[gmx-users] gromacs from git failed with cmake on Mac SL and fftw from Fink

[Alan]

Hi there,

I am using gromacs from git source with cmake on Mac SL with Fink.

~/Programmes/gromacs% git show
commit 86226a1a075a071920b0413aa7030545f8e6e282
Merge: b8f35b9 c903375
Author: Berk Hess <hess at csbl10.(none)>
Date:   Wed Aug 11 12:57:53 2010 +0200

    Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'


If using the old way (after bootstrapping), everything goes fine with:

./configure CPPFLAGS=-I/sw/include LDFLAGS=-L/sw/lib --with-gsl --with-x

With cmake (cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=ON or OFF), although CMakeCache.txt
seems to be correct, for example, I see:

//Path to a file.
FFTW3F_INCLUDE_DIR:PATH=/sw/include

//Path to a library.
FFTW3F_LIBRARIES:FILEPATH=/sw/lib/libfftw3f.dylib

(But have no idea if using gsl libs)

I got this error:

[ skip ]
Scanning dependencies of target grompp
[ 77%] Building C object src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/grompp.c.o
Linking C executable grompp
[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_lie.c.o
Undefined symbols:
  "_fftwf_plan_many_dft_r2c", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_malloc", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:
      _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_free", referenced from:
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:
      _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_execute", referenced from:
      _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)
      _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_destroy_plan", referenced from:
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_many_dft", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
  "_fftwf_execute_dft", referenced from:
      _gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft_c2r", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
  "_fftwf_plan_guru_dft_r2c", referenced from:
      _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
  "_fftwf_plan_many_dft_c2r", referenced from:
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
      _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [src/kernel/grompp] Error 1
make[1]: *** [src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/all] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_filter.c.o
[ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_gyrate.c.o
[ skip ]
[ 85%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_membed.c.o
Linking C static library libgmxana.a
[ 85%] Built target gmxana
make: *** [all] Error 2

Any help would be appreciated, many thanks,

Alan

--
Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate
Department of Biochemistry, University of Cambridge.
80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.
>>http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28<<
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