[gmx-users] LINCS WARNING
Justin A. Lemkul
jalemkul at vt.edu
Sun Dec 5 14:21:53 CET 2010
Raymond.nuist wrote:
> Dear users
> Here is my problem:
> I just changed my GMX version from 4.0 to 4.5.
> But the task was in a Segmentation fault, whileI can "mdrun" it
> well in 4.0 environment .
>
Providing an .mdp file and a description of your system would be useful.
>
> Here is the error:
>
This suggests nothing beyond physical instability of your system, i.e.:
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up
-Justin
>
>
>
> Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 1057.527961, max 39594.472656 (between atoms 5543 and 5541)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
>
> Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 598.238330, max 39421.507812 (between atoms 5544 and 5546)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096
> 6874 6869 44.6 0.1103 0.1082 0.1082
> 5728 5727 90.0 0.1111 0.2223 0.1090
> 7024 7023 90.0 0.1111 0.1591 0.1090
> 7025 7023 90.0 0.1111 2.7347 0.1090
> 7027 7026 90.0 0.1118 2.7603 0.1096
> 7028 7026 90.0 0.1118 1.7013 0.1096
> 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096
> 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096
> 8377 8376 41.3 0.1118 0.1095 0.1096
> 8385 8382 143.8 0.1115 2.5694 0.1094
> 8384 8382 90.0 0.1115 0.2055 0.1094
> 5684 5682 42.6 0.1118 0.1096 0.1096
> 8383 8382 90.0 0.1115 0.2720 0.1094
> 5436 5435 34.8 0.1113 2.4639 0.1092
> 5437 5435 90.0 0.1113 0.8917 0.1092
> 5438 5435 90.0 0.1113 0.2059 0.1092
> 5530 5525 95.5 0.1637 46.5184 0.1082
> 5536 5535 90.0 0.1111 63.8121 0.1090
> 5537 5535 110.7 0.1111 2.1859 0.1090
> 5539 5538 90.0 0.1118 5.2483 0.1096
> 5540 5538 90.0 0.1118 0.5557 0.1096
> 5542 5541 105.9 0.1118 4.8490 0.1096
> 5543 5541 90.0 0.1118 4340.0601 0.1096
> 5480 5473 54.7 0.1103 0.1082 0.1082
> 5545 5544 89.4 0.1118 18.5327 0.1096
> 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096
> 5245 5243 36.6 0.1113 0.1093 0.1092
> 2794 2789 90.0 0.1103 0.3056 0.1082
> 4160 4158 90.0 0.1115 0.1108 0.1094
> 8456 8449 90.0 0.1103 3.7825 0.1082
> 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096
> 4520 4513 90.0 0.1103 0.2065 0.1082
> 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096
> 7033 7032 90.0 0.1118 2.6289 0.1096
> 7034 7032 90.0 0.1118 0.4015 0.1096
> 4524 4523 65.1 0.1113 0.1091 0.1092
> 10281 10276 68.7 0.1105 0.1083 0.1083
> 7041 7038 35.7 0.1115 0.1094 0.1094
> 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096
> 10282 10277 90.0 0.1103 0.1607 0.1082
> 10288 10287 90.0 0.1111 0.3496 0.1090
> 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096
> 5544 5545 89.4 0.1118 18.5327 0.1096
> 5548 5547 90.0 0.1118 1.0539 0.1096
> 5549 5547 48.5 0.1118 0.1038 0.1096
> 2800 2799 90.0 0.1111 2.8513 0.1090
> 2801 2799 90.0 0.1111 0.6884 0.1090
> 10291 10290 90.0 0.1118 0.1451 0.1096
> 3520 3519 90.0 0.1111 1.1565 0.1090
> 3521 3519 90.0 0.1111 0.7086 0.1090
> 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096
> 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096
> 5494 5493 50.9 0.1118 0.1038 0.1096
> 5495 5493 90.0 0.1118 1.3247 0.1096
> 8460 8459 90.0 0.1113 1.3661 0.1092
> 8461 8459 90.0 0.1113 0.2465 0.1092
> 8462 8459 90.0 0.1113 0.2054 0.1092
> 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096
> 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096
> 4528 4527 90.0 0.1111 1.1331 0.1090
> 4529 4527 32.8 0.1111 0.1132 0.1090
> 4531 4530 90.0 0.1118 0.1824 0.1096
> 4532 4530 40.4 0.1118 3.0513 0.1096
> 4535 4533 90.0 0.1118 0.1212 0.1096
> 10280 10273 90.0 0.1103 0.3980 0.1082
> 6648 6649 90.0 0.1118 2.0258 0.1096
> 6653 6651 90.0 0.1118 1.9735 0.1096
> 6657 6654 90.0 0.1115 2.2662 0.1094
> 4522 4517 46.8 0.1103 0.1082 0.1082
> 6646 6645 90.0 0.1117 1.3712 0.1096
> 6985 6984 41.0 0.1118 0.1096 0.1096
> 3529 3528 90.0 0.1118 0.1886 0.1096
> 3530 3528 90.0 0.1118 0.1834 0.1096
> 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090
> 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090
> 6647 6645 90.0 0.1118 0.6161 0.1096
> 6649 6648 90.0 0.1118 2.0258 0.1096
> 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096
> 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096
> 3574 3573 90.0 0.1118 0.4534 0.1096
> 2984 2977 90.0 0.1103 2.8493 0.1082
> 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090
> 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090
> 7696 7695 90.0 0.1111 0.3593 0.1090
> 7697 7695 90.0 0.1111 0.3558 0.1090
> 7699 7698 90.0 0.1118 0.1793 0.1096
> 2995 2994 30.1 0.1118 0.1096 0.1096
> 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096
> 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096
> 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096
> 3184 3183 103.4 0.1111 2.7989 0.1090
> 3185 3183 90.0 0.1111 101.8118 0.1090
> 3196 3195 90.0 0.1118 0.2233 0.1096
> 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085
> 3001 3000 87.3 0.1118 197.4325 0.1096
> 3002 3000 86.8 0.1118 24.5019 0.1096
> 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096
> 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085
> 3133 3131 32.2 0.1113 0.1093 0.1092
> 5785 5784 90.0 0.1118 0.2290 0.1096
> 349 347 31.3 0.1113 0.1092 0.1092
> 6009 6004 49.2 0.1105 0.1083 0.1083
> 10340 10338 90.0 0.1118 0.1320 0.1096
> 10342 10341 90.0 0.1145 0.1203 0.1096
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
> Segmentation fault
>
> I don't know if this is suitable here,if someone come across the same
> problem,please give me a hand.
> Thank you very much for reading~ ^_^
>
>
>
> ------------------------------------------------------------------------
> ÍøÒ×163/126ÓÊÏä°Ù·Ö°Ù¼æÈÝiphone ipadÓʼþÊÕ·¢
> <http://help.163.com/special/007525G0/163mail_guide.html?id=2716>
>
--
========================================
Justin A. Lemkul
Ph.D. Candidate
ICTAS Doctoral Scholar
MILES-IGERT Trainee
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
========================================
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list