[gmx-users] Re: gromacs from git failed with cmake on Mac SL and fftw from Fink

[Alan]

Thanks,

I saw your commits at gromacs git and cmake worked fine now.

Alan

On 11 August 2010 17:34, Alan <alanwilter at gmail.com> wrote:

> Hi there,
>
> I am using gromacs from git source with cmake on Mac SL with Fink.
>
> ~/Programmes/gromacs% git show
> commit 86226a1a075a071920b0413aa7030545f8e6e282
> Merge: b8f35b9 c903375
> Author: Berk Hess <hess at csbl10.(none)>
> Date:   Wed Aug 11 12:57:53 2010 +0200
>
>     Merge remote branch 'origin/release-4-5-patches'
>
>
> If using the old way (after bootstrapping), everything goes fine with:
>
> ./configure CPPFLAGS=-I/sw/include LDFLAGS=-L/sw/lib --with-gsl --with-x
>
> With cmake (cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=ON or OFF), although CMakeCache.txt
> seems to be correct, for example, I see:
>
> //Path to a file.
> FFTW3F_INCLUDE_DIR:PATH=/sw/include
>
> //Path to a library.
> FFTW3F_LIBRARIES:FILEPATH=/sw/lib/libfftw3f.dylib
>
> (But have no idea if using gsl libs)
>
> I got this error:
>
> [ skip ]
> Scanning dependencies of target grompp
> [ 77%] Building C object src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/grompp.c.o
> Linking C executable grompp
> [ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_lie.c.o
> Undefined symbols:
>   "_fftwf_plan_many_dft_r2c", referenced from:
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_malloc", referenced from:
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:
>       _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_free", referenced from:
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:
>       _gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_execute", referenced from:
>       _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)
>       _fft5d_execute in libmd.a(fft5d.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_destroy_plan", referenced from:
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_many_dft", referenced from:
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_guru_dft", referenced from:
>       _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
>   "_fftwf_execute_dft", referenced from:
>       _gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_many_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_guru_dft_c2r", referenced from:
>       _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>   "_fftwf_plan_guru_dft_r2c", referenced from:
>       _fft5d_plan_3d in libmd.a(fft5d.c.o)
>   "_fftwf_plan_many_dft_c2r", referenced from:
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
>       _gmx_fft_init_many_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.c.o)
> ld: symbol(s) not found
> collect2: ld returned 1 exit status
> make[2]: *** [src/kernel/grompp] Error 1
> make[1]: *** [src/kernel/CMakeFiles/grompp.dir/all] Error 2
> make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
> [ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_filter.c.o
> [ 77%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_gyrate.c.o
> [ skip ]
> [ 85%] Building C object src/tools/CMakeFiles/gmxana.dir/gmx_membed.c.o
> Linking C static library libgmxana.a
> [ 85%] Built target gmxana
> make: *** [all] Error 2
>
> Any help would be appreciated, many thanks,
>
> Alan
>
> --
> Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate
> Department of Biochemistry, University of Cambridge.
> 80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.
> >>http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28<<
>



-- 
Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate
Department of Biochemistry, University of Cambridge.
80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.
>>http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28<<
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