[gmx-users] [gmx-users]CLNA

[parinald at unsl.edu.ar]

 Hola gromac`ers :
 Trato de simular CLNA en agua;   empecé incluyendo una topología propia
 de  iones [ions.itp] ($GROMACS/share/top/ions.itp)¡pero no sé cómo
 correrlo!  así que luego armé el "ffG43a1.rtp" de la siguiente manera:
                     [CLNA]
                      [atoms]
                       CL CL-  -1.00000   0
                       NA NA+   1.00000   0
                      [bonds]                      
                      [angles]
                     ; ai aj ak gromos type
                      [impropers]
                     ; ai aj ak al gromos type
                      [dihedrals]
                     ; ai aj ak al gromos type

 puse un archivo de coordenadas pdb que ubica al NA y al CL:
 
                     clna.pdb
                     ATOM  1 CL- CLNA  1  0.00000  0.00000  0.00000 ATOM
                      2 NA+ CLNA  1  1.00000  0.00000  0.00000 END
 
                     (tomo al CL- y al NA+ como un solo residuo?)
 
 En el mensaje de error aparece "Fatal error: atomo CL- not found in
 residue CLNA 1 not found in rtp database while sortings atoms.
 Probé cambiar CL- a Cl- pero el mensaje es similar. Saludos.
                                                          Pablo Rinaldi.
 
 
 
  
 
 
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