[gmx-users] LINCS WARNING
Raymond.nuist
eaglets at 163.com
Sun Dec 5 12:59:00 CET 2010
Dear users
Here is my problem:
I just changed my GMX version from 4.0 to 4.5.
But the task was in a Segmentation fault, whileI can "mdrun" it well in 4.0 environment .
Here is the error:
Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 1057.527961, max 39594.472656 (between atoms 5543 and 5541)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 598.238330, max 39421.507812 (between atoms 5544 and 5546)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096
6874 6869 44.6 0.1103 0.1082 0.1082
5728 5727 90.0 0.1111 0.2223 0.1090
7024 7023 90.0 0.1111 0.1591 0.1090
7025 7023 90.0 0.1111 2.7347 0.1090
7027 7026 90.0 0.1118 2.7603 0.1096
7028 7026 90.0 0.1118 1.7013 0.1096
7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096
7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096
8377 8376 41.3 0.1118 0.1095 0.1096
8385 8382 143.8 0.1115 2.5694 0.1094
8384 8382 90.0 0.1115 0.2055 0.1094
5684 5682 42.6 0.1118 0.1096 0.1096
8383 8382 90.0 0.1115 0.2720 0.1094
5436 5435 34.8 0.1113 2.4639 0.1092
5437 5435 90.0 0.1113 0.8917 0.1092
5438 5435 90.0 0.1113 0.2059 0.1092
5530 5525 95.5 0.1637 46.5184 0.1082
5536 5535 90.0 0.1111 63.8121 0.1090
5537 5535 110.7 0.1111 2.1859 0.1090
5539 5538 90.0 0.1118 5.2483 0.1096
5540 5538 90.0 0.1118 0.5557 0.1096
5542 5541 105.9 0.1118 4.8490 0.1096
5543 5541 90.0 0.1118 4340.0601 0.1096
5480 5473 54.7 0.1103 0.1082 0.1082
5545 5544 89.4 0.1118 18.5327 0.1096
5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096
5245 5243 36.6 0.1113 0.1093 0.1092
2794 2789 90.0 0.1103 0.3056 0.1082
4160 4158 90.0 0.1115 0.1108 0.1094
8456 8449 90.0 0.1103 3.7825 0.1082
7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096
4520 4513 90.0 0.1103 0.2065 0.1082
7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096
7033 7032 90.0 0.1118 2.6289 0.1096
7034 7032 90.0 0.1118 0.4015 0.1096
4524 4523 65.1 0.1113 0.1091 0.1092
10281 10276 68.7 0.1105 0.1083 0.1083
7041 7038 35.7 0.1115 0.1094 0.1094
2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096
10282 10277 90.0 0.1103 0.1607 0.1082
10288 10287 90.0 0.1111 0.3496 0.1090
5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096
5544 5545 89.4 0.1118 18.5327 0.1096
5548 5547 90.0 0.1118 1.0539 0.1096
5549 5547 48.5 0.1118 0.1038 0.1096
2800 2799 90.0 0.1111 2.8513 0.1090
2801 2799 90.0 0.1111 0.6884 0.1090
10291 10290 90.0 0.1118 0.1451 0.1096
3520 3519 90.0 0.1111 1.1565 0.1090
3521 3519 90.0 0.1111 0.7086 0.1090
3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096
3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096
5494 5493 50.9 0.1118 0.1038 0.1096
5495 5493 90.0 0.1118 1.3247 0.1096
8460 8459 90.0 0.1113 1.3661 0.1092
8461 8459 90.0 0.1113 0.2465 0.1092
8462 8459 90.0 0.1113 0.2054 0.1092
3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096
3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096
4528 4527 90.0 0.1111 1.1331 0.1090
4529 4527 32.8 0.1111 0.1132 0.1090
4531 4530 90.0 0.1118 0.1824 0.1096
4532 4530 40.4 0.1118 3.0513 0.1096
4535 4533 90.0 0.1118 0.1212 0.1096
10280 10273 90.0 0.1103 0.3980 0.1082
6648 6649 90.0 0.1118 2.0258 0.1096
6653 6651 90.0 0.1118 1.9735 0.1096
6657 6654 90.0 0.1115 2.2662 0.1094
4522 4517 46.8 0.1103 0.1082 0.1082
6646 6645 90.0 0.1117 1.3712 0.1096
6985 6984 41.0 0.1118 0.1096 0.1096
3529 3528 90.0 0.1118 0.1886 0.1096
3530 3528 90.0 0.1118 0.1834 0.1096
2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090
2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090
6647 6645 90.0 0.1118 0.6161 0.1096
6649 6648 90.0 0.1118 2.0258 0.1096
2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096
2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096
3574 3573 90.0 0.1118 0.4534 0.1096
2984 2977 90.0 0.1103 2.8493 0.1082
2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090
2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090
7696 7695 90.0 0.1111 0.3593 0.1090
7697 7695 90.0 0.1111 0.3558 0.1090
7699 7698 90.0 0.1118 0.1793 0.1096
2995 2994 30.1 0.1118 0.1096 0.1096
2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096
7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096
2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096
3184 3183 103.4 0.1111 2.7989 0.1090
3185 3183 90.0 0.1111 101.8118 0.1090
3196 3195 90.0 0.1118 0.2233 0.1096
6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085
3001 3000 87.3 0.1118 197.4325 0.1096
3002 3000 86.8 0.1118 24.5019 0.1096
7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096
6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085
3133 3131 32.2 0.1113 0.1093 0.1092
5785 5784 90.0 0.1118 0.2290 0.1096
349 347 31.3 0.1113 0.1092 0.1092
6009 6004 49.2 0.1105 0.1083 0.1083
10340 10338 90.0 0.1118 0.1320 0.1096
10342 10341 90.0 0.1145 0.1203 0.1096
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault
I don't know if this is suitable here,if someone come across the same problem,please give me a hand.
Thank you very much for reading~ ^_^
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20101205/ca38e066/attachment.html>
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list