[gmx-users] Core dumped in NVT
Syed Azeem
syedazeemullah186 at gmail.com
Tue May 1 14:06:20 CEST 2018
Hey all,
I'm trying to simulate a peptide-protein docked complex. I docked the
peptide using pepATTRACT package. After analysis, I selected the best
pose and tried to simulate. This yielded an error and got core dumped
in NVT equilibriation.
I'm using GROMOS 54a7 force field. The error is pasted below:
GROMACS: gmx mdrun, VERSION 5.1.4
Executable: /usr/local/gromacs/bin/gmx
Data prefix: /usr/local/gromacs
Command line:
gmx mdrun -v -deffnm nvt
Running on 1 node with total 2 cores, 4 logical cores
Hardware detected:
CPU info:
Vendor: GenuineIntel
Brand: Intel(R) Core(TM) i3-4030U CPU @ 1.90GHz
SIMD instructions most likely to fit this hardware: AVX2_256
SIMD instructions selected at GROMACS compile time: AVX2_256
Reading file nvt.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Changing nstlist from 10 to 25, rlist from 1.4 to 1.434
Using 1 MPI thread
Using 4 OpenMP threads
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.056487, max 0.946381 (between atoms 2400 and 2402)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.220257, max 3.677571 (between atoms 94 and 95)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
55 56 31.8 0.1015 0.0956 0.1000
55 57 52.1 0.2349 0.2349 0.1470
57 58 48.0 0.2224 0.2228 0.1530
57 65 89.8 0.2299 0.3183 0.1530
65 66 69.6 0.1477 0.2354 0.1230
65 67 83.7 0.1946 0.2569 0.1330
67 68 68.2 0.1047 0.1408 0.1000
67 69 50.9 0.2300 0.2789 0.1470
69 70 63.0 0.2227 0.3403 0.1530
69 82 67.3 0.2495 0.3697 0.1530
70 71 54.1 0.1729 0.2028 0.1530
71 72 36.8 0.1991 0.2163 0.1530
82 83 55.4 0.1253 0.1783 0.1230
82 84 63.5 0.2539 0.2903 0.1330
84 85 62.5 0.1027 0.1596 0.1000
84 86 62.5 0.2388 0.4224 0.1470
86 87 79.9 0.1946 0.1769 0.1530
86 90 93.5 0.2100 0.2881 0.1530
90 91 37.7 0.1291 0.3171 0.1230
92 93 151.5 0.1057 0.1022 0.1000
92 94 157.5 0.1820 0.2864 0.1470
95 96 171.9 0.1609 0.1718 0.1530
95 97 169.2 0.1610 0.1759 0.1530
98 99 155.3 0.1402 0.1854 0.1230
98 100 162.4 0.1610 0.2476 0.1330
2386 2388 169.4 0.1544 0.2630 0.1470
2388 2389 163.7 0.1629 0.3605 0.1530
2392 2394 159.8 0.1330 0.2451 0.1330
2394 2395 150.3 0.0977 0.1349 0.1000
2396 2400 156.7 0.1776 0.1941 0.1530
2397 2398 166.4 0.1396 0.0462 0.1430
2400 2401 133.5 0.1069 0.1620 0.1230
2402 2403 48.6 0.1129 0.1661 0.1000
2402 2404 102.9 0.2098 0.2774 0.1470
2404 2411 34.6 0.2530 0.4458 0.1530
2405 2406 170.9 0.1595 0.1029 0.1530
2411 2412 46.5 0.1265 0.0735 0.1230
2411 2413 63.4 0.1713 0.1585 0.1330
2413 2414 35.3 0.1044 0.1095 0.1000
2413 2415 52.2 0.1872 0.0940 0.1470
2420 2421 88.5 0.1262 0.0936 0.1230
2420 2422 95.5 0.1656 0.2391 0.1330
2422 2423 49.7 0.1164 0.1810 0.1000
2422 2424 57.5 0.2148 0.3306 0.1470
2424 2425 54.2 0.1857 0.1855 0.1530
2424 2430 45.8 0.1815 0.1585 0.1530
Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.1#
Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.1#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
starting mdrun 'Protein in water'
250000 steps, 500.0 ps.
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 3.611257, max 94.899414 (between atoms 57 and 65)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
50 52 69.3 0.1533 0.0680 0.1470
52 53 32.5 0.1728 0.2443 0.1530
53 54 41.0 0.1367 0.2362 0.1230
53 55 115.4 0.1420 1.1222 0.1330
55 56 100.2 0.1015 1.1348 0.1000
55 57 160.7 0.2349 3.2040 0.1470
57 58 130.5 0.2224 3.9408 0.1530
57 65 159.2 0.2299 14.6726 0.1530
58 59 111.8 0.1708 0.5409 0.1530
65 66 168.4 0.1477 11.3585 0.1230
65 67 76.0 0.1946 9.0458 0.1330
67 68 76.4 0.1047 0.8620 0.1000
67 69 148.6 0.2300 1.2341 0.1470
69 70 145.4 0.2227 1.2258 0.1530
70 71 56.0 0.1729 7.6068 0.1530
71 72 149.4 0.1991 8.1804 0.1530
72 73 37.2 0.1707 1.4197 0.1470
73 74 161.0 0.1090 0.5447 0.1000
73 75 158.7 0.1593 0.4927 0.1340
75 76 36.8 0.1472 0.8323 0.1340
76 77 70.7 0.1078 0.0542 0.1000
76 78 72.6 0.1104 0.0537 0.1000
79 80 68.5 0.1076 0.1054 0.1000
79 81 71.1 0.1090 0.0503 0.1000
82 83 84.2 0.1253 0.6714 0.1230
82 84 170.1 0.2539 0.6172 0.1330
84 85 75.8 0.1027 0.2144 0.1000
84 86 33.9 0.2388 0.9835 0.1470
86 87 167.4 0.1946 0.5811 0.1530
86 90 172.0 0.2100 0.9876 0.1530
92 93 147.3 0.1057 1.1116 0.1000
92 94 174.7 0.1820 2.2207 0.1470
95 96 172.9 0.1609 1.5246 0.1530
95 97 174.6 0.1610 1.5279 0.1530
98 99 157.5 0.1402 1.4389 0.1230
98 100 175.1 0.1610 1.6162 0.1330
100 101 31.7 0.1177 0.6587 0.1000
102 103 36.4 0.1614 0.0426 0.1530
103 104 39.8 0.1256 0.1126 0.1230
1960 1962 52.6 0.1595 0.1904 0.1530
1962 1963 70.9 0.1255 0.1585 0.1230
1962 1964 117.0 0.1378 0.4309 0.1330
1964 1965 91.0 0.1013 0.6623 0.1000
1964 1966 88.7 0.1530 4.6647 0.1470
1966 1967 90.5 0.1584 4.7378 0.1530
1966 1968 92.1 0.1582 4.5849 0.1530
1968 1969 64.0 0.1258 0.0756 0.1230
1968 1970 48.0 0.1375 0.1256 0.1330
1970 1971 144.1 0.1005 0.0170 0.1000
2379 2384 102.6 0.1617 0.0874 0.1530
2384 2385 123.0 0.1331 0.1377 0.1230
2386 2388 165.0 0.1544 1.3676 0.1470
2388 2389 173.9 0.1629 1.7754 0.1530
2392 2394 174.2 0.1330 1.3378 0.1330
2394 2395 141.9 0.0977 0.6955 0.1000
2396 2400 171.6 0.1776 1.0980 0.1530
2397 2398 176.3 0.1396 0.3120 0.1430
2398 2399 33.9 0.1068 0.1391 0.1000
2400 2401 141.6 0.1069 0.6928 0.1230
2402 2403 80.0 0.1129 0.3776 0.1000
2402 2404 173.3 0.2098 0.6670 0.1470
2405 2406 166.0 0.1595 0.8982 0.1530
2408 2409 167.1 0.1029 0.1642 0.1000
2408 2410 88.3 0.1025 0.0811 0.1000
2411 2412 129.6 0.1265 0.3673 0.1230
2411 2413 131.9 0.1713 0.4275 0.1330
2413 2414 42.4 0.1044 0.1792 0.1000
2415 2416 151.1 0.1771 0.0791 0.1530
2415 2420 99.0 0.2292 0.0795 0.1530
2422 2423 116.2 0.1164 0.0794 0.1000
2422 2424 77.6 0.2148 0.0743 0.1470
2430 2431 48.7 0.1358 0.1051 0.1230
2430 2432 107.9 0.1577 0.0385 0.1330
step 0: Water molecule starting at atom 8717 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Back Off! I just backed up step0b.pdb to ./#step0b.pdb.2#
Back Off! I just backed up step0c.pdb to ./#step0c.pdb.2#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
step 0
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 52 and 57
at distance 4.202 which is larger than the table limit 2.434 nm.
This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.
IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 1960 and 1966
at distance 4.395 which is larger than the table limit 2.434 nm.
This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.
IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.
Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 445919.686545, max 10488755.000000 (between atoms 86 and 87)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
50 52 52.8 0.0680 0.1968 0.1470
52 53 88.5 0.2443 1.7395 0.1530
53 54 93.1 0.2362 1.3434 0.1230
55 57 120.2 3.2040 7.6036 0.1470
57 58 149.4 3.9408 5.9538 0.1530
58 59 80.4 0.5409 0.7978 0.1530
59 60 120.4 0.1913 0.1180 0.1530
60 61 30.8 0.0644 0.1465 0.1230
67 68 169.0 0.8620 2.2796 0.1000
67 69 95.5 1.2341 4.7829 0.1470
69 70 99.0 1.2258 1489450.5000 0.1530
69 82 88.6 1.3749 4.1414 0.1530
70 71 101.0 7.6068 1489447.7500 0.1530
71 72 34.2 8.1804 25.0648 0.1530
72 73 98.0 1.4197 4.3013 0.1470
73 74 112.9 0.5447 2.1504 0.1000
73 75 150.6 0.4927 3.5357 0.1340
75 76 177.5 0.8323 2.6786 0.1340
75 79 177.9 0.8048 2.6948 0.1340
76 77 39.5 0.0542 1.2053 0.1000
76 78 54.2 0.0537 1.2105 0.1000
79 81 37.8 0.0503 1.1745 0.1000
82 83 116.8 0.6714 12.4030 0.1230
82 84 75.8 0.6172 5.1618 0.1330
84 85 80.1 0.2144 3.3172 0.1000
84 86 158.8 0.9835 2.3111 0.1470
86 87 127.0 0.5811 1604779.6250 0.1530
86 90 131.9 0.9876 22.6362 0.1530
87 88 136.3 0.2633 1604777.6250 0.1530
87 89 134.5 0.2626 1604777.6250 0.1530
90 91 99.4 0.8835 18.4914 0.1230
90 92 101.2 1.7391 18.2325 0.1330
92 93 168.5 1.1116 2.4413 0.1000
92 94 151.9 2.2207 4.2493 0.1470
94 95 146.4 2.9677 197.0873 0.1530
94 98 94.5 2.9018 4.7508 0.1530
95 96 136.2 1.5246 197.0424 0.1530
95 97 135.8 1.5279 196.5028 0.1530
98 99 70.1 1.4389 4.7830 0.1230
98 100 177.4 1.6162 3.9290 0.1330
100 101 161.8 0.6587 2.4983 0.1000
100 102 167.4 0.6994 2.0530 0.1470
102 103 32.3 0.0426 0.4770 0.1530
103 104 149.1 0.1126 0.2590 0.1230
103 105 121.0 0.1429 0.2252 0.1330
105 106 45.4 0.1047 0.1199 0.1000
105 107 40.7 0.1506 0.1856 0.1470
459 460 37.7 0.1004 0.1232 0.1000
459 461 118.0 0.1485 0.2399 0.1470
461 462 112.1 0.1539 0.2283 0.1530
461 464 54.6 0.1552 0.3513 0.1530
464 465 97.0 0.1236 0.3299 0.1230
464 466 132.1 0.1347 0.5037 0.1330
466 467 90.5 0.1001 0.8933 0.1000
466 468 75.7 0.1488 245.1382 0.1470
468 469 117.9 0.1535 245.6971 0.1530
468 473 68.4 0.1543 244.8664 0.1530
469 470 88.8 0.1532 2.0162 0.1530
470 471 88.9 0.1531 0.2683 0.1530
470 472 88.4 0.1530 0.2865 0.1530
473 474 67.6 0.1236 0.2658 0.1230
473 475 47.8 0.1340 0.2943 0.1330
475 477 37.8 0.1475 0.1543 0.1470
480 482 89.7 0.1330 0.3972 0.1330
482 483 89.9 0.1000 0.4255 0.1000
482 484 89.8 0.1000 0.3447 0.1000
874 875 64.1 0.1090 0.1118 0.1090
876 877 90.0 0.1090 1.2724 0.1090
971 973 90.9 0.1330 0.1355 0.1330
973 974 89.8 0.1000 0.1655 0.1000
973 975 59.6 0.1470 0.2659 0.1470
975 976 45.4 0.1530 0.1641 0.1530
975 977 90.0 0.1530 0.2467 0.1530
1181 1183 32.3 0.1470 0.1820 0.1470
1183 1184 33.4 0.1530 0.1897 0.1530
1183 1186 87.1 0.1530 0.4631 0.1530
1186 1187 89.6 0.1230 2.0125 0.1230
1186 1188 87.0 0.1330 0.4667 0.1330
1188 1189 41.1 0.1000 0.1406 0.1000
1188 1190 41.6 0.1470 0.2042 0.1470
1217 1219 49.4 0.1470 0.2306 0.1470
1219 1220 48.2 0.1530 0.2333 0.1530
1219 1221 69.1 0.1530 0.1597 0.1530
1221 1222 71.5 0.1230 0.1676 0.1230
1221 1223 84.2 0.1330 0.6300 0.1330
1223 1224 83.5 0.1000 0.4255 0.1000
1223 1225 87.9 0.1470 2.2220 0.1470
1225 1226 83.0 0.1530 238.0161 0.1530
1225 1227 87.2 0.1530 2.0415 0.1530
1227 1228 79.3 0.1230 0.3599 0.1230
1227 1229 80.9 0.1330 0.4564 0.1330
1229 1230 77.4 0.1000 0.1608 0.1000
1229 1231 71.1 0.1470 0.2788 0.1470
1231 1232 30.6 0.1530 0.1813 0.1530
1231 1244 31.0 0.1530 0.1832 0.1530
1305 1307 47.4 0.1424 0.2134 0.1470
1307 1308 42.4 0.1533 0.2194 0.1530
1307 1315 88.2 0.1598 1.0322 0.1530
1315 1316 89.2 0.1248 0.9244 0.1230
1315 1317 87.2 0.1372 1.0287 0.1330
1317 1318 48.8 0.1008 0.1460 0.1000
1386 1388 44.9 0.1330 0.2007 0.1330
1388 1389 47.7 0.1000 0.1542 0.1000
1388 1390 82.6 0.1470 0.3387 0.1470
1390 1391 82.4 0.1530 0.2848 0.1530
1390 1403 82.4 0.1530 0.5333 0.1530
1391 1392 46.6 0.1530 0.2266 0.1530
1403 1404 81.7 0.1230 0.3695 0.1230
1403 1405 85.7 0.1330 1.7081 0.1330
1405 1406 87.3 0.1000 1.1905 0.1000
1405 1407 84.7 0.1470 199.9464 0.1470
1407 1408 125.1 0.1530 199.2922 0.1530
1407 1413 117.6 0.1530 200.0835 0.1530
1408 1409 89.9 0.1530 0.7903 0.1530
1409 1410 81.0 0.1530 0.0783 0.1530
1413 1414 82.5 0.1230 0.4086 0.1230
1413 1415 83.7 0.1330 0.5814 0.1330
1415 1416 80.2 0.1000 0.1747 0.1000
1415 1417 83.3 0.1470 0.2733 0.1470
1417 1418 45.6 0.1530 0.2203 0.1530
1518 1519 90.2 0.1530 1.0253 0.1530
1519 1520 89.9 0.1530 0.9727 0.1530
1520 1521 90.7 0.1530 0.3051 0.1530
1905 1910 75.8 0.1530 0.0979 0.1530
1910 1911 89.0 0.1230 0.1156 0.1230
1910 1912 89.3 0.1330 0.4959 0.1330
1912 1913 89.8 0.1000 0.4425 0.1000
1912 1914 89.9 0.1470 0.5036 0.1470
1941 1942 89.5 0.1250 0.1724 0.1250
1948 1956 30.7 0.1602 0.2005 0.1530
1956 1957 35.2 0.1324 0.1723 0.1230
1956 1958 37.0 0.1318 0.1608 0.1330
1958 1959 62.2 0.1024 0.1575 0.1000
1958 1960 79.2 0.0993 0.4421 0.1470
1960 1961 86.3 0.1074 0.4064 0.1530
1960 1962 97.7 0.1904 1.2281 0.1530
1962 1963 93.7 0.1585 1.1917 0.1230
1962 1964 100.0 0.4309 257.3985 0.1330
1964 1965 102.9 0.6623 257.9689 0.1000
1964 1966 55.0 4.6647 247.7282 0.1470
1966 1967 36.0 4.7378 3.8114 0.1530
1968 1969 42.0 0.0756 2.0450 0.1230
1968 1970 92.4 0.1256 2.3649 0.1330
1970 1971 114.5 0.0170 0.0411 0.1000
1970 1972 66.6 0.1409 0.2432 0.1470
1997 1999 36.8 0.1471 0.1973 0.1470
1999 2000 37.9 0.1531 0.2066 0.1530
1999 2012 75.2 0.1532 0.2838 0.1530
2012 2013 76.3 0.1232 0.2615 0.1230
2012 2014 91.6 0.1334 4.4373 0.1330
2014 2015 89.9 0.1001 4.0712 0.1000
2014 2016 88.7 0.1475 4.5518 0.1470
2016 2017 90.6 0.1534 0.8688 0.1530
2016 2021 98.9 0.1537 0.7395 0.1530
2017 2018 93.2 0.1532 0.0531 0.1530
2021 2022 90.7 0.1233 0.1515 0.1230
2021 2023 65.2 0.1335 0.1229 0.1330
2023 2024 118.9 0.1002 0.0514 0.1000
2026 2029 90.0 0.1530 0.4266 0.1530
2034 2035 91.3 0.1530 0.4582 0.1530
2035 2036 89.6 0.1530 1.5115 0.1530
2036 2037 90.3 0.1530 1.2850 0.1530
2036 2038 90.2 0.1530 1.1447 0.1530
2377 2378 79.3 0.1023 0.0471 0.1000
2377 2379 57.8 0.1642 0.8357 0.1470
2379 2380 149.9 0.1616 0.7097 0.1530
2379 2384 162.6 0.0874 3.0653 0.1530
2380 2381 69.3 0.1503 0.2580 0.1430
2380 2383 70.4 0.1603 0.2605 0.1530
2381 2382 40.8 0.1008 0.1274 0.1000
2384 2385 157.3 0.1377 2.7199 0.1230
2384 2386 88.0 0.6749 5.7265 0.1330
2386 2387 175.1 0.5848 5.8374 0.1000
2386 2388 66.7 1.3676 2.4789 0.1470
2388 2389 145.8 1.7754 100.5195 0.1530
2388 2392 140.1 2.2155 7.9392 0.1530
2389 2390 154.9 1.0664 94.0989 0.1530
2389 2391 153.5 1.0644 94.1759 0.1530
2392 2393 119.2 1.1427 2.4289 0.1230
2392 2394 153.6 1.3378 4.7865 0.1330
2394 2395 59.0 0.6955 3.9258 0.1000
2394 2396 79.7 1.4536 0.8311 0.1470
2397 2398 173.2 0.3120 2.1241 0.1430
2398 2399 171.0 0.1391 0.8564 0.1000
2400 2401 58.5 0.6928 203.4008 0.1230
2400 2402 81.5 1.1983 225.7635 0.1330
2402 2403 81.0 0.3776 226.5243 0.1000
2402 2404 64.2 0.6670 265.1795 0.1470
2404 2405 70.5 1.0829 239.0391 0.1530
2404 2411 59.6 1.0115 239.2414 0.1530
2406 2407 175.1 0.8464 4.5223 0.1230
2406 2408 176.0 0.8165 4.7410 0.1330
2408 2409 163.4 0.1642 1.8649 0.1000
2408 2410 178.5 0.0811 1.8959 0.1000
2411 2412 156.9 0.3673 2.5776 0.1230
2411 2413 152.0 0.4275 2.8883 0.1330
2413 2414 111.3 0.1792 1.0293 0.1000
2413 2415 138.5 0.4719 0.9863 0.1470
2415 2416 153.1 0.0791 0.4251 0.1530
2415 2420 108.1 0.0795 0.5557 0.1530
2417 2418 33.7 0.1625 0.1585 0.1830
2420 2421 46.9 0.1893 0.1690 0.1230
2420 2422 45.4 0.3405 0.1951 0.1330
2422 2423 48.9 0.0794 0.0796 0.1000
2422 2424 81.9 0.0743 0.2502 0.1470
2424 2425 34.0 0.2998 0.1694 0.1530
2424 2430 52.4 0.2960 0.2009 0.1530
2430 2431 44.6 0.1051 0.1228 0.1230
2430 2432 52.0 0.0385 0.1634 0.1330
2432 2433 35.3 0.1378 0.1055 0.1000
step 1: Water molecule starting at atom 10019 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
Please help me sort out this issue.
Best,
Azeem
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list