[gmx-users] Segmentation fault (core dumped)
Ashma Khan
ashmakhan200 at gmail.com
Tue Sep 18 07:14:09 CEST 2018
when I run gmx mdrun -v -deffnm 5e61_pr for pr.mdp file then there is an
error of core dumped.Please suggest what should I do
Step 7, time 0.014 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.041436, max 2.491113 (between atoms 3683 and 3684)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
275 276 40.8 0.1007 0.1008 0.1010
406 407 73.1 0.1650 0.1005 0.1010
579 580 45.8 0.1009 0.1015 0.1010
619 620 62.3 0.1014 0.1015 0.1010
702 703 90.0 0.1212 0.1007 0.1010
763 764 34.5 0.1009 0.1008 0.1010
806 808 40.9 0.1010 0.1005 0.1010
958 959 40.1 0.1007 0.1010 0.1010
1075 1076 75.5 0.1025 0.0998 0.1010
1118 1119 56.6 0.1016 0.1012 0.1010
1302 1303 62.4 0.0998 0.1016 0.1010
1435 1436 90.0 0.1250 0.1002 0.1010
1547 1549 44.8 0.1010 0.1004 0.1010
1683 1684 61.4 0.0999 0.1012 0.1010
1803 1804 50.9 0.1011 0.1010 0.1010
1835 1836 90.0 0.1821 0.1110 0.1010
1886 1887 38.5 0.1008 0.1009 0.1010
1894 1895 34.6 0.1008 0.1008 0.1010
1950 1951 90.0 0.1439 0.0997 0.1010
1955 1956 38.9 0.1008 0.1010 0.1010
1966 1967 90.0 0.1169 0.1006 0.1010
2107 2108 90.0 0.1197 0.1002 0.1010
2195 2196 36.6 0.1008 0.1010 0.1010
2310 2311 46.0 0.1010 0.1015 0.1010
2334 2335 90.0 0.1770 0.1069 0.1010
2382 2383 33.3 0.1016 0.1010 0.1010
2483 2484 90.0 0.1013 0.1193 0.1010
2518 2519 79.8 0.1026 0.0994 0.1010
2611 2612 90.0 0.1360 0.1007 0.1010
2670 2671 37.9 0.1008 0.1008 0.1010
2683 2684 42.8 0.1007 0.1009 0.1010
2702 2703 90.0 0.1017 0.1043 0.1010
2726 2727 90.0 0.1226 0.1011 0.1010
2747 2748 40.2 0.1007 0.1011 0.1010
2782 2783 33.5 0.1010 0.1008 0.1010
2803 2804 34.6 0.1010 0.1010 0.1010
2878 2879 41.9 0.1010 0.1014 0.1010
2918 2919 85.5 0.1106 0.0995 0.1010
2958 2959 54.0 0.1015 0.1013 0.1010
3030 3031 38.9 0.1010 0.1010 0.1010
3118 3119 34.2 0.1009 0.1009 0.1010
3147 3148 67.8 0.1011 0.1017 0.1010
3155 3156 43.0 0.1006 0.1008 0.1010
3243 3244 69.1 0.1016 0.1013 0.1010
3507 3508 67.8 0.1009 0.1018 0.1010
3651 3652 48.7 0.1012 0.1016 0.1010
3662 3663 90.0 0.1071 0.1000 0.1010
3683 3684 90.0 0.1023 0.3526 0.1010
3734 3735 90.0 0.1015 0.1234 0.1010
3747 3748 53.8 0.1017 0.1006 0.1010
4043 4045 57.0 0.1010 0.1010 0.1010
4059 4060 50.4 0.1012 0.1016 0.1010
4099 4100 55.8 0.1013 0.1000 0.1010
4102 4103 63.3 0.1014 0.0999 0.1010
4158 4159 83.2 0.1038 0.0997 0.1010
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 8, time 0.016 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 4.360419, max 264.224396 (between atoms 3683 and 3684)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
275 276 42.7 0.1008 0.1012 0.1010
406 407 90.0 0.1005 0.1578 0.1010
579 580 53.1 0.1015 0.1010 0.1010
619 620 58.8 0.1015 0.1001 0.1010
702 703 90.0 0.1007 0.1220 0.1010
763 764 36.2 0.1008 0.1010 0.1010
806 808 39.5 0.1005 0.1010 0.1010
822 823 38.5 0.1010 0.1010 0.1010
958 959 41.9 0.1010 0.1014 0.1010
1075 1076 83.0 0.0998 0.1019 0.1010
1118 1119 54.3 0.1012 0.1002 0.1010
1142 1143 31.5 0.1009 0.1009 0.1010
1270 1271 37.2 0.1010 0.1010 0.1010
1278 1279 52.0 0.1010 0.1010 0.1010
1302 1303 59.8 0.1016 0.1012 0.1010
1435 1436 90.0 0.1002 0.1257 0.1010
1547 1549 44.1 0.1004 0.1011 0.1010
1683 1684 59.6 0.1012 0.1016 0.1010
1803 1804 51.3 0.1010 0.1004 0.1010
1835 1836 90.0 0.1110 0.1776 0.1010
1886 1887 40.0 0.1009 0.1013 0.1010
1894 1895 35.1 0.1008 0.1011 0.1010
1950 1951 90.0 0.0997 0.1473 0.1010
1955 1956 40.6 0.1010 0.1013 0.1010
1966 1967 90.0 0.1006 0.1207 0.1010
2035 2037 90.0 0.1010 0.1330 0.1010
2107 2108 90.0 0.1002 0.1237 0.1010
2195 2196 38.7 0.1010 0.1013 0.1010
2310 2311 56.6 0.1015 0.1010 0.1010
2334 2335 90.0 0.1069 0.1735 0.1010
2382 2383 31.5 0.1010 0.1008 0.1010
2483 2484 90.0 0.1193 0.1033 0.1010
2518 2519 90.0 0.0994 0.1049 0.1010
2611 2612 90.0 0.1007 0.1360 0.1010
2670 2671 40.6 0.1008 0.1011 0.1010
2683 2684 45.0 0.1009 0.1015 0.1010
2702 2703 77.6 0.1043 0.1010 0.1010
2726 2727 90.0 0.1011 0.1317 0.1010
2747 2748 41.8 0.1011 0.1014 0.1010
2782 2783 32.3 0.1008 0.1009 0.1010
2803 2804 33.3 0.1010 0.1008 0.1010
2878 2879 45.3 0.1014 0.1012 0.1010
2910 2911 30.6 0.1009 0.1010 0.1010
2918 2919 90.0 0.0995 0.1146 0.1010
2958 2959 51.7 0.1013 0.1003 0.1010
3030 3031 38.2 0.1010 0.1006 0.1010
3046 3047 31.3 0.1010 0.1010 0.1010
3118 3119 36.0 0.1009 0.1012 0.1010
3147 3148 68.8 0.1017 0.0999 0.1010
3155 3156 45.1 0.1008 0.1014 0.1010
3243 3244 70.9 0.1013 0.1000 0.1010
3403 3404 30.6 0.1009 0.1010 0.1010
3462 3463 31.1 0.1009 0.1011 0.1010
3507 3508 68.0 0.1018 0.0999 0.1010
3526 3527 47.8 0.1010 0.1010 0.1010
3651 3652 47.9 0.1016 0.1007 0.1010
3662 3663 90.0 0.1000 0.1099 0.1010
3683 3684 85.1 0.3526 26.7877 0.1010
3683 3685 43.9 0.1011 0.0986 0.1010
3734 3735 77.9 0.1234 0.1012 0.1010
3747 3748 51.9 0.1006 0.1006 0.1010
4043 4045 54.6 0.1010 0.1003 0.1010
4059 4060 49.4 0.1016 0.1006 0.1010
4075 4076 53.5 0.1010 0.1010 0.1010
4099 4100 59.1 0.1000 0.1026 0.1010
4102 4103 67.0 0.0999 0.1028 0.1010
4126 4127 34.2 0.1010 0.1010 0.1010
4158 4159 90.1 0.0997 0.1069 0.1010
step 8: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 9, time 0.018 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 10.208127, max 618.581116 (between atoms 3683 and 3684)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
275 276 43.6 0.1012 0.1014 0.1010
406 407 82.1 0.1578 0.0999 0.1010
579 580 50.9 0.1010 0.1003 0.1010
619 620 57.9 0.1001 0.1015 0.1010
702 703 74.6 0.1220 0.1004 0.1010
763 764 38.0 0.1010 0.1013 0.1010
806 808 38.0 0.1010 0.1012 0.1010
822 823 39.5 0.1010 0.1007 0.1010
958 959 44.3 0.1014 0.1011 0.1010
1075 1076 73.6 0.1019 0.1004 0.1010
1118 1119 52.6 0.1002 0.1013 0.1010
1142 1143 34.0 0.1009 0.1010 0.1010
1270 1271 35.3 0.1010 0.1007 0.1010
1278 1279 48.2 0.1010 0.1004 0.1010
1302 1303 61.1 0.1012 0.1001 0.1010
1371 1373 68.4 0.1010 0.1010 0.1010
1435 1436 74.6 0.1257 0.1006 0.1010
1547 1549 44.1 0.1011 0.1014 0.1010
1683 1684 60.0 0.1016 0.1001 0.1010
1803 1804 53.0 0.1004 0.1014 0.1010
1835 1836 90.0 0.1776 0.1152 0.1010
1886 1887 44.4 0.1013 0.1013 0.1010
1894 1895 36.0 0.1011 0.1013 0.1010
1950 1951 69.5 0.1473 0.1002 0.1010
1955 1956 41.6 0.1013 0.1013 0.1010
1966 1967 74.3 0.1207 0.1004 0.1010
2035 2037 74.4 0.1330 0.1012 0.1010
2107 2108 74.0 0.1237 0.1005 0.1010
2195 2196 40.2 0.1013 0.1012 0.1010
2310 2311 53.4 0.1010 0.1003 0.1010
2334 2335 90.0 0.1735 0.1091 0.1010
2483 2484 89.9 0.1033 0.1203 0.1010
2518 2519 71.4 0.1049 0.0995 0.1010
2611 2612 76.1 0.1360 0.1007 0.1010
2670 2671 42.6 0.1011 0.1015 0.1010
2683 2684 46.0 0.1015 0.1011 0.1010
2702 2703 69.9 0.1010 0.1011 0.1010
2726 2727 78.9 0.1317 0.1009 0.1010
2747 2748 33.9 0.1014 0.1010 0.1010
2782 2783 31.3 0.1009 0.1011 0.1010
2803 2804 32.2 0.1008 0.1009 0.1010
2878 2879 43.7 0.1012 0.1006 0.1010
2910 2911 32.2 0.1010 0.1012 0.1010
2918 2919 69.7 0.1146 0.0999 0.1010
2934 2935 57.5 0.1010 0.1010 0.1010
2958 2959 50.3 0.1003 0.1011 0.1010
3030 3031 36.2 0.1006 0.1009 0.1010
3118 3119 36.8 0.1012 0.1013 0.1010
3147 3148 74.1 0.0999 0.1021 0.1010
3155 3156 47.0 0.1014 0.1012 0.1010
3243 3244 77.0 0.1000 0.1026 0.1010
3403 3404 31.4 0.1010 0.1011 0.1010
3462 3463 32.6 0.1011 0.1013 0.1010
3507 3508 72.0 0.0999 0.1019 0.1010
3526 3527 44.6 0.1010 0.1005 0.1010
3651 3652 45.8 0.1007 0.1006 0.1010
3662 3663 70.5 0.1099 0.1001 0.1010
3670 3671 89.9 0.1010 0.1849 0.1010
3681 3683 90.0 0.1332 0.1328 0.1335
3683 3685 89.9 0.0986 0.1713 0.1010
3694 3695 89.9 0.1010 0.1168 0.1010
3734 3735 90.0 0.1012 0.1217 0.1010
3747 3748 50.4 0.1006 0.1014 0.1010
4043 4045 52.3 0.1003 0.1015 0.1010
4059 4060 47.5 0.1006 0.1006 0.1010
4075 4076 52.4 0.1010 0.1002 0.1010
4099 4100 89.7 0.1026 0.1072 0.1010
4102 4103 59.8 0.1028 0.0992 0.1010
4115 4117 30.7 0.1010 0.1010 0.1010
4126 4127 31.7 0.1010 0.1008 0.1010
4158 4159 71.7 0.1069 0.0997 0.1010
step 9: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 10, time 0.02 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 16.089568, max 974.978882 (between atoms 3683 and 3684)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
243 245 90.0 0.1010 0.1244 0.1010
275 276 43.0 0.1014 0.1007 0.1010
406 407 90.0 0.0999 0.1625 0.1010
475 476 30.2 0.1010 0.1011 0.1010
579 580 49.9 0.1003 0.1013 0.1010
619 620 59.3 0.1015 0.1014 0.1010
702 703 90.0 0.1004 0.1178 0.1010
763 764 41.8 0.1013 0.1012 0.1010
806 808 37.9 0.1012 0.1011 0.1010
822 823 40.7 0.1007 0.1009 0.1010
830 831 30.2 0.1010 0.1010 0.1010
958 959 42.1 0.1011 0.1006 0.1010
1075 1076 71.0 0.1004 0.1006 0.1010
1118 1119 50.3 0.1013 0.1014 0.1010
1142 1143 35.9 0.1010 0.1012 0.1010
1195 1196 90.0 0.1010 0.1158 0.1010
1270 1271 33.7 0.1007 0.1009 0.1010
1278 1279 47.0 0.1004 0.1013 0.1010
1302 1303 64.1 0.1001 0.1017 0.1010
1371 1373 62.5 0.1010 0.1002 0.1010
1435 1436 90.0 0.1006 0.1201 0.1010
1547 1549 45.3 0.1014 0.1008 0.1010
1683 1684 62.3 0.1001 0.1012 0.1010
1803 1804 53.7 0.1014 0.1016 0.1010
1835 1836 90.0 0.1152 0.1723 0.1010
1886 1887 43.6 0.1013 0.1006 0.1010
1894 1895 38.0 0.1013 0.1011 0.1010
1950 1951 90.0 0.1002 0.1386 0.1010
1955 1956 40.9 0.1013 0.1007 0.1010
1966 1967 90.0 0.1004 0.1161 0.1010
2035 2037 90.0 0.1012 0.1316 0.1010
2107 2108 90.0 0.1005 0.1194 0.1010
2195 2196 40.6 0.1012 0.1008 0.1010
2310 2311 52.0 0.1003 0.1015 0.1010
2323 2324 35.1 0.1010 0.1010 0.1010
2334 2335 90.0 0.1091 0.1699 0.1010
2446 2447 42.3 0.1010 0.1010 0.1010
2483 2484 90.0 0.1203 0.1028 0.1010
2518 2519 76.9 0.0995 0.1018 0.1010
2611 2612 90.0 0.1007 0.1313 0.1010
2670 2671 37.4 0.1015 0.1010 0.1010
2683 2684 43.7 0.1011 0.1005 0.1010
2702 2703 76.3 0.1011 0.1002 0.1010
2726 2727 90.0 0.1009 0.1298 0.1010
2747 2748 33.1 0.1010 0.1008 0.1010
2782 2783 30.9 0.1011 0.1011 0.1010
2803 2804 31.4 0.1009 0.1011 0.1010
2878 2879 42.1 0.1006 0.1009 0.1010
2910 2911 33.6 0.1012 0.1013 0.1010
2918 2919 90.0 0.0999 0.1092 0.1010
2934 2935 53.3 0.1010 0.1000 0.1010
2958 2959 48.2 0.1011 0.1014 0.1010
3030 3031 34.2 0.1009 0.1011 0.1010
3147 3148 68.4 0.1021 0.1005 0.1010
3155 3156 45.1 0.1012 0.1005 0.1010
3243 3244 69.5 0.1026 0.0997 0.1010
3363 3365 90.0 0.1010 0.1548 0.1010
3390 3391 90.0 0.1010 0.1165 0.1010
3403 3404 33.2 0.1011 0.1012 0.1010
3462 3463 33.7 0.1013 0.1011 0.1010
3507 3508 65.2 0.1019 0.1008 0.1010
3526 3527 43.5 0.1005 0.1011 0.1010
3531 3533 34.0 0.1010 0.1010 0.1010
3651 3652 44.5 0.1006 0.1013 0.1010
3662 3663 90.0 0.1001 0.1045 0.1010
3670 3671 77.1 0.1849 0.1015 0.1010
3681 3683 54.3 0.1328 0.1254 0.1335
3683 3685 43.1 0.1713 0.0944 0.1010
3694 3695 74.0 0.1168 0.1011 0.1010
3734 3735 80.0 0.1217 0.1000 0.1010
3747 3748 50.5 0.1014 0.1012 0.1010
3867 3869 74.6 0.1010 0.1010 0.1010
4043 4045 51.0 0.1015 0.1012 0.1010
4059 4060 45.9 0.1006 0.1014 0.1010
4075 4076 50.2 0.1002 0.1013 0.1010
4099 4100 81.6 0.1072 0.1010 0.1010
4102 4103 58.6 0.0992 0.1009 0.1010
4126 4127 30.0 0.1008 0.1009 0.1010
4158 4159 89.8 0.0997 0.1027 0.1010
step 10: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list