[gmx-users] LINCS WARNING

Justin A. Lemkul jalemkul at vt.edu
Sun Dec 5 14:21:53 CET 2010



Raymond.nuist wrote:
> Dear users
>       Here is my problem:
>       I just changed my GMX version from 4.0 to 4.5.
>       But the task was in a Segmentation fault, whileI can "mdrun" it 
> well in 4.0 environment .
>      

Providing an .mdp file and a description of your system would be useful.

> 
>       Here is the error:
> 

This suggests nothing beyond physical instability of your system, i.e.:

http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up

-Justin

> 
> 
> 
>     Step 1902, time 1.902 (ps)  LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 1057.527961, max 39594.472656 (between atoms 5543 and 5541)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
>  atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
> 
> Step 1902, time 1.902 (ps)  LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 598.238330, max 39421.507812 (between atoms 5544 and 5546)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
>  atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
>    2136   2138   32.4    0.1759   0.1096      0.1096
>    6874   6869   44.6    0.1103   0.1082      0.1082
>    5728   5727   90.0    0.1111   0.2223      0.1090
>    7024   7023   90.0    0.1111   0.1591      0.1090
>    7025   7023   90.0    0.1111   2.7347      0.1090
>    7027   7026   90.0    0.1118   2.7603      0.1096
>    7028   7026   90.0    0.1118   1.7013      0.1096
>    7029   7030   90.0    0.1559   0.2336      0.1096
>    7029   7031   90.0    0.2080   2.4955      0.1096
>    8377   8376   41.3    0.1118   0.1095      0.1096
>    8385   8382  143.8    0.1115   2.5694      0.1094
>    8384   8382   90.0    0.1115   0.2055      0.1094
>    5684   5682   42.6    0.1118   0.1096      0.1096
>    8383   8382   90.0    0.1115   0.2720      0.1094
>    5436   5435   34.8    0.1113   2.4639      0.1092
>    5437   5435   90.0    0.1113   0.8917      0.1092
>    5438   5435   90.0    0.1113   0.2059      0.1092
>    5530   5525   95.5    0.1637  46.5184      0.1082
>    5536   5535   90.0    0.1111  63.8121      0.1090
>    5537   5535  110.7    0.1111   2.1859      0.1090
>    5539   5538   90.0    0.1118   5.2483      0.1096
>    5540   5538   90.0    0.1118   0.5557      0.1096
>    5542   5541  105.9    0.1118   4.8490      0.1096
>    5543   5541   90.0    0.1118 4340.0601      0.1096
>    5480   5473   54.7    0.1103   0.1082      0.1082
>    5545   5544   89.4    0.1118  18.5327      0.1096
>    5544   5546   90.0    0.2399 4321.1011      0.1096
>    5245   5243   36.6    0.1113   0.1093      0.1092
>    2794   2789   90.0    0.1103   0.3056      0.1082
>    4160   4158   90.0    0.1115   0.1108      0.1094
>    8456   8449   90.0    0.1103   3.7825      0.1082
>    7029   7030   90.0    0.1559   0.2336      0.1096
>    4520   4513   90.0    0.1103   0.2065      0.1082
>    7029   7031   90.0    0.2080   2.4955      0.1096
>    7033   7032   90.0    0.1118   2.6289      0.1096
>    7034   7032   90.0    0.1118   0.4015      0.1096
>    4524   4523   65.1    0.1113   0.1091      0.1092
>   10281  10276   68.7    0.1105   0.1083      0.1083
>    7041   7038   35.7    0.1115   0.1094      0.1094
>    2136   2138   32.4    0.1759   0.1096      0.1096
>   10282  10277   90.0    0.1103   0.1607      0.1082
>   10288  10287   90.0    0.1111   0.3496      0.1090
>    5544   5546   90.0    0.2399 4321.1011      0.1096
>    5544   5545   89.4    0.1118  18.5327      0.1096
>    5548   5547   90.0    0.1118   1.0539      0.1096
>    5549   5547   48.5    0.1118   0.1038      0.1096
>    2800   2799   90.0    0.1111   2.8513      0.1090
>    2801   2799   90.0    0.1111   0.6884      0.1090
>   10291  10290   90.0    0.1118   0.1451      0.1096
>    3520   3519   90.0    0.1111   1.1565      0.1090
>    3521   3519   90.0    0.1111   0.7086      0.1090
>    3525   3526   90.0    0.2190  12.9248      0.1096
>    3525   3527   90.0    0.1127   0.1825      0.1096
>    5494   5493   50.9    0.1118   0.1038      0.1096
>    5495   5493   90.0    0.1118   1.3247      0.1096
>    8460   8459   90.0    0.1113   1.3661      0.1092
>    8461   8459   90.0    0.1113   0.2465      0.1092
>    8462   8459   90.0    0.1113   0.2054      0.1092
>    3525   3526   90.0    0.2190  12.9248      0.1096
>    3525   3527   90.0    0.1127   0.1825      0.1096
>    4528   4527   90.0    0.1111   1.1331      0.1090
>    4529   4527   32.8    0.1111   0.1132      0.1090
>    4531   4530   90.0    0.1118   0.1824      0.1096
>    4532   4530   40.4    0.1118   3.0513      0.1096
>    4535   4533   90.0    0.1118   0.1212      0.1096
>   10280  10273   90.0    0.1103   0.3980      0.1082
>    6648   6649   90.0    0.1118   2.0258      0.1096
>    6653   6651   90.0    0.1118   1.9735      0.1096
>    6657   6654   90.0    0.1115   2.2662      0.1094
>    4522   4517   46.8    0.1103   0.1082      0.1082
>    6646   6645   90.0    0.1117   1.3712      0.1096
>    6985   6984   41.0    0.1118   0.1096      0.1096
>    3529   3528   90.0    0.1118   0.1886      0.1096
>    3530   3528   90.0    0.1118   0.1834      0.1096
>    2991   2992   90.0    0.2281  61.6154      0.1090
>    2991   2993   90.0    0.1982   0.3326      0.1090
>    6647   6645   90.0    0.1118   0.6161      0.1096
>    6649   6648   90.0    0.1118   2.0258      0.1096
>    2997   2998   93.3    0.1771   9.1908      0.1096
>    2997   2999   90.0    0.1311 517.9474      0.1096
>    3574   3573   90.0    0.1118   0.4534      0.1096
>    2984   2977   90.0    0.1103   2.8493      0.1082
>    2991   2992   90.0    0.2281  61.6154      0.1090
>    2991   2993   90.0    0.1982   0.3326      0.1090
>    7696   7695   90.0    0.1111   0.3593      0.1090
>    7697   7695   90.0    0.1111   0.3558      0.1090
>    7699   7698   90.0    0.1118   0.1793      0.1096
>    2995   2994   30.1    0.1118   0.1096      0.1096
>    2997   2998   93.3    0.1771   9.1908      0.1096
>    7701   7703   90.0    0.2615   2.0053      0.1096
>    2997   2999   90.0    0.1311 517.9474      0.1096
>    3184   3183  103.4    0.1111   2.7989      0.1090
>    3185   3183   90.0    0.1111 101.8118      0.1090
>    3196   3195   90.0    0.1118   0.2233      0.1096
>    6627   6631   90.0    0.2498   0.1126      0.1085
>    3001   3000   87.3    0.1118 197.4325      0.1096
>    3002   3000   86.8    0.1118  24.5019      0.1096
>    7701   7703   90.0    0.2615   2.0053      0.1096
>    6627   6631   90.0    0.2498   0.1126      0.1085
>    3133   3131   32.2    0.1113   0.1093      0.1092
>    5785   5784   90.0    0.1118   0.2290      0.1096
>     349    347   31.3    0.1113   0.1092      0.1092
>    6009   6004   49.2    0.1105   0.1083      0.1083
>   10340  10338   90.0    0.1118   0.1320      0.1096
>   10342  10341   90.0    0.1145   0.1203      0.1096
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
> Segmentation fault
> 
> I don't know if this is suitable here,if someone come across the same 
> problem,please give me a hand.
> Thank you very much for reading~   ^_^
> 
> 
> 
> ------------------------------------------------------------------------
> ÍøÒ×163/126ÓÊÏä°Ù·Ö°Ù¼æÈÝiphone ipadÓʼþÊÕ·¢ 
> <http://help.163.com/special/007525G0/163mail_guide.html?id=2716>
> 

-- 
========================================

Justin A. Lemkul
Ph.D. Candidate
ICTAS Doctoral Scholar
MILES-IGERT Trainee
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin

========================================



More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list