[gmx-users] LINCS Error in Gromacs-3.3.1 in pr simulation
raja
raja_28 at fastmail.us
Wed Apr 26 12:03:31 CEST 2006
Dear all,
I have been trying to simulate various mutant models (single
mutant) of a enzyme. I am successfully finished simulation of 3
variants including wild type (So for finished up to position
restraints of all variants). In one mutation involving "Ala" in
requsite position happened to be unfinished at the stage of
position restraint. The error is of old kind , which I have pasted
below. I am surprised about the fact that all system of almost
simillar execpt one mutant residues went through undisturbed but
this particular varient creating problem. I used same parameter
files without any change for all simulation. More to add for your
information, I am simulating all protein with bound ligand
molecules.
The Error is pasted below
#####################################################################################################
Step 142, time 0.284 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 6425310107478786048.000000 (between atoms 1266 and 1267) rms NaN
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1232 1234 45.2 0.1449 0.2169 0.1449
1234 1235 48.4 0.1090 0.1784 0.1090
1234 1236 44.7 0.1529 0.2261 0.1529
1234 1249 122.5 0.1522 136533780725760.0000 0.1522
1249 1250 119.0 0.1229 136533780725760.0000 0.1229
1249 1251 109.1 0.1335 603724024119296.0000 0.1335
1251 1252 108.9 0.1010 586193511120896.0000 0.1010
1251 1253 100.6 0.1449 3357735101923328.0000 0.1449
1253 1254 98.0 0.1090 3204054192750592.0000 0.1090
1253 1255 97.4 0.1529 3419750134710272.0000 0.1529
1253 1264 97.6 0.1522 9328680778072064.0000 0.1522
1255 1256 102.1 0.1090 516437605089280.0000 0.1090
1255 1257 103.2 0.1090 510584571297792.0000 0.1090
1255 1258 100.1 0.1529 531077537988608.0000 0.1529
1258 1259 110.2 0.1090 46668405800960.0000 0.1090
1258 1260 115.1 0.1090 46668405800960.0000 0.1090
1258 1261 111.3 0.1522 46668405800960.0000 0.1522
1264 1265 96.8 0.1229 8772496471883776.0000 0.1229
1264 1266 93.4 0.1335 23058375889649664.0000 0.1335
1266 1267 90.1 0.1010 648956295566589952.0000 0.1010
1266 1268 92.8 0.1449 20309538838151168.0000 0.1449
1268 1269 93.7 0.1090 9442003490177024.0000 0.1090
1268 1270 94.1 0.1529 10569273491587072.0000 0.1529
1268 1275 94.6 0.1522 10709468740321280.0000 0.1522
1270 1271 97.4 0.1090 2281559910514688.0000 0.1090
1270 1272 96.7 0.1090 2346805832450048.0000 0.1090
1270 1273 97.6 0.1410 2468801157267456.0000 0.1410
1273 1274 98.1 0.0945 516787946913792.0000 0.0945
1275 1276 103.0 0.1229 1965350593757184.0000 0.1229
1275 1277 105.2 0.1335 1981484369969152.0000 0.1335
1277 1278 112.0 0.1010 484401947344896.0000 0.1010
1277 1279 105.5 0.1449 537563274149888.0000 0.1449
1279 1280 114.6 0.1090 93084121563136.0000 0.1090
1279 1281 107.4 0.1529 93082670333952.0000 0.1529
1279 1290 106.9 0.1522 93082821328896.0000 0.1522
1281 1282 83.5 0.1090 1272794624.0000 0.1090
1281 1283 85.0 0.1090 1321838592.0000 0.1090
1281 1284 82.1 0.1529 1407034368.0000 0.1529
1284 1285 85.9 0.1090 283390016.0000 0.1090
1284 1286 84.9 0.1090 264245008.0000 0.1090
1284 1287 88.2 0.1522 295514624.0000 0.1522
1287 1288 55.5 0.1250 47520624.0000 0.1250
1287 1289 66.6 0.1250 47520412.0000 0.1250
1290 1291 74.9 0.1229 1078725504.0000 0.1229
1290 1292 76.2 0.1335 1155043328.0000 0.1335
1292 1293 72.9 0.1010 250017072.0000 0.1010
1292 1294 78.6 0.1449 282246560.0000 0.1449
1294 1295 69.0 0.1090 79070984.0000 0.1090
1294 1296 63.8 0.1529 79075408.0000 0.1529
1294 1301 71.9 0.1522 79078832.0000 0.1522
1296 1297 79.5 0.1090 18558.5371 0.1090
1296 1298 82.7 0.1090 19417.0156 0.1090
1296 1299 79.4 0.1410 19846.6992 0.1410
1299 1300 88.4 0.0945 2605.6270 0.0945
1301 1302 78.3 0.1229 17848.5957 0.1229
1301 1303 72.3 0.1335 17940.1172 0.1335
1303 1304 72.9 0.1010 4016.1282 0.1010
1303 1305 77.5 0.1449 4398.8486 0.1449
1305 1306 79.0 0.1090 1363.8757 0.1090
1305 1307 66.2 0.1529 1353.4260 0.1529
1305 1315 72.9 0.1522 1368.8561 0.1522
$
1307 1309 121.4 0.1410 25.7220 0.1410
1307 1311 142.8 0.1529 35.3657 0.1529
1309 1310 66.8 0.0945 10.7685 0.0945
1311 1312 70.3 0.1090 22.6997 0.1090
1311 1313 70.5 0.1090 22.7008 0.1090
1311 1314 68.8 0.1090 22.6966 0.1090
1315 1316 129.1 0.1229 16.8024 0.1229
1315 1317 119.5 0.1335 12.9429 0.1335
1317 1318 58.6 0.1010 14.6879 0.1010
1317 1319 52.4 0.1449 14.7760 0.1449
1319 1320 42.0 0.1090 0.1563 0.1090
1319 1321 38.5 0.1529 0.2023 0.1529
1319 1325 38.8 0.1522 0.2039 0.1522
1412 1414 56.8 0.1449 0.2474 0.1449
1414 1415 63.9 0.1090 0.1990 0.1090
1414 1416 52.4 0.1529 0.2271 0.1529
1414 1421 71.8 0.1522 0.4451 0.1522
1416 1417 32.4 0.1090 0.1343 0.1090
1416 1418 33.0 0.1090 0.1355 0.1090
1421 1422 69.3 0.1229 0.3868 0.1229
1421 1423 53.7 0.1335 235919654912.0000 0.1335
1423 1424 66.0 0.1010 235919654912.0000 0.1010
1423 1425 83.7 0.1449 3330558656512.0000 0.1449
1425 1426 77.2 0.1090 3011972694016.0000 0.1090
1425 1427 82.3 0.1529 3290783547392.0000 0.1529
1425 1442 78.8 0.1522 10945813282816.0000 0.1522
1427 1428 71.1 0.1090 388607868928.0000 0.1090
1427 1429 75.0 0.1090 388607868928.0000 0.1090
1427 1430 58.9 0.1510 388607868928.0000 0.1510
1430 1431 73.4 0.1400 0.5211 0.1400
1430 1433 74.1 0.1400 0.5316 0.1400
1431 1432 66.6 0.1080 0.1758 0.1080
1431 1435 71.8 0.1400 0.2359 0.1400
1433 1434 71.2 0.1080 0.1734 0.1080
1433 1437 72.4 0.1400 0.2172 0.1400
1435 1436 32.0 0.1080 0.1377 0.1080
1435 1439 32.4 0.1400 0.1789 0.1400
1437 1438 34.4 0.1080 0.1411 0.1080
1437 1439 32.1 0.1400 0.1782 0.1400
1442 1443 75.2 0.1229 10380556369920.0000 0.1229
1442 1444 88.6 0.1335 39713461239808.0000 0.1335
1444 1445 86.9 0.1010 35521183088640.0000 0.1010
1444 1446 89.4 0.1449 262760193589248.0000 0.1449
1446 1447 89.8 0.1090 233148122136576.0000 0.1090
1446 1448 89.3 0.1529 255009103020032.0000 0.1529
1446 1453 91.8 0.1522 140315918860288.0000 0.1522
1448 1449 89.5 0.1090 51563397644288.0000 0.1090
1448 1450 89.6 0.1090 53634444296192.0000 0.1090
1448 1451 90.3 0.1410 57707843289088.0000 0.1410
1451 1452 86.7 0.0945 10654967660544.0000 0.0945
1453 1454 90.0 0.1229 274101927149568.0000 0.1229
1453 1455 89.8 0.1335 291947348492288.0000 0.1335
1455 1456 90.8 0.1010 136090140803072.0000 0.1010
1455 1457 94.1 0.1449 158654464524288.0000 0.1449
1457 1458 100.7 0.1090 47605467840512.0000 0.1090
1457 1459 98.5 0.1529 57707797151744.0000 0.1529
1457 1465 95.9 0.1522 102925770686464.0000 0.1522
1459 1460 94.2 0.1090 11107081125888.0000 0.1090
1459 1461 96.2 0.1090 10327252008960.0000 0.1090
1459 1462 96.0 0.1522 11676552265728.0000 0.1522
1462 1463 105.7 0.1250 1391234514944.0000 0.1250
1462 1464 105.9 0.1250 1401643466752.0000 0.1250
1465 1466 102.9 0.1229 40391915077632.0000 0.1229
1465 1467 105.9 0.1335 268168715042816.0000 0.1335
1467 1468 101.4 0.1010 221717268004864.0000 0.1010
1467 1469 89.2 0.1449 1049820064120832.0000 0.1449
1469 1470 91.6 0.1090 878247394934784.0000 0.1090
1469 1471 95.6 0.1529 2393363277938688.0000 0.1529
1469 1486 89.8 0.1522 1016345156124672.0000 0.1522
1471 1472 89.6 0.1090 2829682026217472.0000 0.1090
1471 1473 90.5 0.1090 2249060698292224.0000 0.1090
1471 1474 89.0 0.1510 11070648646369280.0000 0.1510
1474 1475 90.0 0.1400 10798480863789056.0000 0.1400
1474 1477 90.8 0.1400 10202711991517184.0000 0.1400
1475 1476 87.4 0.1080 469573371428864.0000 0.1080
1475 1479 86.6 0.1400 487819197808640.0000 0.1400
1477 1478 88.9 0.1080 2687247488909312.0000 0.1080
1477 1481 87.5 0.1400 3283233257029632.0000 0.1400
1479 1480 77.6 0.1080 109867226365952.0000 0.1080
1479 1483 39.8 0.1400 87087483191296.0000 0.1400
1481 1482 87.6 0.1080 521243707047936.0000 0.1080
1481 1483 91.6 0.1400 691141573869568.0000 0.1400
1483 1484 69.2 0.1364 210478278115328.0000 0.1364
1484 1485 88.8 0.0945 78392565170176.0000 0.0945
1486 1487 108.1 0.1229 230653601775616.0000 0.1229
1486 1488 107.0 0.1335 244115371458560.0000 0.1335
1488 1489 102.6 0.1010 55929131237376.0000 0.1010
1488 1490 94.8 0.1449 67526381797376.0000 0.1449
1490 1491 111.7 0.1090 16329917595648.0000 0.1090
1490 1492 113.7 0.1529 16329917595648.0000 0.1529
1490 1497 105.9 0.1522 16329917595648.0000 0.1522
1492 1493 42.7 0.1090 0.1528 0.1090
1492 1494 48.5 0.1090 0.1672 0.1090
1492 1495 40.4 0.1410 0.1889 0.1410
1497 1498 34.2 0.1229 0.1587 0.1229
1497 1499 35.2 0.1335 0.1728 0.1335
2514 2515 117.7 0.1229 46984538882048.0000 0.1229
2514 2516 98.7 0.1335 155339672518656.0000 0.1335
2516 2517 103.4 0.1010 145882053869568.0000 0.1010
2516 2518 95.5 0.1449 1371672967905280.0000 0.1449
2518 2519 95.2 0.1090 1273084677980160.0000 0.1090
2518 2520 91.5 0.1529 6805284412456960.0000 0.1529
2518 2534 94.8 0.1522 1354844078080000.0000 0.1522
2520 2521 92.1 0.1090 6283799683923968.0000 0.1090
2520 2522 91.9 0.1090 6493319999782912.0000 0.1090
2520 2523 92.2 0.1510 15973739288068096.0000 0.1510
2523 2524 94.1 0.1400 14366069678407680.0000 0.1400
2523 2526 89.9 0.1400 110177284215799808.0000 0.1400
2524 2525 93.2 0.1080 5119969310277632.0000 0.1080
2524 2528 88.9 0.1400 7768287484051456.0000 0.1400
2526 2527 90.1 0.1080 111182675930251264.0000 0.1080
2526 2530 90.4 0.1400 109404516520034304.0000 0.1400
2528 2529 89.7 0.1080 2748339372163072.0000 0.1080
2528 2532 94.7 0.1400 6632065697054720.0000 0.1400
2530 2531 89.8 0.1080 14889876373635072.0000 0.1080
2530 2532 88.5 0.1400 18811847234813952.0000 0.1400
2532 2533 91.6 0.1080 3963761429839872.0000 0.1080
2534 2535 108.7 0.1229 118442531225600.0000 0.1229
2534 2536 110.2 0.1335 115306122969088.0000 0.1335
2536 2537 132.4 0.1449 28791648813056.0000 0.1449
2536 2545 110.5 0.1449 28791457972224.0000 0.1449
2537 2538 102.1 0.1090 14981788672.0000 0.1090
2537 2539 95.5 0.1529 16917721088.0000 0.1529
2537 2548 106.6 0.1522 75019878400.0000 0.1522
2539 2540 120.4 0.1090 3042449408.0000 0.1090
2539 2541 105.8 0.1090 3042449408.0000 0.1090
2539 2542 97.5 0.1529 3042449408.0000 0.1529
2542 2543 37.7 0.1090 0.1393 0.1090
2542 2544 34.7 0.1090 0.1337 0.1090
2545 2546 54.7 0.1090 0.1943 0.1090
2545 2547 51.7 0.1090 0.1860 0.1090
2548 2549 105.5 0.1229 70767722496.0000 0.1229
2548 2550 86.8 0.1335 328040579072.0000 0.1335
2550 2551 85.7 0.1010 225465925632.0000 0.1010
2550 2552 117.3 0.1449 39760043180032.0000 0.1449
2552 2553 112.8 0.1090 39609706741760.0000 0.1090
2552 2554 104.2 0.1529 39821477150720.0000 0.1529
2552 2565 89.7 0.1522 41896344813568.0000 0.1522
2554 2555 89.2 0.1090 211122307072.0000 0.1090
2554 2556 90.4 0.1090 217215270912.0000 0.1090
2554 2557 88.4 0.1529 236310265856.0000 0.1529
2557 2558 92.6 0.1090 61982023680.0000 0.1090
2557 2559 97.2 0.1090 56320946176.0000 0.1090
2557 2560 96.6 0.1522 62254678016.0000 0.1522
2560 2561 99.3 0.1229 7155879424.0000 0.1229
2560 2562 95.7 0.1335 6940617216.0000 0.1335
2562 2563 100.5 0.1010 2261982464.0000 0.1010
2562 2564 139.6 0.1010 2261982464.0000 0.1010
2565 2566 94.4 0.1229 49900146393088.0000 0.1229
2565 2567 109.0 0.1335 290880485326848.0000 0.1335
2567 2568 91.6 0.1010 302266376519680.0000 0.1010
2567 2569 87.2 0.1449 692127201755136.0000 0.1449
2569 2570 92.9 0.1090 717979884978176.0000 0.1090
2569 2571 92.3 0.1529 2742642366480384.0000 0.1529
2569 2581 83.7 0.1522 660562950225920.0000 0.1522
2571 2572 89.5 0.1090 2551342912503808.0000 0.1090
2571 2573 89.8 0.1529 5509228638765056.0000 0.1529
2571 2577 89.8 0.1529 2595523093594112.0000 0.1529
2573 2574 90.0 0.1090 128132661284700160.0000 0.1090
2573 2575 90.2 0.1090 6216066975924224.0000 0.1090
2573 2576 90.9 0.1090 911204558045184.0000 0.1090
2577 2578 91.1 0.1090 707044092936192.0000 0.1090
2577 2579 90.1 0.1090 833676640256000.0000 0.1090
2577 2580 90.6 0.1090 796304720527360.0000 0.1090
2581 2582 84.1 0.1229 570227104415744.0000 0.1229
2581 2583 87.5 0.1335 1196486083739648.0000 0.1335
2583 2584 84.7 0.1449 1327802024460288.0000 0.1449
2583 2592 89.6 0.1449 12586908467068928.0000 0.1449
2584 2585 82.4 0.1090 373719230840832.0000 0.1090
2584 2586 84.7 0.1529 557193858383872.0000 0.1529
2584 2595 78.7 0.1522 384292635017216.0000 0.1522
2586 2587 87.8 0.1090 892299856838656.0000 0.1090
2586 2588 87.9 0.1090 784728240160768.0000 0.1090
2586 2589 89.8 0.1529 15541680610476032.0000 0.1529
2589 2590 89.8 0.1090 15088365065994240.0000 0.1090
2589 2591 89.8 0.1090 9667539739082752.0000 0.1090
2589 2592 89.9 0.1529 10028344909234176.0000 0.1529
2592 2593 89.9 0.1090 12465555239862272.0000 0.1090
2592 2594 89.8 0.1090 11725056707133440.0000 0.1090
2595 2596 72.4 0.1229 89924292313088.0000 0.1229
2595 2597 72.2 0.1335 91336472526848.0000 0.1335
2597 2598 57.8 0.1010 10061090914304.0000 0.1010
2597 2599 98.2 0.1449 39730460753920.0000 0.1449
2599 2600 110.9 0.1090 46532917198848.0000 0.1090
2599 2601 106.0 0.1529 46532917198848.0000 0.1529
2601 2602 44.2 0.1090 0.1553 0.1090
2601 2603 39.5 0.1090 0.1453 0.1090
2601 2604 34.3 0.1529 0.1898 0.1529
2620 2623 103.5 0.1335 66480221716480.0000 0.1335
2621 2622 128.3 0.1080 65873083629568.0000 0.1080
2621 2625 107.4 0.1381 65873083629568.0000 0.1381
3752 3754 32.5 0.1335 0.1694 0.1335
3754 3755 36.3 0.1010 0.1322 0.1010
3754 3756 108.6 0.1449 4735754567680.0000 0.1449
3756 3757 109.4 0.1090 4735754567680.0000 0.1090
3756 3758 108.9 0.1529 4735754567680.0000 0.1529
3756 3762 108.1 0.1522 21307202732032.0000 0.1522
3758 3759 44.9 0.1090 0.1587 0.1090
3758 3760 48.4 0.1090 0.1669 0.1090
3758 3761 47.5 0.1090 0.1642 0.1090
3762 3763 107.5 0.1229 21170350981120.0000 0.1229
3762 3764 101.0 0.1335 77805429719040.0000 0.1335
3764 3765 97.3 0.1010 69634032140288.0000 0.1010
3764 3766 91.4 0.1449 639036104376320.0000 0.1449
3766 3767 91.8 0.1090 566860454035456.0000 0.1090
3766 3768 90.3 0.1529 2673548959154176.0000 0.1529
3766 3772 91.9 0.1522 623377257594880.0000 0.1522
3768 3769 90.0 0.1090 44817124740300800.0000 0.1090
3768 3770 90.1 0.1090 2501536055820288.0000 0.1090
3768 3771 90.1 0.1090 2454604411305984.0000 0.1090
3772 3773 101.0 0.1229 87566044889088.0000 0.1229
3772 3774 106.5 0.1335 86224681304064.0000 0.1335
3774 3775 110.7 0.1449 22357045411840.0000 0.1449
3774 3783 110.9 0.1449 22305962983424.0000 0.1449
3775 3776 110.9 0.1090 6515677200384.0000 0.1090
3775 3777 104.6 0.1529 6515677200384.0000 0.1529
3775 3786 114.2 0.1522 6515677200384.0000 0.1522
3777 3778 45.6 0.1090 0.1622 0.1090
3777 3779 46.5 0.1090 0.1638 0.1090
3780 3781 38.8 0.1090 0.1429 0.1090
3780 3782 36.6 0.1090 0.1391 0.1090
3780 3783 105.8 0.1529 6577432559616.0000 0.1529
3783 3784 111.0 0.1090 6577432559616.0000 0.1090
3783 3785 116.5 0.1090 6577432559616.0000 0.1090
3786 3787 35.9 0.1229 0.1680 0.1229
3786 3788 37.5 0.1335 0.1851 0.1335
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
########################################################################################
Help me to fix this problem !
With thanks !
B.Nataraj
--
raja
raja_28 at fastmail.us
--
http://www.fastmail.fm - Access your email from home and the web
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list