.1530 1.9529 0.1530
> 3024 3038 84.6 0.1530 1.7327 0.1530
> 3025 3026 85.3 0.1530 0.5238 0.1530
> 3026 3027 51.2 0.1390 0.1982 0.1390
> 3026 3029 51.4 0.1390 0.1995 0.1390
> 3038 3039 80.0 0.1230 0.5925 0.1230
> 3038 3040 81.5 0.1330 0.7590 0.1330
> 3040 3041 73.1 0.1000 0.1835 0.1000
> 3040 3042 82.7 0.1470 0.3787 0.1470
> 3042 3043 44.0 0.1530 0.2130 0.1530
> 3042 3050 43.9 0.1530 0.2164 0.1530
> 4831 4845 39.9 0.1530 0.2221 0.1530
> 4845 4846 44.8 0.1230 0.1919 0.1230
> 4845 4847 64.6 0.1330 0.1686 0.1330
> 4847 4848 82.9 0.1470 0.7371 0.1470
> 4847 4851 72.9 0.1470 0.1464 0.1470
> 4848 4849 84.7 0.1530 0.7376 0.1530
> 4848 4852 84.1 0.1530 1.8069 0.1530
> 4849 4850 79.3 0.1530 0.2675 0.1530
> 4850 4851 36.5 0.1530 0.1931 0.1530
> 4852 4853 83.0 0.1230 1.3431 0.1230
> 4852 4854 89.2 0.1330 12.2329 0.1330
> 4854 4855 89.4 0.1000 11.1131 0.1000
> 4854 4856 89.4 0.1470 12.7845 0.1470
> 4856 4857 87.3 0.1530 1.6304 0.1530
> 4857 4858 79.0 0.1230 0.3641 0.1230
> 4857 4859 81.8 0.1330 0.5029 0.1330
> 4859 4860 76.5 0.1000 0.1302 0.1000
> 4859 4861 74.8 0.1470 0.2769 0.1470
> 4861 4862 35.5 0.1530 0.1917 0.1530
> 4861 4869 34.7 0.1530 0.1934 0.1530
> 5017 5019 35.8 0.1505 0.1841 0.1470
> 5019 5020 34.4 0.1559 0.1889 0.1530
> 5024 5026 91.5 0.1976 3.3239 0.1330
> 5026 5027 91.4 0.1440 3.3034 0.1000
> 5026 5028 85.5 0.2916 7.1391 0.1470
> 5028 5029 83.1 0.3292 7.2828 0.1530
> 5028 5033 91.6 0.1825 9.6887 0.1530
> 5029 5030 98.3 0.2178 2.7452 0.1530
> 5033 5034 91.6 0.2076 12.1551 0.1230
> 5033 5035 86.0 1.1894 17.3951 0.1330
> 5035 5036 82.4 1.2680 9.9619 0.1000
> 5035 5037 103.6 3.2214 8.8592 0.1470
> 5037 5038 143.2 3.1628 4.7965 0.1530
> 5037 5041 73.5 47.3919 151.7677 0.1530
> 5038 5039 86.2 1.1649 12.3908 0.1830
> 5039 5040 89.7 0.1662 8.0262 0.1330
> 5041 5042 75.6 49.9501 153.5515 0.1230
> 5041 5043 101.4 42.2309 1132.9116 0.1330
> 5043 5044 108.7 42.1792 1111.0173 0.1000
> 5043 5045 101.0 1755.9854 2658.4407 0.1470
> 5045 5046 105.3 1728.3600 1976.3347 0.1530
> 5045 5053 127.2 3662.8364 685.7919 0.1530
> 5046 5047 89.2 59.4218 28212.8828 0.1530
> 5047 5048 90.9 44.8608 720075.6875 0.1530
> 5048 5049 152.5 4.7603 122998.7031 0.1230
> 5048 5050 90.1 4.7441 5428780.0000 0.1330
> 5050 5051 90.0 0.8520 5405231.0000 0.1000
> 5050 5052 90.2 0.5842 4597222.0000 0.1000
> 5053 5054 83.9 535.3715 1472.1228 0.1230
> 5053 5055 113.7 3066.2390 656.1940 0.1330
> 5055 5056 89.7 1095.8907 1334.1121 0.1000
> 5055 5057 83.8 1082.5946 1782.9033 0.1470
> 5057 5058 91.3 131.3824 1821.6167 0.1530
> 5057 5066 102.7 134.0032 4382.4575 0.1530
> 5058 5059 86.5 42.3194 170.3921 0.1530
> 5059 5060 90.2 14.0957 62.5201 0.1530
> 5060 5061 90.1 2.5170 15.8984 0.1530
> 5061 5062 90.0 0.2355 1.9449 0.1470
> 5062 5063 46.9 0.1298 0.1280 0.1000
> 5062 5064 90.1 0.1335 0.1686 0.1000
> 5062 5065 83.3 0.1353 0.1674 0.1000
> 5066 5067 164.0 47.8155 3068.0818 0.1230
> 5066 5068 117.0 47.7541 23914.7539 0.1330
> 5068 5070 67.2 16.7328 220207.1719 0.1470
> 5070 5071 32.0 2.8986 199426.6562 0.1530
> 5070 5083 78.7 3.7743 1014720.3750 0.1530
> 5071 5072 128.4 2.1713 26760.0801 0.1530
> 5072 5073 117.3 0.3834 11264.4023 0.1530
> 5074 5075 90.5 0.1068 0.1269 0.1000
> 5074 5076 50.5 0.1426 0.1479 0.1340
> 5076 5077 32.7 0.1366 0.1499 0.1340
> 5080 5081 34.1 0.1007 0.1131 0.1000
> 5080 5082 30.2 0.1008 0.1108 0.1000
> 5083 5084 100.8 0.1165 976790.5625 0.1230
> 5083 5085 117.2 0.1613 1107782.3750 0.1330
> 5085 5086 88.2 0.1013 1937311.1250 0.1000
> 5085 5087 81.8 0.1496 1379639.6250 0.1470
> 5087 5088 100.2 0.1534 1153718.1250 0.1530
> 5087 5089 94.6 0.1535 1877233.3750 0.1530
> 5089 5090 96.2 0.1234 55753.7539 0.1230
> 5089 5091 109.3 0.1334 53417.0156 0.1330
> 5091 5092 135.6 0.1001 20264.7148 0.1000
> 5091 5093 144.0 0.1471 18546.8848 0.1470
> 5093 5094 84.5 0.1530 3267.5020 0.1530
> 5093 5098 80.2 0.1530 3403.1187 0.1530
> 5094 5095 112.0 0.1530 757.8778 0.1530
> 5095 5096 72.3 0.1530 317.0366 0.1530
> 5095 5097 66.8 0.1530 317.0385 0.1530
> 5098 5099 108.8 0.1230 481.4034 0.1230
> 5098 5100 98.0 0.1330 422.2055 0.1330
> 5100 5101 66.1 0.1000 319.0863 0.1000
> 5100 5102 55.4 0.1470 319.1584 0.1470
> 5102 5103 37.1 0.1530 0.1991 0.1530
> 5102 5110 34.6 0.1530 0.1974 0.1530
> 5129 5130 33.9 0.1084 0.1078 0.1080
> 5217 5218 32.9 0.1530 0.1779 0.1530
> 5218 5219 37.6 0.1230 0.1471 0.1230
> 5218 5220 87.9 0.1330 0.2198 0.1330
> 5220 5221 88.6 0.1000 0.2578 0.1000
> 5220 5222 84.8 0.1472 0.1978 0.1470
> 5222 5226 62.3 0.1543 0.1722 0.1530
> 5226 5227 56.0 0.1245 0.0754 0.1230
> 5228 5229 60.7 0.1033 0.4647 0.1000
> 5228 5230 152.6 0.1558 2.0863 0.1470
> 5230 5231 116.2 0.1598 1.8860 0.1530
> 5231 5232 53.1 0.1548 0.2778 0.1530
> 5237 5238 72.1 0.1254 14.3563 0.1230
> 5237 5239 103.5 0.1431 325.7570 0.1330
> 5239 5240 100.5 0.1261 325.9928 0.1000
> 5239 5241 173.6 6.3371 2584.5200 0.1470
> 5241 5242 173.9 6.4012 2655.4866 0.1530
> 5241 5245 173.0 58.8620 9740.4131 0.1530
> 5242 5243 151.1 0.2945 453.8227 0.1530
> 5242 5244 120.7 0.3020 416.6127 0.1530
> 5245 5246 170.4 52.8649 8815.3633 0.1230
> 5245 5247 132.6 251.7470 35595.7344 0.1330
> 5247 5248 132.1 286.6422 35898.1172 0.1000
> 5247 5249 158.3 2099.3433 174605.4844 0.1470
> 5249 5250 159.5 2018.7368 174787.1719 0.1530
> 5249 5257 169.9 12363.8262 530120.6250 0.1530
> 5250 5251 87.9 60.4467 29326.6133 0.1530
> 5254 5255 90.0 0.7989 14.4115 0.1000
> 5254 5256 89.5 0.7861 13.5933 0.1000
> 5257 5258 165.4 12198.9385 473465.1250 0.1230
> 5257 5259 177.5 40461.7734 1034506.8125 0.1330
> 5259 5260 179.4 92213.3359 1675644.3750 0.1470
> 5259 5263 175.4 38523.6016 854674.3125 0.1470
> 5260 5261 179.0 80296.1562 1355112.5000 0.1530
> 5260 5264 179.0 136430.8594 2127281.7500 0.1530
> 5261 5262 171.1 21233.1797 379867.7812 0.1530
> 5262 5263 174.4 4926.6387 150398.4844 0.1530
> 5264 5265 178.7 90187.9922 1336516.3750 0.1230
> 5264 5266 179.1 113600.3516 1696929.6250 0.1330
> 5266 5267 176.0 63028.8281 945417.5625 0.1000
> 5266 5268 178.0 86522.3594 1358614.1250 0.1470
> 5268 5269 177.5 64403.5391 1050546.5000 0.1530
> 5268 5282 178.4 84112.1484 1435165.3750 0.1530
> 5269 5270 178.9 24754.6270 468585.1250 0.1530
> 5270 5271 171.0 12996.0391 276551.6562 0.1390
> 5270 5273 169.5 12439.6748 270763.4375 0.1390
> 5271 5272 171.8 5690.7827 124475.3750 0.1080
> 5271 5275 172.8 6009.5229 122748.5469 0.1390
> 5273 5274 167.0 5326.0654 116115.7422 0.1080
> 5273 5277 167.5 5521.4810 116179.5469 0.1390
> 5275 5276 172.1 3217.0144 65549.8672 0.1080
> 5275 5279 177.3 4875.6870 88025.4297 0.1390
> 5277 5278 176.6 3249.7627 62768.8438 0.1080
> 5277 5279 176.0 4718.9092 86021.2891 0.1390
> 5279 5280 175.8 3238.8879 55700.1836 0.1360
> 5280 5281 174.6 843.1433 15131.8760 0.1000
> 5282 5283 178.6 43551.6406 803734.5625 0.1230
> 5282 5284 177.9 46920.2734 908791.8750 0.1330
> 5284 5285 170.6 17588.0918 377183.8438 0.1000
> 5284 5286 174.3 14491.2568 382286.4688 0.1470
> 5286 5287 176.2 3531.5229 175449.0000 0.1530
> 5286 5290 170.3 3736.2996 184334.0938 0.1530
> 5287 5288 73.9 170.3543 32757.7559 0.1430
> 5288 5289 74.9 69.2329 1477.9634 0.1000
> 5290 5291 97.1 580.3807 41541.1953 0.1230
> 5290 5292 37.5 880.6021 46670.1250 0.1330
> 5292 5294 85.3 125.0450 6426.4517 0.1470
> 5294 5295 99.2 118.8851 1447.0420 0.1530
> 5295 5296 131.6 911.7426 1901.4160 0.1230
> 5295 5297 127.1 853.2061 6177.7334 0.1330
> 5297 5298 67.2 69.8311 6435.8452 0.1000
> 5297 5299 152.6 1172.9722 37030.1758 0.1470
> 5299 5300 153.6 2518.6235 41078.7031 0.1530
> 5299 5303 123.1 13501.5537 113363.6094 0.1530
> 5300 5301 177.5 1417.8087 14169.3281 0.1430
> 5301 5302 55.3 22.7130 4572.8262 0.1000
> 5303 5304 117.7 10316.3271 110643.4531 0.1230
> 5303 5305 167.0 90126.8203 218846.0000 0.1330
> 5305 5306 168.8 93211.7500 243023.4531 0.1470
> 5305 5309 178.1 94001.8047 208654.8281 0.1470
> 5306 5307 141.5 19397.1777 149435.4688 0.1530
> 5306 5310 135.4 22762.7344 158066.1406 0.1530
> 5307 5308 164.2 5172.1929 23514.1992 0.1530
> 5308 5309 114.3 15741.4111 93048.6250 0.1530
> 5310 5311 131.9 6079.5171 52977.4102 0.1230
> 5310 5312 134.8 4445.2959 53550.5312 0.1330
> 5312 5313 116.9 242.4932 8594.5039 0.1000
> 5312 5314 71.9 276.7717 8577.8691 0.1470
> 5316 5317 60.5 3.5274 339.1859 0.1230
> 5316 5318 60.7 3.5658 338.8117 0.1330
> 5318 5319 35.9 0.1457 9.5140 0.1000
> 5318 5320 61.5 0.2000 6.2197 0.1470
> 5320 5321 173.4 0.1616 10.8394 0.1530
> 5320 5327 112.7 0.1627 6.2151 0.1530
> 5321 5322 59.8 0.1543 5.5692 0.1530
> 5322 5323 126.3 0.1234 0.4758 0.1230
> 5322 5324 119.7 0.1333 0.4685 0.1330
> 5324 5325 55.3 0.1001 0.1759 0.1000
> 5324 5326 54.1 0.1001 0.1713 0.1000
> 5327 5328 39.8 0.1253 1.6751 0.1230
> 5327 5329 70.4 0.1355 1.6073 0.1330
> 5530 5532 33.7 0.1330 0.1680 0.1330
> 5532 5533 35.9 0.1000 0.1288 0.1000
> 5532 5534 68.2 0.1470 1.2845 0.1470
> 5534 5535 71.2 0.1532 6.2310 0.1530
> 5535 5536 70.0 0.1233 6.0138 0.1230
> 5535 5537 74.4 0.1340 36.0719 0.1330
> 5537 5538 72.9 0.1010 30.6511 0.1000
> 5537 5539 92.0 0.1517 61.5783 0.1470
> 5539 5540 89.7 0.1577 64.7699 0.1530
> 5540 5541 79.2 0.1539 27.0218 0.1530
> 5541 5542 67.8 0.1332 2.9631 0.1330
> 5541 5544 66.7 0.1332 2.9159 0.1330
> 5542 5543 60.2 0.1000 0.8101 0.1000
> 5542 5545 72.9 0.1330 0.8579 0.1330
> 5544 5546 73.9 0.1330 0.9400 0.1330
> 5547 5548 90.3 0.1295 129.9409 0.1230
> 5547 5549 99.6 121.1617 352.3419 0.1330
> 5549 5550 103.4 121.1052 358.1511 0.1000
> 5551 5556 94.4 2527.1748 9131.4336 0.1530
> 5552 5553 97.3 126.3920 318.0525 0.1530
> 5553 5554 88.1 0.1660 153.6032 0.1530
> 5553 5555 81.8 0.1656 130.4371 0.1530
> 5556 5557 89.6 2534.7061 10307.1660 0.1230
> 5556 5558 95.8 7603.7334 15123.8545 0.1330
> 5558 5559 95.0 6795.9517 15633.1582 0.1000
> 5558 5560 68.3 29588.2266 61711.1797 0.1470
> 5560 5561 66.9 32118.7266 68364.4375 0.1530
> 5560 5565 167.7 66222.6641 148245.4688 0.1530
> 5561 5562 83.8 4983.0190 18136.3105 0.1430
> 5561 5564 75.9 4836.2197 16441.7324 0.1530
> 5562 5563 91.6 930.3887 4266.0703 0.1000
> 5565 5566 161.3 76707.0781 145603.2812 0.1230
> 5565 5567 166.1 74941.7734 146131.0781 0.1330
> 5567 5568 85.2 17249.6523 75440.8828 0.1000
> 5567 5569 105.9 27474.1699 69897.7969 0.1470
> 5569 5570 104.5 8497.9395 27733.4316 0.1530
> 5569 5577 102.1 8592.3750 28897.0977 0.1530
> 5570 5571 80.6 2042.2086 3622.5613 0.1530
> 5571 5572 92.0 257.7942 1828.4253 0.1330
> 5571 5573 95.5 246.1571 1615.4517 0.1330
> 5572 5574 90.1 113.7482 422.0646 0.1330
> 5573 5575 87.5 130.7542 1042.4573 0.1330
> 5574 5575 69.0 0.1353 65.2477 0.1330
> 5575 5576 99.0 0.1139 64.6031 0.1000
> 5577 5578 99.2 2231.1560 5645.9580 0.1230
> 5577 5579 87.7 2395.8113 6684.7993 0.1330
> 5579 5580 89.5 473.4934 2346.2981 0.1000
> 5579 5581 90.2 537.6461 2457.6582 0.1470
> 5581 5582 89.7 135.5586 277.1081 0.1530
> 5582 5583 90.3 0.1553 142.2841 0.1230
> 5582 5584 88.7 0.1695 156.6814 0.1330
> 5584 5585 84.0 0.1071 6.9570 0.1000
> 5584 5586 31.1 0.1543 5.0781 0.1470
> 5586 5587 70.4 0.1546 2.5298 0.1530
> 5586 5599 73.5 0.1550 2.5692 0.1530
> 5587 5588 39.8 0.1533 0.8438 0.1530
> 5588 5589 128.7 0.1391 0.1782 0.1390
> 5588 5591 123.3 0.1391 0.1764 0.1390
> 5589 5590 42.4 0.1080 0.1596 0.1080
> 5589 5593 41.5 0.1390 0.1980 0.1390
> 5591 5592 41.3 0.1080 0.1560 0.1080
> 5591 5595 41.0 0.1390 0.1955 0.1390
> 5599 5600 45.4 0.1235 0.7397 0.1230
> 5599 5601 51.8 0.1335 0.7702 0.1330
> 5601 5602 139.7 0.1001 0.1280 0.1000
> 5601 5603 64.5 0.1471 0.0427 0.1470
> 5670 5671 31.7 0.1269 0.1676 0.1530
> 5671 5673 89.7 0.1289 0.1675 0.1530
> 6651 6653 36.3 0.1470 0.1927 0.1470
> 6653 6654 35.8 0.1530 0.1969 0.1530
> 6653 6658 111.8 0.1530 0.2341 0.1530
> 6658 6659 114.4 0.1230 0.2236 0.1230
> 6658 6660 106.2 0.1330 0.8488 0.1330
> 6660 6661 101.6 0.1000 0.9648 0.1000
> 6660 6662 98.2 0.1470 4.7743 0.1470
> 6662 6663 95.4 0.1530 4.9517 0.1530
> 6662 6675 95.9 0.1530 11.4917 0.1530
> 6663 6664 100.9 0.1530 0.6215 0.1530
> 6675 6676 94.8 0.1230 11.7186 0.1230
> 6675 6677 90.2 0.1330 505.7903 0.1330
> 6677 6678 90.1 0.1000 505.5841 0.1000
> 6677 6679 90.1 0.1470 498.2594 0.1470
> 6679 6680 91.7 0.1530 35.1701 0.1530
> 6680 6681 96.0 0.1230 5.5142 0.1230
> 6680 6682 96.2 0.1330 5.7948 0.1330
> 6682 6683 103.2 0.1000 1.7632 0.1000
> 6682 6684 101.1 0.1470 2.0506 0.1470
> 6684 6685 98.9 0.1530 0.4395 0.1530
> 6684 6688 100.0 0.1530 0.4221 0.1530
> 7052 7056 85.4 0.1530 0.1873 0.1530
> 7056 7057 59.0 0.1230 0.1584 0.1230
> 7056 7058 33.7 0.1330 0.1735 0.1330
> 7058 7059 85.0 0.1000 0.0986 0.1000
> 7058 7060 85.4 0.1470 0.1729 0.1470
> 7060 7061 45.2 0.1530 0.2107 0.1530
> 7192 7193 49.0 0.1530 0.1612 0.1530
> 7193 7194 56.2 0.1530 0.1796 0.1530
> Constraint error in algorithm Lincs at step 3
>
> t = 0.006 ps: Water molecule starting at atom 117351 can not be settled.
> Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with
> previous and current coordinates
> Fatal error: ci = -2147483648 should be in 0 .. 5831 [FILE nsgrid.c,
> LINE 210]
>
>
> _______________________________________________
> gmx-users mailing list
> gmx-users at gromacs.org
> http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www
> interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.
>
>
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list