[gmx-users] Rotated protein

Shima Arasteh shima_arasteh2001 at yahoo.com
Sat Sep 15 07:33:46 CEST 2012



 I need to say that I generated .pdb file of protein-rotate.gro .Yes, the lines sent you, are from the pdb file.
The lines of protein.pdb is :
ATOM     55  N   PHE     9      -7.786   8.725  -5.477  1.00  0.00              
ATOM     56  CA  PHE     9      -8.154   7.378  -5.863  1.00  0.00              
ATOM     57  C   PHE     9      -7.352   6.345  -5.084  1.00  0.00              
ATOM     58  O   PHE     9      -6.125   6.323  -5.159  1.00  0.00              
ATOM     59  CB  PHE     9      -7.899   7.143  -7.348  1.00  0.00              
ATOM     60  CG  PHE     9      -8.253   5.762  -7.846  1.00  0.00              
ATOM     61  CD1 PHE     9      -8.061   5.433  -9.193  1.00  0.00              
ATOM     62  CD2 PHE     9      -8.775   4.811  -6.960  1.00  0.00              
ATOM     63  CE1 PHE     9      -8.389   4.152  -9.654  1.00  0.00              
ATOM     64  CE2 PHE     9      -9.103   3.530  -7.422  1.00  0.00              
ATOM     65  CZ  PHE     9      -8.910   3.201  -8.768  1.00  0.00              
ATOM     66  N   SER     10     -8.048   5.490  -4.333  1.00  0.00              
ATOM     67  CA  SER     10     -7.399   4.461  -3.545  1.00  0.00              
ATOM     68  C   SER     10     -7.862   3.074  -3.967  1.00  0.00              
ATOM     69  O   SER     10     -9.048   2.763  -3.893  1.00  0.00              
ATOM     70  CB  SER     10     -7.715   4.626  -2.061  1.00  0.00              
ATOM     71  OG  SER     10     -7.060   3.595  -1.317  1.00  0.00              
ATOM     72  N   VAL     11     -6.919   2.240  -4.412  1.00  0.00              
ATOM     73  CA  VAL     11     -7.231   0.893  -4.844  1.00  0.00              
ATOM     74  C   VAL     11     -6.484  -0.138  -4.010  1.00  0.00              
ATOM     75  O   VAL     11     -5.255  -0.142  -3.978  1.00  0.00              
ATOM     76  CB  VAL     11     -6.842   0.680  -6.304  1.00  0.00              
ATOM     77  CG1 VAL     11     -5.344   0.911  -6.470  1.00  0.00              
ATOM     78  CG2 VAL     11     -7.186  -0.746  -6.719  1.00  0.00              
ATOM     79  N   ALA     12     -7.230  -1.013  -3.332  1.00  0.00              
ATOM     80  CA  ALA     12     -6.639  -2.041  -2.501  1.00  0.00              
ATOM     81  C   ALA     12     -7.232  -2.023  -1.100  1.00  0.00              
ATOM     82  O   ALA     12     -8.430  -2.235  -0.927  1.00  0.00              
ATOM     83  CB  ALA     12     -6.879  -3.427  -3.090  1.00  0.00              
ATOM     84  N   VAL     13     -6.388  -1.768  -0.096  1.00  0.00              
ATOM     85  CA  VAL     13     -6.830  -1.722   1.283  1.00  0.00              
ATOM     86  C   VAL     13     -6.564  -0.357   1.899  1.00  0.00              
ATOM     87  O   VAL     13     -5.417   0.082   1.970  1.00  0.00              
ATOM     88  CB  VAL     13     -6.104  -2.765   2.127  1.00  0.00              
ATOM     89  CG1 VAL     13     -4.604  -2.497   2.085  1.00  0.00              
ATOM     90  CG2 VAL     13     -6.596  -2.685   3.568  1.00  0.00              
ATOM     91  N   SER     14     -7.625   0.316   2.347  1.00  0.00              
ATOM     92  CA  SER     14     -7.502   1.625   2.954  1.00  0.00              
ATOM     93  C   SER     14     -8.025   1.618   4.383  1.00  0.00              
ATOM     94  O   SER     14     -9.195   1.322   4.618  1.00  0.00              
ATOM     95  CB  SER     14     -8.295   2.670   2.173  1.00  0.00              
ATOM     96  OG  SER     14     -8.149   3.946   2.802  1.00  0.00              
ATOM     97  N   ILE     15     -7.154   1.946   5.341  1.00  0.00              
ATOM     98  CA  ILE     15     -7.529   1.975   6.740  1.00  0.00              
ATOM     99  C   ILE     15     -7.333   3.366   7.330  1.00  0.00              
ATOM    100  O   ILE     15     -6.221   3.889   7.337  1.00  0.00              
ATOM    101  CB  ILE     15     -6.665   0.989   7.518  1.00  0.00              
ATOM    102  CG1 ILE     15     -7.058   1.022   8.991  1.00  0.00              
ATOM    103  CG2 ILE     15     -5.197   1.377   7.376  1.00  0.00              
ATOM    104  CD1 ILE     15     -6.196   0.034   9.770  1.00  0.00              
ATOM    105  N   ALA     16     -8.418   3.962   7.826  1.00  0.00              
ATOM    106  CA  ALA     16     -8.363   5.285   8.415  1.00  0.00              
ATOM    107  C   ALA     16     -9.408   6.205   7.798  1.00  0.00              
ATOM    108  O   ALA     16     -10.605   5.946   7.901  1.00  0.00              
ATOM    109  CB  ALA     16     -8.620   5.230   9.917  1.00  0.00              
ATOM    110  N   TRP     17     -8.952   7.281   7.154  1.00  0.00              
ATOM    111  CA  TRP     17     -9.845   8.231   6.524  1.00  0.00              
ATOM    112  C   TRP     17     -9.577   8.328   5.028  1.00  0.00              
ATOM    113  O   TRP     17     -8.475   8.680   4.613  1.00  0.00              
ATOM    114  CB  TRP     17     -9.671   9.625   7.118  1.00  0.00              
ATOM    115  CG  TRP     17    -10.563  10.689   6.524  1.00  0.00              
ATOM    116  CD1 TRP     17    -10.610  11.984   6.862  1.00  0.00              
ATOM    117  CD2 TRP     17    -11.513  10.535   5.505  1.00  0.00              
ATOM    118  NE1 TRP     17    -11.601  12.598   6.034  1.00  0.00              
ATOM    119  CE2 TRP     17    -12.112  11.692   5.238  1.00  0.00              
ATOM    120  CE3 TRP     17    -11.874   9.386   4.792  1.00  0.00              
ATOM    121  CZ2 TRP     17    -13.108  11.859   4.269  1.00  0.00              
ATOM    122  CZ3 TRP     17    -12.876   9.531   3.810  1.00  0.00              
ATOM    123  CH2 TRP     17    -13.466  10.718   3.561  1.00  0.00              
ATOM    124  N   SER     18    -10.590   8.013   4.218  1.00  0.00              
ATOM    125  CA  SER     18    -10.463   8.064   2.776  1.00  0.00              
ATOM    126  C   SER     18    -11.459   9.043   2.172  1.00  0.00              
ATOM    127  O   SER     18    -12.666   8.881   2.330  1.00  0.00              
ATOM    128  CB  SER     18    -10.717   6.695   2.153  1.00  0.00              
ATOM    129  OG  SER     18    -10.581   6.787   0.732  1.00  0.00              
ATOM    130  N   PHE     19    -10.949  10.062   1.476  1.00  0.00              
ATOM    131  CA  PHE     19    -11.793  11.061   0.853  1.00  0.00              
ATOM    132  C   PHE     19    -11.577  11.097  -0.654  1.00  0.00              
ATOM    133  O   PHE     19    -10.468  11.353  -1.121  1.00  0.00              
ATOM    134  CB  PHE     19    -11.491  12.453   1.399  1.00  0.00              
ATOM    135  CG  PHE     19    -12.324  13.565   0.806  1.00  0.00              
ATOM    136  CD1 PHE     19    -12.135  14.885   1.233  1.00  0.00              
ATOM    137  CD2 PHE     19    -13.285  13.276  -0.169  1.00  0.00              
ATOM    138  CE1 PHE     19    -12.906  15.915   0.684  1.00  0.00              
ATOM    139  CE2 PHE     19    -14.057  14.306  -0.719  1.00  0.00              
ATOM    140  CZ  PHE     19    -13.868  15.627  -0.292  1.00  0.00              
ATOM    141  N   ALA     20    -12.643  10.840  -1.417  1.00  0.00              
ATOM    142  CA  ALA     20    -12.567  10.842  -2.864  1.00  0.00              
ATOM    143  C   ALA     20    -13.134   9.555  -3.444  1.00  0.00              
ATOM    144  O   ALA     20    -14.313   9.256  -3.267  1.00  0.00              
ATOM    145  CB  ALA     20    -13.358  12.007  -3.452  1.00  0.00              
ATOM    146  N   ARG     21    -12.289   8.791  -4.140  1.00  0.00              
ATOM    147  CA  ARG     21    -12.706   7.541  -4.745  1.00  0.00              
ATOM    148  C   ARG     21    -11.901   6.372  -4.195  1.00  0.00              
ATOM    149  O   ARG     21    -10.680   6.340  -4.326  1.00  0.00              
ATOM    150  CB  ARG     21    -12.514   7.571  -6.256  1.00  0.00              
ATOM    151  CG  ARG     21    -12.964   6.242  -6.852  1.00  0.00              
ATOM    152  CD  ARG     21    -12.772   6.270  -8.364  1.00  0.00              
ATOM    153  NE  ARG     21    -13.198   4.992  -8.978  1.00  0.00              
ATOM    154  CZ  ARG     21    -13.133   4.760 -10.286  1.00  0.00              
ATOM    155  NH1 ARG     21    -12.674   5.669 -11.142  1.00  0.00  

And the corresponding protein-rotate.pdb file are as below:

 ATOM     55  N   PHE     9      -8.330   7.830   5.550  1.00  0.00
> ATOM     56  CA  PHE     9      -8.430   6.510   6.130  1.00  0.00
> ATOM     57  C   PHE     9      -7.240   5.640   5.740  1.00  0.00
> ATOM     58  O   PHE     9      -7.010   5.400   4.550  1.00  0.00
> ATOM     59  CB  PHE     9      -9.700   5.800   5.670  1.00  0.00
> ATOM     60  CG  PHE     9      -9.900   4.410   6.220  1.00  0.00
> ATOM     61  CD1 PHE     9     -11.030   3.670   5.860  1.00  0.00
> ATOM     62  CD2 PHE     9      -8.950   3.860   7.090  1.00  0.00
> ATOM     63  CE1 PHE     9     -11.210   2.380   6.370  1.00  0.00
> ATOM     64  CE2 PHE     9      -9.130   2.570   7.610  1.00  0.00
> ATOM     65  CZ  PHE     9     -10.260   1.830   7.250  1.00  0.00
> ATOM     66  N   SER     1      -6.490   5.170   6.730  1.00  0.00
> ATOM     67  CA  SER     1      -5.330   4.340   6.490  1.00  0.00
> ATOM     68  C   SER     1      -5.480   2.980   7.160  1.00  0.00
> ATOM     69  O   SER     1      -5.620   2.900   8.380  1.00  0.00
> ATOM     70  CB  SER     1      -4.060   4.990   7.030  1.00  0.00
> ATOM     71  OG  SER     1      -2.940   4.130   6.760  1.00  0.00
> ATOM     72  N   SER     1      -5.460   1.910   6.360  1.00  0.00
> ATOM     73  CA  SER     1      -5.590   0.560   6.870  1.00  0.00
> ATOM     74  C   SER     1      -4.360  -0.280   6.540  1.00  0.00
> ATOM     75  O   SER     1      -4.040  -0.470   5.370  1.00  0.00
> ATOM     76  CB  SER     1      -6.810  -0.130   6.280  1.00  0.00
> ATOM     77  CG1 SER     1      -6.660  -0.210   4.760  1.00  0.00
> ATOM     78  CG2 SER     1      -6.910  -1.550   6.850  1.00  0.00
> ATOM     79  N   SER     1      -3.680  -0.780   7.570  1.00  0.00
> ATOM     80  CA  SER     1      -2.500  -1.590   7.390  1.00  0.00
> ATOM     81  C   SER     1      -1.340  -1.060   8.210  1.00  0.00
> ATOM     82  O   SER     1      -1.410  -1.020   9.440  1.00  0.00
> ATOM     83  CB  SER     1      -2.750  -3.030   7.820  1.00  0.00
> ATOM     84  N   SER     1      -0.260  -0.650   7.530  1.00  0.00
> ATOM     85  CA  SER     1       0.910  -0.130   8.200  1.00  0.00
> ATOM     86  C   SER     1       1.200   1.300   7.760  1.00  0.00
> ATOM     87  O   SER     1       1.430   1.550   6.580  1.00  0.00
> ATOM     88  CB  SER     1       2.150  -0.970   7.890  1.00  0.00
> ATOM     89  CG1 SER     1       2.400  -0.970   6.390  1.00  0.00
> ATOM     90  CG2 SER     1       3.360  -0.390   8.610  1.00  0.00
> ATOM     91  N   SER     1       1.200   2.230   8.710  1.00  0.00
> ATOM     92  CA  SER     1       1.460   3.630   8.410  1.00  0.00
> ATOM     93  C   SER     1       2.670   4.130   9.180  1.00  0.00
> ATOM     94  O   SER     1       2.690   4.110  10.410  1.00  0.00
> ATOM     95  CB  SER     1       0.270   4.500   8.800  1.00  0.00
> ATOM     96  OG  SER     1       0.570   5.870   8.490  1.00  0.00
> ATOM     97  N   SER     1       3.690   4.590   8.450  1.00  0.00
> ATOM     98  CA  SER     1       4.910   5.090   9.060  1.00  0.00
> ATOM     99  C   SER     1       5.150   6.550   8.670  1.00  0.00
> ATOM    100  O   SER     1       5.290   6.860   7.490  1.00  0.00
> ATOM    101  CB  SER     1       6.100   4.260   8.590  1.00  0.00
> ATOM    102  CG1 SER     1       7.370   4.790   9.240  1.00  0.00
> ATOM    103  CG2 SER     1       6.220   4.350   7.080  1.00  0.00
> ATOM    104  CD1 SER     1       8.560   3.960   8.770  1.00  0.00
> ATOM    105  N   SER     1       5.200   7.430   9.670  1.00  0.00
> ATOM    106  CA  SER     1       5.430   8.840   9.430  1.00  0.00
> ATOM    107  C   SER     1       4.360   9.690  10.120  1.00  0.00
> ATOM    108  O   SER     1       2.700   8.210  11.190  1.00  0.00
> ATOM    109  CB  SER     1       6.780   9.280   9.970  1.00  0.00
> ATOM    110  N   SER     1       3.590  10.440   9.320  1.00  0.00
> ATOM    111  CA  SER     1       2.540  11.280   9.850  1.00  0.00
> ATOM    112  C   SER     1       1.180  10.890   9.300  1.00  0.00
> ATOM    113  O   SER     1       0.970  10.920   8.090  1.00  0.00
> ATOM    114  CB  SER     1       2.780  12.750   9.490  1.00  0.00
> ATOM    115  CG  SER     1       1.740  13.710   9.990  1.00  0.00
> ATOM    116  CD1 SER     1       1.710  15.040   9.820  1.00  0.00
> ATOM    117  CD2 SER     1       0.600  13.410  10.750  1.00  0.00
> ATOM    118  NE1 SER     1       0.540  15.530  10.480  1.00  0.00
> ATOM    119  CE2 SER     1      -0.090  14.520  11.020  1.00  0.00
> ATOM    120  CE3 SER     1       0.140  12.180  11.220  1.00  0.00
> ATOM    121  CZ2 SER     1      -1.280  14.540  11.760  1.00  0.00
> ATOM    122  CZ3 SER     1      -1.060  12.180  11.960  1.00  0.00
> ATOM    123  CH2 SER     1      -1.740  13.320  12.220  1.00  0.00
> ATOM    124  N   SER     1       0.260  10.510  10.190  1.00  0.00
> ATOM    125  CA  SER     1      -1.070  10.110   9.790  1.00  0.00
> ATOM    126  C   SER     1      -2.130  11.010  10.410  1.00  0.00
> ATOM    127  O   SER     1      -2.230  11.090  11.630  1.00  0.00
> ATOM    128  CB  SER     1      -1.360   8.670  10.220  1.00  0.00
> ATOM    129  OG  SER     1      -2.690   8.310   9.810  1.00  0.00
> ATOM    130  N   SER     1      -2.920  11.670   9.570  1.00  0.00
> ATOM    131  CA  SER     1      -3.960  12.560  10.040  1.00  0.00
> ATOM    132  C   SER     1      -5.330  12.110   9.550  1.00  0.00
> ATOM    133  O   SER     1      -5.570  12.040   8.350  1.00  0.00
> ATOM    134  CB  SER     1      -3.730  13.990   9.550  1.00  0.00
> ATOM    135  CG  SER     1      -4.770  14.990   9.990  1.00  0.00
> ATOM    136  CD1 SER     1      -4.670  16.330   9.590  1.00  0.00
> ATOM    137  CD2 SER     1      -5.840  14.580  10.790  1.00  0.00
> ATOM    138  CE1 SER     1      -5.630  17.260  10.000  1.00  0.00
> ATOM    139  CE2 SER     1      -6.810  15.510  11.200  1.00  0.00
> ATOM    140  CZ  SER     1      -6.700  16.850  10.810  1.00  0.00
> ATOM    141  N   ALA     2      -6.230  11.810  10.490  1.00  0.00
> ATOM    142  CA  ALA     2      -7.570  11.370  10.150  1.00  0.00
> ATOM    143  C   ALA     2      -7.920  10.080  10.870  1.00  0.00
> ATOM    144  O   ALA     2      -7.960  10.040  12.090  1.00  0.00
> ATOM    145  CB  ALA     2      -8.610  12.420  10.540  1.00  0.00
> ATOM    146  N   ALA     2      -8.170   9.010  10.100  1.00  0.00
> ATOM    147  CA  ALA     2      -8.520   7.720  10.660  1.00  0.00
> ATOM    148  C   ALA     2      -7.510   6.660  10.250  1.00  0.00
> ATOM    149  O   ALA     2      -7.330   6.400   9.070  1.00  0.00
> ATOM    150  CB  ALA     2      -9.890   7.270  10.190  1.00  0.00
> ATOM    151  CG  ALA     2     -10.220   5.910  10.810  1.00  0.00
> ATOM    152  CD  ALA     2     -11.590   5.460  10.340  1.00  0.00
> ATOM    153  NE  ALA     2     -11.940   4.140  10.920  1.00  0.00
> ATOM    154  CZ  ALA     2     -13.090   3.520  10.660  1.00  0.00
> ATOM    155  NH1 ALA     2     -14.020   4.050   9.870  1.00  0.00
> ATOM    156  NH2 ALA     2     -13.300   2.340  11.240  1.00  0.00
> ATOM    157  N   ALA     2      -6.850   6.050  11.240  1.00  0.00
> ATOM    158  CA  ALA     2      -5.860   5.020  10.980  1.00  0.00
> ATOM    159  C   ALA     2      -6.260   3.700  11.
This problem goes up to the end of the rotated output.
Would you suggest me please?

Thanks 

-- gmx-users mailing list    gmx-users at gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!
* Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request at gromacs.org.
* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists




More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list