[gmx-users] CLNA en agua

[parinald at unsl.edu.ar]

Hola gromac`ers :
Trato de simular CLNA en agua;   empecé incluyendo una topología propia de 
iones [ions.itp] ($GROMACS/share/top/ions.itp)¡pero no sé cómo correrlo! 
así que luego armé el "ffG43a1.rtp" de la siguiente manera:
                    [CLNA]
                     [atoms]
                      CL CL-  -1.00000   0
                      NA NA+   1.00000   0
                     [bonds]                      
                     [angles]
                    ; ai aj ak gromos type
                     [impropers]
                    ; ai aj ak al gromos type
                     [dihedrals]
                    ; ai aj ak al gromos type

puse un archivo de coordenadas pdb que ubica al NA y al CL:

                    clna.pdb
                    ATOM  1 CL- CLNA  1  0.00000  0.00000  0.00000
                    ATOM  2 NA+ CLNA  1  1.00000  0.00000  0.00000
                    END

                    (tomo al CL- y al NA+ como un solo residuo?)

En el mensaje de error aparece "Fatal error: atomo CL- not found in residue
CLNA 1 not found in rtp database while sortings atoms.
Probé cambiar CL- a Cl- pero el mensaje es similar. Saludos.
                                                         Pablo Rinaldi.