[gmx-users] two graphene sheets are blowing up
zhongjin
zhongjin1000 at yahoo.com.cn
Sat Dec 4 09:48:18 CET 2010
Hi ALL,
I am using GMX4.5.3. I have done a system, which include two graphenes and a CNT. I put two graphenes at both end of the CNT,and dig a hole to let water pass through CNT. I do not change any force fileld . I just treat all the carbon atoms as atoms in Benzene ring CA in AMBER03 force filed. But I find a problem, I must freeze all the carbon atoms in the graphenes, and then do the NVT equilibrium, so I can not do NPT equilibrium. If I use positon restraint instead of freezing the graphenes, the two graphenes will be blowing up., and a series of warnings about LINCS , and the simulation stop. I want to use positon restraint and do NPT equilibrium and MD. Anybody could help me, thanks a lot !
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.114658, max 1.034921 (between atoms 670 and 672)
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.111497, max 1.026519 (between atoms 1013 and 1014)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1485 1487 37.5 0.1376 0.1519 0.1400
615 617 37.1 0.1376 0.1510 0.1400
1881 1882 37.0 0.1376 0.1516 0.1400
1487 1536 44.0 0.1375 0.1542 0.1400
1011 1012 37.3 0.1376 0.1513 0.1400
1534 1536 46.4 0.1355 0.1429 0.1400
1536 1538 38.6 0.1350 0.1439 0.1400
1440 1489 46.8 0.1356 0.1436 0.1400
1538 1540 93.6 0.1377 0.2631 0.1400
1489 1882 43.3 0.1376 0.1540 0.1400
1540 1542 92.7 0.1389 0.2830 0.1400
1489 1491 39.1 0.1350 0.1432 0.1400
1542 1591 40.8 0.1391 0.1742 0.1400
1491 1883 93.5 0.1378 0.2645 0.1400
1589 1591 38.0 0.1386 0.1267 0.1400
1495 1544 36.4 0.1386 0.1262 0.1400
617 666 42.7 0.1375 0.1533 0.1400
1544 1884 43.7 0.1391 0.1771 0.1400
664 666 45.7 0.1355 0.1426 0.1400
1883 1884 92.6 0.1390 0.2801 0.1400
666 668 38.1 0.1350 0.1437 0.1400
570 619 45.8 0.1356 0.1422 0.1400
668 670 93.6 0.1377 0.2647 0.1400
619 1012 43.1 0.1376 0.1534 0.1400
670 672 92.7 0.1389 0.2849 0.1400
619 621 38.9 0.1350 0.1446 0.1400
672 721 40.7 0.1391 0.1743 0.1400
621 1013 93.6 0.1377 0.2652 0.1400
719 721 37.7 0.1386 0.1269 0.1400
625 674 38.1 0.1386 0.1261 0.1400
674 1014 42.3 0.1391 0.1749 0.1400
1013 1014 92.6 0.1390 0.2837 0.1400
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.040717, max 0.154305 (between atoms 1171 and 1172)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.039914, max 0.153441 (between atoms 207 and 255)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1019 1021 58.5 0.1376 0.1350 0.1400
1021 1863 41.2 0.1379 0.1494 0.1400
1021 1023 48.2 0.1363 0.1476 0.1400
149 151 57.1 0.1376 0.1340 0.1400
151 993 41.4 0.1379 0.1493 0.1400
151 153 47.4 0.1363 0.1471 0.1400
1065 1067 54.9 0.1366 0.1379 0.1400
1067 1116 45.5 0.1359 0.1460 0.1400
1067 1069 40.4 0.1377 0.1498 0.1400
195 197 54.7 0.1367 0.1370 0.1400
197 246 44.8 0.1360 0.1461 0.1400
197 199 39.3 0.1377 0.1496 0.1400
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.350444, max 2.603891 (between atoms 195 and 197)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 6.990928, max 43.715271 (between atoms 570 and 619)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 7.147569, max 45.401707 (between atoms 1534 and 1536)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1479 1527 31.4 0.1179 0.1637 0.1400
1389 1391 71.8 0.1350 0.4267 0.1400
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.763285, max 5.025195 (between atoms 1021 and 1023)
1481 1529 31.3 0.1249 0.5339 0.1400
519 521 72.3 0.1350 0.4389 0.1400
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
1485 1530 49.6 0.1282 1.0915 0.1400
1387 1388 51.4 0.1359 0.0902 0.1400
1485 1487 167.0 0.1519 2.0332 0.1400
1391 1436 80.1 0.1309 1.4982 0.1400
1391 1393 88.3 0.1326 0.5765 0.1400
1019 1862 98.0 0.1295 0.3232 0.1400
1526 1527 34.4 0.1246 0.1778 0.1400
1433 1434 165.7 0.1203 0.1055 0.1400
1434 1482 40.6 0.1176 0.5757 0.1400
1019 1825 58.3 0.1215 0.8376 0.1400
1527 1528 170.7 0.1204 0.2215 0.1400
1435 1436 131.1 0.1276 1.1844 0.1400
1019 1021 83.5 0.1350 0.8187 0.1400
1528 1529 43.5 0.1176 0.6809 0.1400
1438 1440 177.0 0.1230 5.1067 0.1400
1021 1863 88.8 0.1494 0.6103 0.1400
1529 1530 168.5 0.1169 1.3879 0.1400
1482 1880 33.5 0.1249 0.4874 0.1400
1021 1023 91.3 0.1476 0.8435 0.1400
1532 1577 30.1 0.1257 2.7938 0.1400
1482 1483 169.1 0.1169 1.2944 0.1400
1023 1829 83.7 0.1382 0.1650 0.1400
1532 1534 177.5 0.1228 5.3314 0.1400
1483 1881 46.7 0.1281 0.9932 0.1400
1881 1882 172.0 0.1516 1.9302 0.1400
1023 1025 49.6 0.1413 0.2512 0.1400
1574 1575 48.5 0.1337 0.1306 0.1400
1025 1073 85.1 0.1276 0.0345 0.1400
515 563 32.2 0.1247 0.1713 0.1400
1575 1618 88.5 0.1358 0.0994 0.1400
1025 1027 80.1 0.1333 0.0533 0.1400
516 517 41.1 0.1338 0.1334 0.1400
1576 1577 131.1 0.1275 1.2980 0.1400
1788 1790 90.3 0.1381 0.2969 0.1400
517 518 87.1 0.1359 0.0842 0.1400
1577 1579 80.8 0.1308 1.6232 0.1400
1790 1792 103.8 0.1357 0.2724 0.1400
521 566 81.0 0.1308 1.5433 0.1400
1579 1619 73.2 0.1349 0.4541 0.1400
1823 1825 105.3 0.1462 0.5556 0.1400
521 523 91.1 0.1325 0.5368 0.1400
1579 1581 88.6 0.1325 0.5937 0.1400
1825 1827 117.5 0.1407 0.4434 0.1400
563 564 169.2 0.1205 0.1755 0.1400
611 659 33.6 0.1249 0.4947 0.1400
1827 1829 33.6 0.1365 0.1694 0.1400
564 612 42.1 0.1176 0.6306 0.1400
615 660 50.3 0.1281 1.0623 0.1400
565 566 130.3 0.1276 1.2238 0.1400
615 617 166.6 0.1510 1.9191 0.1400
1829 1831 55.8 0.1351 0.1567 0.1400
566 568 30.8 0.1257 2.6431 0.1400
657 658 167.1 0.1205 0.1320 0.1400
149 992 97.6 0.1290 0.2988 0.1400
568 570 177.7 0.1224 5.2017 0.1400
658 659 41.1 0.1176 0.6019 0.1400
149 955 60.9 0.1214 0.8035 0.1400
612 1010 32.4 0.1249 0.5033 0.1400
659 660 168.6 0.1169 1.2939 0.1400
149 151 83.9 0.1340 0.7746 0.1400
612 613 168.1 0.1169 1.3235 0.1400
662 707 30.9 0.1257 2.5734 0.1400
151 993 90.5 0.1493 0.5750 0.1400
613 1011 50.5 0.1282 1.0657 0.1400
662 664 176.5 0.1223 5.0492 0.1400
151 153 92.6 0.1471 0.8006 0.1400
1011 1012 167.9 0.1513 1.9635 0.1400
704 705 32.8 0.1338 0.1212 0.1400
705 748 61.2 0.1359 0.0863 0.1400
1346 1395 74.2 0.1360 0.2742 0.1400
153 959 84.1 0.1381 0.1502 0.1400
706 707 130.7 0.1276 1.1804 0.1400
1346 1348 34.4 0.1376 0.2141 0.1400
1395 1397 79.3 0.1347 0.4566 0.1400
707 709 80.8 0.1308 1.4999 0.1400
153 155 45.2 0.1415 0.2565 0.1400
1397 1446 89.0 0.1343 0.9345 0.1400
709 749 72.5 0.1349 0.4317 0.1400
155 203 99.5 0.1276 0.0478 0.1400
1397 1399 85.1 0.1349 0.3439 0.1400
709 711 89.9 0.1325 0.5441 0.1400
155 157 93.6 0.1333 0.0498 0.1400
1401 1450 54.0 0.1374 0.2443 0.1400
918 920 90.8 0.1382 0.2798 0.1400
1534 1583 52.0 0.1223 5.6454 0.1400
920 922 104.7 0.1357 0.2547 0.1400
476 525 72.2 0.1360 0.2444 0.1400
1536 1538 146.9 0.1439 4.0687 0.1400
953 955 104.0 0.1462 0.5364 0.1400
476 478 35.1 0.1376 0.2155 0.1400
1538 1587 97.2 0.1168 2.3675 0.1400
955 957 113.5 0.1408 0.4615 0.1400
525 527 76.4 0.1347 0.3822 0.1400
1538 1540 107.3 0.2631 1.3397 0.1400
957 959 36.8 0.1365 0.1813 0.1400
527 576 88.4 0.1343 0.8131 0.1400
1540 1542 91.4 0.2830 1.5083 0.1400
1542 1591 47.5 0.1742 0.0730 0.1400
1581 1625 79.6 0.1338 0.5697 0.1400
959 961 49.4 0.1351 0.1574 0.1400
527 529 82.5 0.1349 0.2827 0.1400
1581 1583 74.1 0.1321 1.7137 0.1400
531 580 58.5 0.1374 0.2546 0.1400
1583 1585 139.8 0.1340 1.5345 0.1400
1393 1442 74.1 0.1322 1.7255 0.1400
1029 1076 49.0 0.1256 0.1066 0.1400
1585 1629 83.6 0.1349 1.0030 0.1400
1393 1395 79.7 0.1339 0.5695 0.1400
1073 1864 90.7 0.1291 0.2130 0.1400
1585 1587 57.1 0.1299 1.8389 0.1400
1440 1442 52.1 0.1223 5.5106 0.1400
1075 1865 35.9 0.1267 0.0498 0.1400
1587 1589 114.3 0.1331 1.0997 0.1400
1442 1444 139.4 0.1340 1.5489 0.1400
1075 1076 115.1 0.1201 0.0385 0.1400
1589 1633 92.7 0.1402 2.2340 0.1400
159 206 44.1 0.1257 0.0985 0.1400
1589 1591 65.9 0.1267 0.5204 0.1400
203 994 92.7 0.1291 0.2153 0.1400
1444 1493 58.6 0.1299 1.9270 0.1400
1629 1631 88.7 0.1356 0.9324 0.1400
205 206 83.7 0.1200 0.0370 0.1400
1444 1446 82.9 0.1349 1.0158 0.1400
1631 1669 89.7 0.1375 0.4131 0.1400
307 999 30.3 0.1291 0.1382 0.1400
1446 1448 88.5 0.1358 1.0992 0.1400
1631 1633 87.8 0.1391 2.2511 0.1400
1448 1497 87.2 0.1390 2.1974 0.1400
664 713 51.5 0.1224 5.4072 0.1400
1448 1450 88.9 0.1376 0.5572 0.1400
666 668 148.3 0.1437 3.7818 0.1400
1489 1491 145.4 0.1432 3.8969 0.1400
668 717 95.5 0.1162 2.3934 0.1400
1491 1883 100.9 0.2645 2.0845 0.1400
668 670 110.3 0.2647 0.9706 0.1400
1491 1493 96.0 0.1164 2.2482 0.1400
670 672 90.7 0.2849 1.5286 0.1400
1493 1495 109.2 0.1328 1.4087 0.1400
672 721 45.2 0.1743 0.0778 0.1400
1495 1544 74.3 0.1262 0.8060 0.1400
711 755 78.6 0.1338 0.5179 0.1400
1495 1497 92.4 0.1400 2.3267 0.1400
711 713 71.7 0.1322 1.6380 0.1400
1544 1884 78.4 0.1771 0.2799 0.1400
713 715 147.0 0.1340 1.4125 0.1400
1883 1884 90.3 0.2801 1.9063 0.1400
715 759 81.6 0.1348 0.7846 0.1400
523 572 72.1 0.1321 1.6333 0.1400
715 717 52.8 0.1299 1.6634 0.1400
523 525 79.1 0.1338 0.5007 0.1400
717 719 113.2 0.1331 1.2119 0.1400
570 572 51.5 0.1223 5.5090 0.1400
719 763 92.8 0.1402 1.9643 0.1400
572 574 150.7 0.1340 1.4616 0.1400
719 721 69.5 0.1269 0.6187 0.1400
574 623 44.4 0.1303 1.3643 0.1400
759 761 87.5 0.1356 0.8902 0.1400
574 576 79.9 0.1347 0.7032 0.1400
761 799 87.4 0.1375 0.4630 0.1400
576 578 88.0 0.1358 0.9618 0.1400
761 763 87.0 0.1390 2.0329 0.1400
578 627 86.2 0.1390 1.9707 0.1400
1623 1661 35.1 0.1376 0.2155 0.1400
578 580 87.7 0.1376 0.5068 0.1400
1623 1625 73.6 0.1360 0.2658 0.1400
619 621 168.5 0.1446 3.4129 0.1400
1625 1627 79.1 0.1346 0.4335 0.1400
621 1013 100.8 0.2652 1.7090 0.1400
1627 1665 85.4 0.1349 0.3156 0.1400
621 623 103.1 0.1174 2.2688 0.1400
1627 1629 89.0 0.1342 0.8318 0.1400
623 625 148.3 0.1332 0.6227 0.1400
1667 1669 41.7 0.1375 0.2186 0.1400
625 674 83.2 0.1261 1.0069 0.1400
753 791 35.2 0.1376 0.2159 0.1400
625 627 92.3 0.1400 2.1331 0.1400
753 755 71.1 0.1360 0.2405 0.1400
674 1014 87.5 0.1749 1.2579 0.1400
755 757 75.8 0.1347 0.3708 0.1400
1013 1014 97.4 0.2837 2.5659 0.1400
757 795 82.2 0.1349 0.2692 0.1400
757 759 87.3 0.1342 0.7470 0.1400
797 799 54.7 0.1375 0.2507 0.1400
1017 1065 106.6 0.1338 0.1458 0.1400
1061 1063 77.2 0.1460 0.2084 0.1400
1063 1112 85.7 0.1405 0.2229 0.1400
1063 1065 58.5 0.1256 0.4063 0.1400
1065 1067 84.3 0.1379 0.5012 0.1400
1067 1116 98.6 0.1460 0.4245 0.1400
1067 1069 96.7 0.1498 0.2611 0.1400
1071 1120 99.3 0.1289 0.1420 0.1400
1108 1110 77.7 0.1378 0.0875 0.1400
1110 1159 59.9 0.1352 0.1267 0.1400
1114 1163 39.6 0.1341 0.1612 0.1400
1114 1116 42.4 0.1356 0.1093 0.1400
1118 1167 132.3 0.1315 0.0428 0.1400
1118 1120 111.4 0.1256 0.0891 0.1400
1165 1167 30.3 0.1322 0.1480 0.1400
147 195 108.3 0.1336 0.1425 0.1400
191 193 98.7 0.1459 0.2857 0.1400
193 242 107.2 0.1410 0.2737 0.1400
193 195 60.9 0.1254 0.4570 0.1400
195 197 84.0 0.1370 0.5045 0.1400
197 246 99.3 0.1461 0.4259 0.1400
197 199 97.3 0.1496 0.2516 0.1400
201 250 99.4 0.1287 0.1533 0.1400
238 240 87.6 0.1379 0.0804 0.1400
240 289 61.1 0.1353 0.1209 0.1400
240 242 31.3 0.1361 0.1770 0.1400
244 293 40.3 0.1342 0.1654 0.1400
244 246 44.5 0.1355 0.1119 0.1400
248 297 131.4 0.1314 0.0452 0.1400
248 250 113.4 0.1255 0.0859 0.1400
295 297 30.1 0.1322 0.1497 0.1400
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Warning: 1-4 interaction between 1389 and 1442 at distance 2.034 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
-------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.5.3
Source code file: pme.c, line: 534
Fatal error:
3 particles communicated to PME node 7 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
"Player Sleeps With the Fishes" (Ein Bekanntes Spiel Von ID Software)
[2]+ Exit 255 mdrun -deffnm nvt
Zhongjin He
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list