[gmx-users] Error in equilibration
s lal badshah
shahbiochemist at yahoo.com
Wed Mar 26 06:26:41 CET 2008
Dear Justin,
I try again by correcting the typo mistake I made, this time it gives the following type of out put;
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 224.227448 (between atoms 1932 and 1934) rms 4.182895
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
198 200 49.7 0.1449 0.1615 0.1449
200 201 90.1 0.1090 1.2643 0.1090
200 202 46.8 0.1529 0.1690 0.1529
200 211 41.2 0.1522 0.1686 0.1522
264 265 70.9 0.1229 0.1349 0.1229
264 266 47.2 0.1335 0.1443 0.1335
266 267 66.8 0.1010 0.1148 0.1010
266 268 70.1 0.1010 0.1010 0.1010
407 408 32.7 0.1090 0.1091 0.1090
457 458 90.0 0.1080 0.1195 0.1080
910 912 51.3 0.1090 0.1088 0.1090
1001 1002 58.3 0.1090 0.1095 0.1090
1062 1065 90.0 0.1090 0.1098 0.1090
1249 1252 35.6 0.1509 0.1233 0.1510
1252 1253 38.8 0.1399 0.1381 0.1400
1252 1255 92.2 0.1399 0.5340 0.1400
1255 1256 89.8 0.1080 0.4882 0.1080
1255 1259 88.6 0.1400 1.2513 0.1400
1257 1261 84.5 0.1399 0.4295 0.1400
1259 1260 89.3 0.1080 1.0345 0.1080
1259 1261 90.2 0.1399 1.0302 0.1400
1261 1262 87.2 0.1364 0.3727 0.1364
1262 1263 89.3 0.0945 0.3040 0.0945
1926 1929 91.1 0.1529 0.1698 0.1529
1929 1930 91.1 0.1090 0.1885 0.1090
1929 1931 91.0 0.1090 0.2040 0.1090
1929 1932 90.2 0.1529 1.1270 0.1529
1932 1933 90.2 0.1090 1.0924 0.1090
1932 1934 90.0 0.1090 24.5498 0.1090
1932 1935 90.3 0.1463 1.1944 0.1463
1935 1936 92.0 0.1010 0.1697 0.1010
1935 1937 92.2 0.1340 0.1430 0.1340
2565 2566 90.0 0.1090 0.1235 0.1090
step 0Warning: 1-4 interaction between 196 and 201 at distance 1.104 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 10632.446289 (between atoms 1932 and 1933) rms 207.682693
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
170 172 63.2 0.1335 0.1515 0.1335
172 173 41.5 0.1449 0.1423 0.1449
172 181 87.7 0.1449 0.2694 0.1449
173 174 38.5 0.1090 0.1401 0.1090
173 184 33.3 0.1522 0.1855 0.1522
175 178 64.7 0.1529 0.2016 0.1529
178 179 89.5 0.1090 0.1885 0.1090
178 180 89.9 0.1090 1.3654 0.1090
178 181 89.2 0.1529 0.2470 0.1529
181 182 76.8 0.1090 0.2233 0.1090
181 183 63.7 0.1090 0.2001 0.1090
200 201 90.3 1.2643 0.2235 0.1090
200 202 33.2 0.1690 0.1498 0.1529
200 211 31.1 0.1686 0.1533 0.1522
202 203 31.6 0.1045 0.1152 0.1090
202 204 44.7 0.1033 0.1210 0.1090
202 205 32.9 0.1481 0.1654 0.1529
211 213 32.6 0.1352 0.1395 0.1335
261 263 90.0 0.1083 0.4201 0.1090
266 267 37.3 0.1148 0.1001 0.1010
266 268 58.3 0.1010 0.1009 0.1010
455 456 89.9 0.1082 0.2429 0.1080
457 458 90.0 0.1195 0.2815 0.1080
910 912 42.3 0.1088 0.1093 0.1090
1001 1002 44.5 0.1095 0.1091 0.1090
1062 1065 90.0 0.1098 0.1777 0.1090
1212 1222 102.3 0.1522 0.2192 0.1522
1222 1223 102.5 0.1229 0.2490 0.1229
1222 1224 92.3 0.1335 0.9308 0.1335
1224 1225 94.2 0.1010 0.8418 0.1010
1224 1226 91.4 0.1449 5.3237 0.1449
1226 1227 90.9 0.1090 4.9695 0.1090
1226 1228 92.0 0.1529 5.0058 0.1529
1226 1243 90.1 0.1523 121.0580 0.1522
1228 1229 92.3 0.1090 1.2347 0.1090
1228 1230 92.0 0.1090 1.2312 0.1090
1228 1231 90.9 0.1510 1.2383 0.1510
1231 1232 105.8 0.1400 0.2522 0.1400
1231 1234 105.0 0.1400 0.2524 0.1400
1243 1244 90.2 0.1230 121.2270 0.1229
1243 1245 89.9 0.1339 121.7164 0.1335
1245 1246 90.8 0.1013 7.4736 0.1010
1245 1247 91.2 0.1461 9.3242 0.1449
1247 1248 88.4 0.1101 3.5300 0.1090
1247 1249 87.9 0.1400 13.9017 0.1529
1247 1264 86.2 0.1536 3.3652 0.1522
1249 1250 90.9 0.0909 11.7951 0.1090
1249 1251 80.9 0.0946 7.1358 0.1090
1249 1252 104.0 0.1233 3.9039 0.1510
1252 1253 92.6 0.1381 35.9373 0.1400
1252 1255 93.0 0.5340 91.0049 0.1400
1253 1254 104.9 0.1101 18.0069 0.1080
1253 1257 75.2 0.1594 38.5236 0.1400
1255 1256 88.3 0.4882 84.5694 0.1080
1255 1259 122.1 1.2513 81.3966 0.1400
1257 1258 136.3 0.1048 13.4286 0.1080
1257 1261 40.9 0.4295 104.5817 0.1400
1259 1260 154.1 1.0345 64.8333 0.1080
1259 1261 147.6 1.0302 99.2752 0.1400
1261 1262 55.7 0.3727 127.5117 0.1364
1262 1263 101.7 0.3040 30.3805 0.0945
1264 1265 86.7 0.1235 0.5055 0.1229
1264 1266 86.8 0.1340 0.7744 0.1335
1266 1267 85.1 0.1011 0.8284 0.1010
1266 1268 88.5 0.1450 5.9925 0.1449
1268 1269 88.5 0.1090 5.4408 0.1090
1268 1270 88.2 0.1529 5.9981 0.1529
1268 1283 89.4 0.1522 15.8593 0.1522
1270 1271 85.7 0.1090 0.9184 0.1090
1270 1272 87.5 0.1529 1.2168 0.1529
1270 1275 87.3 0.1529 1.0977 0.1529
1272 1273 84.9 0.1090 0.2857 0.1090
1272 1274 84.2 0.1090 0.2813 0.1090
1272 1279 84.1 0.1529 0.3192 0.1529
1275 1276 85.4 0.1090 0.3222 0.1090
1275 1277 85.1 0.1090 0.3207 0.1090
1275 1278 86.0 0.1090 0.3219 0.1090
1279 1280 51.4 0.1090 0.1699 0.1090
1279 1281 51.8 0.1090 0.1705 0.1090
1279 1282 52.3 0.1090 0.1712 0.1090
1283 1284 88.4 0.1229 16.0781 0.1229
1283 1285 90.5 0.1335 9.9876 0.1335
1285 1286 89.3 0.1010 5.9386 0.1010
1285 1287 87.9 0.1449 8.3253 0.1449
1287 1288 90.2 0.1090 2.4711 0.1090
1287 1289 91.1 0.1529 2.6692 0.1529
1287 1304 92.0 0.1522 2.6390 0.1522
1289 1290 88.4 0.1090 0.4779 0.1090
1289 1291 88.4 0.1090 0.4772 0.1090
1289 1292 85.5 0.1510 0.4855 0.1510
1304 1305 86.1 0.1229 0.4048 0.1229
1304 1306 88.9 0.1335 0.3301 0.1335
1306 1307 97.2 0.1010 0.1175 0.1010
1306 1308 121.5 0.1449 0.0475 0.1449
1308 1309 31.2 0.1090 0.1219 0.1090
1881 1882 90.0 0.1090 0.8050 0.1090
1920 1922 90.2 0.1343 0.1091 0.1335
1922 1923 100.6 0.1018 0.1702 0.1010
1922 1924 101.6 0.1465 1.2513 0.1449
1924 1925 94.4 0.1105 1.3178 0.1090
1924 1926 89.0 0.1493 16.6627 0.1529
1924 1944 111.3 0.1536 1.1692 0.1522
1926 1927 95.5 0.1036 11.7246 0.1090
1926 1928 86.7 0.1019 14.4924 0.1090
1926 1929 91.7 0.1698 85.0559 0.1529
1929 1930 89.7 0.1885 78.7063 0.1090
1929 1931 89.9 0.2040 81.0389 0.1090
1929 1932 93.4 1.1270 149.6392 0.1529
1932 1933 90.6 1.0924 1159.0457 0.1090
1932 1934 91.4 24.5498 118.7850 0.1090
1932 1935 92.5 1.1944 170.9541 0.1463
1935 1936 91.2 0.1697 63.3951 0.1010
1935 1937 82.3 0.1430 74.8514 0.1340
1937 1938 109.4 0.1385 8.0449 0.1340
1937 1941 60.5 0.1291 6.4124 0.1340
1938 1939 82.5 0.1007 7.9157 0.1010
1938 1940 67.1 0.1047 6.3013 0.1010
1941 1942 104.9 0.1049 9.1425 0.1010
1941 1943 117.2 0.1055 7.4587 0.1010
1944 1945 98.8 0.1239 0.2205 0.1229
1944 1946 101.3 0.1345 0.1932 0.1335
2549 2550 61.1 0.1449 0.0977 0.1449
2550 2551 84.2 0.1090 0.1008 0.1090
2550 2552 57.9 0.1529 0.0998 0.1529
2550 2561 36.1 0.1523 0.1861 0.1522
2561 2562 77.7 0.1230 0.1257 0.1229
2561 2563 88.9 0.1336 0.3782 0.1335
2563 2565 85.0 0.1448 0.4803 0.1449
2565 2566 89.5 0.1235 3.4698 0.1090
2565 2567 39.7 0.1529 0.1625 0.1529
2565 2576 59.5 0.1522 0.1316 0.1522
2567 2568 38.5 0.1090 0.0818 0.1090
Segmentation fault
ahmad at uop:~/protein>
Regards,
Lal badshah
Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20080326/51b85cfe/attachment.html>
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list