[gmx-users] CLNA en agua

[Xavier Periole]

Hola Pablo,

Creo que seria mejor hablar en ingles ...

Pero bueno tu problema es que refieres a tus iones como un
residu CLNA que no existe en la topologia. Lo iones CL y Na
existen !! Si quieres definir un nuevo residue, lo tiene que agregar
en aminoacids.dat.

XAvier



On Saturday, September 6, 2003, at 02:03  pm, parinald at unsl.edu.ar wrote:

>
>
>
> Hola gromac`ers :
> Trato de simular CLNA en agua;   empecé incluyendo una topología propia 
> de
> iones [ions.itp] ($GROMACS/share/top/ions.itp)¡pero no sé cómo correrlo!
> así que luego armé el "ffG43a1.rtp" de la siguiente manera:
>                     [CLNA]
>                      [atoms]
>                       CL CL-  -1.00000   0
>                       NA NA+   1.00000   0
>                      [bonds]
>                      [angles]
>                     ; ai aj ak gromos type
>                      [impropers]
>                     ; ai aj ak al gromos type
>                      [dihedrals]
>                     ; ai aj ak al gromos type
>
> puse un archivo de coordenadas pdb que ubica al NA y al CL:
>
>                     clna.pdb
>                     ATOM  1 CL- CLNA  1  0.00000  0.00000  0.00000
>                     ATOM  2 NA+ CLNA  1  1.00000  0.00000  0.00000
>                     END
>
>                     (tomo al CL- y al NA+ como un solo residuo?)
>
> En el mensaje de error aparece "Fatal error: atomo CL- not found in 
> residue
> CLNA 1 not found in rtp database while sortings atoms.
> Probé cambiar CL- a Cl- pero el mensaje es similar. Saludos.
>                                                          Pablo Rinaldi.
>
>
>
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