[gmx-users] the broken of the molecules

kecy_wu at sina.com kecy_wu at sina.com
Mon Sep 6 10:25:19 CEST 2010


 Hello, I do the energy minimization of the butylene box , but some butylene molecules are broken after that. The butylene itp file is produced by PRODRG, as follows:
 
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
BUT      3
[ atoms ]
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1       CH3     1  BUT      C9     1    0.0049   15.0350   
     2       CH2     1  BUT      C6     1   -0.02442  14.0270   
     3         C     1  BUT      C3     1    0.07957  13.0190   
     4         C     1  BUT      C2     1   -0.06005  14.0270   
[ bonds ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...
   2   1   2    0.155   7150000.0    0.155   7150000.0 ;    C6   C9   
   2   3   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;    C6   C3   
   3   4   2    0.135   7150000.0    0.135   7150000.0 ;    C3   C2   
[ pairs ]
; ai  aj  fu    c0, c1, ...
   1   4   1                                           ;    C9   C2   
[ angles ]
; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...
   1   2   3   2    112.5       520.0    112.5       520.0 ;    C9   C6   C3   
   2   3   4   2    125.0       610.0    125.0       610.0 ;    C6   C3   C2   
[ dihedrals ]
; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...
   1   2   3   4   1      0.0    1.0 6      0.0    1.0 6 ; dih    C9   C6   C3   C2 
 
Can  you show me why the butylene molecules would  be broken?
Thank you very much !
 
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20100906/d7a69cb1/attachment.html>


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list