[gmx-users] Fw: Topology error

Shumaila Khan shumailakhan432 at yahoo.com
Sat Feb 4 06:18:14 CET 2017



     On Saturday, February 4, 2017 10:13 AM, Shumaila Khan <shumailakhan432 at yahoo.com> wrote:
 

 

     On Saturday, February 4, 2017 10:12 AM, Shumaila Khan <shumailakhan432 at yahoo.com> wrote:
 

 Hello,        I am new to gromacs. I want to simulate heme of hemoglobin.I am using Gromacs version 5.0.7. and force feild  GROMOS 96 43a1 and spc water model.I built Heme topology on Prodrg and Swiss param but Prodrg doesnt accept heme while Swiss param give errors. Kindly tell me appropriate force feild which I should use and How to generate iron and oxygen topology? or any alternative which I should use.Heme topology is available in almost all force feilds but It is for FE2+ not for FE3+ and I want to simulate FE3+. If it is possible, kindly please generate topology for heme containing oxygen. I shall be really very thankful to you.
This is the ligand , the heme atom.
HETATM 2341 FE   HEM C1542       7.320  80.715  -5.955  1.00 25.63          FeHETATM 2342  CHA HEM C1542       7.828  77.591  -5.047  1.00 23.39           CHETATM 2343  CHB HEM C1542       6.501  81.578  -2.733  1.00 23.47           CHETATM 2344  CHC HEM C1542       6.798  84.039  -6.886  1.00 22.00           CHETATM 2345  CHD HEM C1542       7.415  79.872  -9.275  1.00 20.35           CHETATM 2346  NA  HEM C1542       7.232  79.764  -4.194  1.00 25.04           NHETATM 2347  C1A HEM C1542       7.469  78.413  -3.980  1.00 25.77           CHETATM 2348  C2A HEM C1542       7.236  78.109  -2.602  1.00 26.75           CHETATM 2349  C3A HEM C1542       6.841  79.239  -1.971  1.00 26.16           CHETATM 2350  C4A HEM C1542       6.845  80.286  -2.956  1.00 24.77           CHETATM 2351  CMA HEM C1542       6.512  79.509  -0.487  1.00 23.24           CHETATM 2352  CAA HEM C1542       7.389  76.695  -1.990  1.00 30.57           CHETATM 2353  CBA HEM C1542       8.749  76.200  -1.503  1.00 34.82           CHETATM 2354  CGA HEM C1542       8.827  74.825  -0.843  1.00 37.87           CHETATM 2355  O1A HEM C1542       7.934  73.913  -0.680  1.00 39.74           OHETATM 2356  O2A HEM C1542      10.021  74.626  -0.423  1.00 40.42           OHETATM 2357  NB  HEM C1542       6.751  82.455  -4.998  1.00 23.10           NHETATM 2358  C1B HEM C1542       6.460  82.611  -3.660  1.00 22.37           CHETATM 2359  C2B HEM C1542       6.131  83.997  -3.367  1.00 21.40           CHETATM 2360  C3B HEM C1542       6.235  84.681  -4.510  1.00 21.71           CHETATM 2361  C4B HEM C1542       6.614  83.714  -5.544  1.00 21.85           CHETATM 2362  CMB HEM C1542       5.830  84.540  -1.947  1.00 20.77           CHETATM 2363  CAB HEM C1542       6.009  86.177  -4.817  1.00 20.85           CHETATM 2364  CBB HEM C1542       4.894  86.822  -4.391  1.00 21.93           CHETATM 2365  NC  HEM C1542       7.180  81.751  -7.717  1.00 23.07           NHETATM 2366  C1C HEM C1542       6.859  83.099  -7.910  1.00 21.16           CHETATM 2367  C2C HEM C1542       6.559  83.360  -9.301  1.00 19.55           CHETATM 2368  C3C HEM C1542       6.724  82.197  -9.967  1.00 19.24           CHETATM 2369  C4C HEM C1542       7.132  81.190  -9.023  1.00 21.12           CHETATM 2370  CMC HEM C1542       6.119  84.748  -9.815  1.00 17.45           CHETATM 2371  CAC HEM C1542       6.506  81.891 -11.455  1.00 17.62           CHETATM 2372  CBC HEM C1542       5.616  82.527 -12.236  1.00 18.11           CHETATM 2373  ND  HEM C1542       7.593  79.010  -6.981  1.00 22.41           NHETATM 2374  C1D HEM C1542       7.635  78.876  -8.352  1.00 21.08           CHETATM 2375  C2D HEM C1542       7.835  77.476  -8.654  1.00 21.66           CHETATM 2376  C3D HEM C1542       7.913  76.830  -7.505  1.00 21.01           CHETATM 2377  C4D HEM C1542       7.763  77.760  -6.423  1.00 22.07           CHETATM 2378  CMD HEM C1542       7.919  76.887 -10.102  1.00 20.29           CHETATM 2379  CAD HEM C1542       8.131  75.321  -7.321  1.00 20.98           CHETATM 2380  CBD HEM C1542       6.723  74.752  -7.027  1.00 23.17           CHETATM 2381  CGD HEM C1542       6.768  73.298  -6.794  1.00 24.91           CHETATM 2382  O1D HEM C1542       6.242  72.753  -5.808  1.00 29.44           OHETATM 2383  O2D HEM C1542       7.406  72.657  -7.630  1.00 26.84           OHETATM 2384  HHA HEM C1542       8.236  76.638  -4.744  1.00  0.00           HHETATM 2385  HHB HEM C1542       6.228  81.833  -1.720  1.00  0.00           HHETATM 2386  HHC HEM C1542       6.899  85.082  -7.147  1.00  0.00           HHETATM 2387  HHD HEM C1542       7.471  79.584 -10.314  1.00  0.00           HHETATM 2388 HMA1 HEM C1542       5.559  79.043  -0.235  1.00  0.00           HHETATM 2389 HMA2 HEM C1542       7.298  79.091   0.141  1.00  0.00           HHETATM 2390 HMA3 HEM C1542       6.446  80.584  -0.319  1.00  0.00           HHETATM 2391 HAA2 HEM C1542       7.055  75.989  -2.750  1.00  0.00           HHETATM 2392 HAA3 HEM C1542       6.696  76.625  -1.151  1.00  0.00           HHETATM 2393 HBA2 HEM C1542       9.413  76.181  -2.367  1.00  0.00           HHETATM 2394 HBA3 HEM C1542       9.139  76.933  -0.797  1.00  0.00           HHETATM 2395 HMB1 HEM C1542       6.754  84.582  -1.370  1.00  0.00           HHETATM 2396 HMB2 HEM C1542       5.404  85.541  -2.024  1.00  0.00           HHETATM 2397 HMB3 HEM C1542       5.120  83.880  -1.449  1.00  0.00           HHETATM 2398  HAB HEM C1542       6.752  86.720  -5.381  1.00  0.00           HHETATM 2399 HBB1 HEM C1542       4.144  86.288  -3.826  1.00  0.00           HHETATM 2400 HBB2 HEM C1542       4.756  87.869  -4.617  1.00  0.00           HHETATM 2401 HMC1 HEM C1542       6.821  85.505  -9.465  1.00  0.00           HHETATM 2402 HMC2 HEM C1542       6.103  84.743 -10.905  1.00  0.00           HHETATM 2403 HMC3 HEM C1542       5.122  84.976  -9.438  1.00  0.00           HHETATM 2404  HAC HEM C1542       7.107  81.114 -11.904  1.00  0.00           HHETATM 2405 HBC1 HEM C1542       4.997  83.310 -11.823  1.00  0.00           HHETATM 2406 HBC2 HEM C1542       5.520  82.255 -13.277  1.00  0.00           HHETATM 2407 HMD1 HEM C1542       8.317  75.873 -10.060  1.00  0.00           HHETATM 2408 HMD2 HEM C1542       6.923  76.868 -10.545  1.00  0.00           HHETATM 2409 HMD3 HEM C1542       8.575  77.510 -10.710  1.00  0.00           HHETATM 2410 HAD2 HEM C1542       8.542  74.879  -8.229  1.00  0.00           HHETATM 2411 HAD3 HEM C1542       8.796  75.136  -6.477  1.00  0.00           HHETATM 2412 HBD2 HEM C1542       6.074  74.954  -7.879  1.00  0.00           HHETATM 2413 HBD3 HEM C1542       6.316  75.243  -6.143  1.00  0.00           HHETATM 2414  O1  OXY C1543       5.525  80.353  -6.212  1.00 25.38           OHETATM 2415  O2  OXY C1543       4.301  80.342  -6.721  1.00 30.35           OEnd
                                                                   With best regards                                                                                           Shumaila khan

   

   


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list