[gmx-users] Help Solid layers

[Keta Jones]

Dear All,

I am very new to Gromacs.To be more specific I want to
 study a peptide between two walls of hydrated gold
 surface.Each wall has five layers of gold. Outer 
 layer is hydrogenated.
                                                      
                                                      
                             
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
Au Au Au Au Au-h   peptide  h-Au Au Au Au Au
                                                      
                                                      
                             
Is this type of system can be handled by Gromacs.
Please help me how I can generate the PDb files for
this system.I know the inter layer Gold distances and
distance between h-Au.I have the PDB file for peptide.
With this background How canI proceed.
                                                      
                                                      
                             
Further help will be appreciated.
regards,
keta


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Keta
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