[gmx-users] Solute potential energy

[Francesco Musiani]

Dear Gromacs users,
I have the following problem: I need to calculate the potential energy
of a protein surrounded by explicit water.
In particular, I need to calculate the bond, angle, proper dihedral and
improper dihedral terms of potential energy for the solute protein only.
How can I extract this values from a trajectory?

thanks in advance,

Francesco

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Francesco Musiani
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Laboratory of Bioinorganic Chemistry
Department of Agro-Environmental Science and Technology
University of Bologna
Viale Giuseppe Fanin 40, I-40127 Bologna, Italy
Phone: +39-051-2096236 - Fax: +39-051-2096203
E-mail: francesco.musiani at unibo.it
Web: http://bioinorg.agrsci.unibo.it


LA RICERCA C’È E SI VEDE:
5 per mille all'Università di Bologna - C.F.: 80007010376
http://www.unibo.it/Vademecum5permille.htm

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