[gmx-users] Reordering of water molecules with Na+ ions coordinates in xtc file

Mon Jan 3 17:02:10 CET 2011

Hey Leila,

Why all the fuzz? You can do this with trjconv using an index file.

The following oneliner (:$) should write you the index file you need.

python -c 'r,a,b,c=range,1868,24086,24100;open("r.ndx","w").write("[x]\n"+"\n".join([str(i)
for i in r(1,a)+r(b,c)+r(a,b)]))'

Hope it helps,

Tsjerk

On Mon, Jan 3, 2011 at 3:17 PM, leila karami <karami.leila1 at gmail.com> wrote:
> for example ordering in final.pdb is as follows:
>
> ATOM   1856  N2  DG3 X  86      15.620  47.770  21.660  1.00
> 0.00
> ATOM   1857  H21 DG3 X  86      16.480  48.290  21.560  1.00
> 0.00
> ATOM   1858  H22 DG3 X  86      15.010  48.060  22.420  1.00
> 0.00
> ATOM   1859  N3  DG3 X  86      14.160  46.250  20.930  1.00
> 0.00
> ATOM   1860  C4  DG3 X  86      13.780  45.460  19.890  1.00
> 0.00
> ATOM   1861  C3' DG3 X  86      10.130  43.520  22.330  1.00
> 0.00
> ATOM   1862  H3' DG3 X  86       9.350  42.780  22.490  1.00
> 0.00
> ATOM   1863  C2' DG3 X  86      10.400  43.920  20.880  1.00
> 0.00
> ATOM   1864 H2'1 DG3 X  86      10.450  43.060  20.220  1.00
> 0.00
> ATOM   1865 H2'2 DG3 X  86       9.720  44.720  20.580  1.00
> 0.00
> ATOM   1866  O3' DG3 X  86       9.680  44.620  23.090  1.00
> 0.00
> ATOM   1867  H3T DG3 X  86       8.790  44.770  22.760  1.00
> 0.00
> ATOM   1868  OW  SOL X  87       6.340  24.560  33.150  1.00
> 0.00
> ATOM   1869  HW1 SOL X  87       6.550  24.130  33.980  1.00
> 0.00
> ATOM   1870  HW2 SOL X  87       6.590  25.470  33.290  1.00
> 0.00
> ATOM   1871  OW  SOL X  88       9.070  15.110  50.520  1.00
> 0.00
> ATOM   1872  HW1 SOL X  88       8.250  15.450  50.870  1.00
> 0.00
> ATOM   1873  HW2 SOL X  88       9.210  15.590  49.700  1.00
> 0.00
> ATOM   1874  OW  SOL X  89      56.650  30.810  11.740  1.00
> 0.00
> ATOM   1875  HW1 SOL X  89      56.550  30.850  12.690  1.00
> 0.00
> ATOM   1876  HW2 SOL X  89      55.930  31.350  11.390  1.00  0.00
>
> while I want that ordering be as follows:
>
> ATOM   1856  N2  DG3    86      18.350  45.720  25.030  1.00  0.00
> ATOM   1857  H21 DG3    86      19.090  46.250  24.600  1.00  0.00
> ATOM   1858  H22 DG3    86      18.200  45.590  26.020  1.00  0.00
> ATOM   1859  N3  DG3    86      16.690  44.090  24.990  1.00  0.00
> ATOM   1860  C4  DG3    86      15.990  43.270  24.170  1.00  0.00
> ATOM   1861  C3' DG3    86      12.600  41.300  27.150  1.00  0.00
> ATOM   1862  H3' DG3    86      11.700  40.720  26.920  1.00  0.00
> ATOM   1863  C2' DG3    86      12.940  42.170  25.940  1.00  0.00
> ATOM   1864 1H2' DG3    86      12.480  41.850  25.010  1.00  0.00
> ATOM   1865 2H2' DG3    86      12.630  43.200  26.160  1.00  0.00
> ATOM   1866  O3' DG3    86      12.400  42.100  28.290  1.00  0.00
> ATOM   1867  H3T DG3    86      12.270  41.510  29.030  1.00  0.00
> ATOM   1868  Na   Na    87       9.520  12.960  25.870  1.00  0.00
> ATOM   1869  Na   Na    88      10.890  27.910   9.650  1.00  0.00
> ATOM   1870  Na   Na    89      22.150  55.600  31.600  1.00  0.00
> ATOM   1871  Na   Na    90      36.340   1.500   6.140  1.00  0.00
> ATOM   1872  Na   Na    91      38.910  14.970   5.700  1.00  0.00
> ATOM   1873  Na   Na    92      37.660   9.000  16.270  1.00  0.00
> ATOM   1874  Na   Na    93      25.770  23.110  23.230  1.00  0.00
> ATOM   1875  Na   Na    94      53.000   2.470  52.760  1.00  0.00
> ATOM   1876  Na   Na    95      43.750  28.050   1.000  1.00  0.00
> ATOM   1877  Na   Na    96      44.200  48.440   0.470  1.00  0.00
> ATOM   1878  Na   Na    97      37.770  56.870  33.540  1.00  0.00
> ATOM   1879  Na   Na    98      54.240  26.650  18.640  1.00  0.00
> ATOM   1880  Na   Na    99      61.510  35.570   8.100  1.00  0.00
> ATOM   1881  Na   Na   100      61.950  46.140  43.640  1.00  0.00
> ATOM   1882  OW  SOL   101      28.260  19.060  16.930  1.00  0.00
> ATOM   1883  HW1 SOL   101      28.610  19.950  16.980  1.00  0.00
> ATOM   1884  HW  SOL   101      27.370  19.140  17.290  1.00  0.00
> ATOM   1885  OW  SOL   102      34.220  11.510  13.510  1.00  0.00
> ATOM   1886  HW1 SOL   102      34.420  11.880  12.660  1.00  0.00
> ATOM   1887  HW2 SOL   102      34.660  12.090  14.140  1.00  0.00
> ATOM   1888  OW  SOL   103      18.620   9.650  16.990  1.00  0.00
> ATOM   1889  HW1 SOL   103      18.280   8.870  17.430  1.00  0.00
> ATOM   1890  HW2 SOL   103      19.560   9.620  17.160  1.00  0.00
> ATOM   1891  OW  SOL   104      22.090  26.530   6.110  1.00  0.00
> ATOM   1892  HW1 SOL   104      21.560  25.810   6.460  1.00  0.00
>
> --
> gmx-users mailing list    gmx-users at gromacs.org
> http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
> Please search the archive at
> http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!
> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
> www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.
> Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
>

-- 
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.

post-doctoral researcher
Molecular Dynamics Group
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology
* Zernike Institute for Advanced Materials
University of Groningen
The Netherlands