[gmx-users] octahedron and trr

[andrea spitaleri]

Hi all,
as far as I know in order to see in vmd an octahedron box I do:
trjconv -ur compact -s file.tpr -f file.gro -o file_vmd.gro
Fine. Now I am wondering whether I have to do something on the trajectory file in order to visualize 
properly  the dynamics or just load the file.gro (before trjconv) and onto it the trr file.
Thanks in advance

Regards

Andrea
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Andrea Spitaleri
Dulbecco Telethon Institute
c/o DIBIT Scientific Institute
Biomolecular NMR, 1B4
Via Olgettina 58
20132 Milano (Italy)
http://biomolecularnmr.ihsr.dom/
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