[gmx-users] Rotated protein

Shima Arasteh shima_arasteh2001 at yahoo.com
Sat Sep 15 07:16:35 CEST 2012


Dear users,

I rotated my protein to set in a proper direction:
# editconf -princ -rotate 0 60 0 -f protein.pdb -o protein-rotate.gro
The generated protein-rotate.gro is something unusual, because the residue numbers and residue  names are ordered incorrectly. Something as below:
ATOM     55  N   PHE     9      -8.330   7.830   5.550  1.00  0.00            
ATOM     56  CA  PHE     9      -8.430   6.510   6.130  1.00  0.00            
ATOM     57  C   PHE     9      -7.240   5.640   5.740  1.00  0.00            
ATOM     58  O   PHE     9      -7.010   5.400   4.550  1.00  0.00            
ATOM     59  CB  PHE     9      -9.700   5.800   5.670  1.00  0.00            
ATOM     60  CG  PHE     9      -9.900   4.410   6.220  1.00  0.00            
ATOM     61  CD1 PHE     9     -11.030   3.670   5.860  1.00  0.00            
ATOM     62  CD2 PHE     9      -8.950   3.860   7.090  1.00  0.00            
ATOM     63  CE1 PHE     9     -11.210   2.380   6.370  1.00  0.00            
ATOM     64  CE2 PHE     9      -9.130   2.570   7.610  1.00  0.00            
ATOM     65  CZ  PHE     9     -10.260   1.830   7.250  1.00  0.00            
ATOM     66  N   SER     1      -6.490   5.170   6.730  1.00  0.00            
ATOM     67  CA  SER     1      -5.330   4.340   6.490  1.00  0.00            
ATOM     68  C   SER     1      -5.480   2.980   7.160  1.00  0.00            
ATOM     69  O   SER     1      -5.620   2.900   8.380  1.00  0.00            
ATOM     70  CB  SER     1      -4.060   4.990   7.030  1.00  0.00            
ATOM     71  OG  SER     1      -2.940   4.130   6.760  1.00  0.00            
ATOM     72  N   SER     1      -5.460   1.910   6.360  1.00  0.00            
ATOM     73  CA  SER     1      -5.590   0.560   6.870  1.00  0.00            
ATOM     74  C   SER     1      -4.360  -0.280   6.540  1.00  0.00            
ATOM     75  O   SER     1      -4.040  -0.470   5.370  1.00  0.00            
ATOM     76  CB  SER     1      -6.810  -0.130   6.280  1.00  0.00            
ATOM     77  CG1 SER     1      -6.660  -0.210   4.760  1.00  0.00            
ATOM     78  CG2 SER     1      -6.910  -1.550   6.850  1.00  0.00            
ATOM     79  N   SER     1      -3.680  -0.780   7.570  1.00  0.00            
ATOM     80  CA  SER     1      -2.500  -1.590   7.390  1.00  0.00            
ATOM     81  C   SER     1      -1.340  -1.060   8.210  1.00  0.00            
ATOM     82  O   SER     1      -1.410  -1.020   9.440  1.00  0.00            
ATOM     83  CB  SER     1      -2.750  -3.030   7.820  1.00  0.00            
ATOM     84  N   SER     1      -0.260  -0.650   7.530  1.00  0.00            
ATOM     85  CA  SER     1       0.910  -0.130   8.200  1.00  0.00            
ATOM     86  C   SER     1       1.200   1.300   7.760  1.00  0.00            
ATOM     87  O   SER     1       1.430   1.550   6.580  1.00  0.00            
ATOM     88  CB  SER     1       2.150  -0.970   7.890  1.00  0.00            
ATOM     89  CG1 SER     1       2.400  -0.970   6.390  1.00  0.00            
ATOM     90  CG2 SER     1       3.360  -0.390   8.610  1.00  0.00            
ATOM     91  N   SER     1       1.200   2.230   8.710  1.00  0.00            
ATOM     92  CA  SER     1       1.460   3.630   8.410  1.00  0.00            
ATOM     93  C   SER     1       2.670   4.130   9.180  1.00  0.00            
ATOM     94  O   SER     1       2.690   4.110  10.410  1.00  0.00            
ATOM     95  CB  SER     1       0.270   4.500   8.800  1.00  0.00            
ATOM     96  OG  SER     1       0.570   5.870   8.490  1.00  0.00            
ATOM     97  N   SER     1       3.690   4.590   8.450  1.00  0.00            
ATOM     98  CA  SER     1       4.910   5.090   9.060  1.00  0.00            
ATOM     99  C   SER     1       5.150   6.550   8.670  1.00  0.00            
ATOM    100  O   SER     1       5.290   6.860   7.490  1.00  0.00            
ATOM    101  CB  SER     1       6.100   4.260   8.590  1.00  0.00            
ATOM    102  CG1 SER     1       7.370   4.790   9.240  1.00  0.00            
ATOM    103  CG2 SER     1       6.220   4.350   7.080  1.00  0.00            
ATOM    104  CD1 SER     1       8.560   3.960   8.770  1.00  0.00            
ATOM    105  N   SER     1       5.200   7.430   9.670  1.00  0.00            
ATOM    106  CA  SER     1       5.430   8.840   9.430  1.00  0.00            
ATOM    107  C   SER     1       4.360   9.690  10.120  1.00  0.00            
ATOM    108  O   SER     1       2.700   8.210  11.190  1.00  0.00            
ATOM    109  CB  SER     1       6.780   9.280   9.970  1.00  0.00            
ATOM    110  N   SER     1       3.590  10.440   9.320  1.00  0.00            
ATOM    111  CA  SER     1       2.540  11.280   9.850  1.00  0.00            
ATOM    112  C   SER     1       1.180  10.890   9.300  1.00  0.00            
ATOM    113  O   SER     1       0.970  10.920   8.090  1.00  0.00            
ATOM    114  CB  SER     1       2.780  12.750   9.490  1.00  0.00            
ATOM    115  CG  SER     1       1.740  13.710   9.990  1.00  0.00            
ATOM    116  CD1 SER     1       1.710  15.040   9.820  1.00  0.00            
ATOM    117  CD2 SER     1       0.600  13.410  10.750  1.00  0.00            
ATOM    118  NE1 SER     1       0.540  15.530  10.480  1.00  0.00            
ATOM    119  CE2 SER     1      -0.090  14.520  11.020  1.00  0.00            
ATOM    120  CE3 SER     1       0.140  12.180  11.220  1.00  0.00            
ATOM    121  CZ2 SER     1      -1.280  14.540  11.760  1.00  0.00            
ATOM    122  CZ3 SER     1      -1.060  12.180  11.960  1.00  0.00            
ATOM    123  CH2 SER     1      -1.740  13.320  12.220  1.00  0.00            
ATOM    124  N   SER     1       0.260  10.510  10.190  1.00  0.00            
ATOM    125  CA  SER     1      -1.070  10.110   9.790  1.00  0.00            
ATOM    126  C   SER     1      -2.130  11.010  10.410  1.00  0.00            
ATOM    127  O   SER     1      -2.230  11.090  11.630  1.00  0.00            
ATOM    128  CB  SER     1      -1.360   8.670  10.220  1.00  0.00            
ATOM    129  OG  SER     1      -2.690   8.310   9.810  1.00  0.00            
ATOM    130  N   SER     1      -2.920  11.670   9.570  1.00  0.00            
ATOM    131  CA  SER     1      -3.960  12.560  10.040  1.00  0.00            
ATOM    132  C   SER     1      -5.330  12.110   9.550  1.00  0.00            
ATOM    133  O   SER     1      -5.570  12.040   8.350  1.00  0.00            
ATOM    134  CB  SER     1      -3.730  13.990   9.550  1.00  0.00            
ATOM    135  CG  SER     1      -4.770  14.990   9.990  1.00  0.00            
ATOM    136  CD1 SER     1      -4.670  16.330   9.590  1.00  0.00            
ATOM    137  CD2 SER     1      -5.840  14.580  10.790  1.00  0.00            
ATOM    138  CE1 SER     1      -5.630  17.260  10.000  1.00  0.00            
ATOM    139  CE2 SER     1      -6.810  15.510  11.200  1.00  0.00            
ATOM    140  CZ  SER     1      -6.700  16.850  10.810  1.00  0.00            
ATOM    141  N   ALA     2      -6.230  11.810  10.490  1.00  0.00            
ATOM    142  CA  ALA     2      -7.570  11.370  10.150  1.00  0.00            
ATOM    143  C   ALA     2      -7.920  10.080  10.870  1.00  0.00            
ATOM    144  O   ALA     2      -7.960  10.040  12.090  1.00  0.00            
ATOM    145  CB  ALA     2      -8.610  12.420  10.540  1.00  0.00            
ATOM    146  N   ALA     2      -8.170   9.010  10.100  1.00  0.00            
ATOM    147  CA  ALA     2      -8.520   7.720  10.660  1.00  0.00            
ATOM    148  C   ALA     2      -7.510   6.660  10.250  1.00  0.00            
ATOM    149  O   ALA     2      -7.330   6.400   9.070  1.00  0.00            
ATOM    150  CB  ALA     2      -9.890   7.270  10.190  1.00  0.00            
ATOM    151  CG  ALA     2     -10.220   5.910  10.810  1.00  0.00            
ATOM    152  CD  ALA     2     -11.590   5.460  10.340  1.00  0.00            
ATOM    153  NE  ALA     2     -11.940   4.140  10.920  1.00  0.00            
ATOM    154  CZ  ALA     2     -13.090   3.520  10.660  1.00  0.00            
ATOM    155  NH1 ALA     2     -14.020   4.050   9.870  1.00  0.00            
ATOM    156  NH2 ALA     2     -13.300   2.340  11.240  1.00  0.00            
ATOM    157  N   ALA     2      -6.850   6.050  11.240  1.00  0.00            
ATOM    158  CA  ALA     2      -5.860   5.020  10.980  1.00  0.00            
ATOM    159  C   ALA     2      -6.260   3.700  11.

What's the problem? How can I solve it?
Would you please help me

Thanks in advance.
Shima



More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list