[gmx-users] Segmentation fault (core dumped)
Dallas Warren
dallas.warren at monash.edu
Tue Sep 18 10:08:53 CEST 2018
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Blowing_Up
On Tue, 18 Sep. 2018, 3:14 pm Ashma Khan, <ashmakhan200 at gmail.com> wrote:
> when I run gmx mdrun -v -deffnm 5e61_pr for pr.mdp file then there is an
> error of core dumped.Please suggest what should I do
>
> Step 7, time 0.014 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 0.041436, max 2.491113 (between atoms 3683 and 3684)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 275 276 40.8 0.1007 0.1008 0.1010
> 406 407 73.1 0.1650 0.1005 0.1010
> 579 580 45.8 0.1009 0.1015 0.1010
> 619 620 62.3 0.1014 0.1015 0.1010
> 702 703 90.0 0.1212 0.1007 0.1010
> 763 764 34.5 0.1009 0.1008 0.1010
> 806 808 40.9 0.1010 0.1005 0.1010
> 958 959 40.1 0.1007 0.1010 0.1010
> 1075 1076 75.5 0.1025 0.0998 0.1010
> 1118 1119 56.6 0.1016 0.1012 0.1010
> 1302 1303 62.4 0.0998 0.1016 0.1010
> 1435 1436 90.0 0.1250 0.1002 0.1010
> 1547 1549 44.8 0.1010 0.1004 0.1010
> 1683 1684 61.4 0.0999 0.1012 0.1010
> 1803 1804 50.9 0.1011 0.1010 0.1010
> 1835 1836 90.0 0.1821 0.1110 0.1010
> 1886 1887 38.5 0.1008 0.1009 0.1010
> 1894 1895 34.6 0.1008 0.1008 0.1010
> 1950 1951 90.0 0.1439 0.0997 0.1010
> 1955 1956 38.9 0.1008 0.1010 0.1010
> 1966 1967 90.0 0.1169 0.1006 0.1010
> 2107 2108 90.0 0.1197 0.1002 0.1010
> 2195 2196 36.6 0.1008 0.1010 0.1010
> 2310 2311 46.0 0.1010 0.1015 0.1010
> 2334 2335 90.0 0.1770 0.1069 0.1010
> 2382 2383 33.3 0.1016 0.1010 0.1010
> 2483 2484 90.0 0.1013 0.1193 0.1010
> 2518 2519 79.8 0.1026 0.0994 0.1010
> 2611 2612 90.0 0.1360 0.1007 0.1010
> 2670 2671 37.9 0.1008 0.1008 0.1010
> 2683 2684 42.8 0.1007 0.1009 0.1010
> 2702 2703 90.0 0.1017 0.1043 0.1010
> 2726 2727 90.0 0.1226 0.1011 0.1010
> 2747 2748 40.2 0.1007 0.1011 0.1010
> 2782 2783 33.5 0.1010 0.1008 0.1010
> 2803 2804 34.6 0.1010 0.1010 0.1010
> 2878 2879 41.9 0.1010 0.1014 0.1010
> 2918 2919 85.5 0.1106 0.0995 0.1010
> 2958 2959 54.0 0.1015 0.1013 0.1010
> 3030 3031 38.9 0.1010 0.1010 0.1010
> 3118 3119 34.2 0.1009 0.1009 0.1010
> 3147 3148 67.8 0.1011 0.1017 0.1010
> 3155 3156 43.0 0.1006 0.1008 0.1010
> 3243 3244 69.1 0.1016 0.1013 0.1010
> 3507 3508 67.8 0.1009 0.1018 0.1010
> 3651 3652 48.7 0.1012 0.1016 0.1010
> 3662 3663 90.0 0.1071 0.1000 0.1010
> 3683 3684 90.0 0.1023 0.3526 0.1010
> 3734 3735 90.0 0.1015 0.1234 0.1010
> 3747 3748 53.8 0.1017 0.1006 0.1010
> 4043 4045 57.0 0.1010 0.1010 0.1010
> 4059 4060 50.4 0.1012 0.1016 0.1010
> 4099 4100 55.8 0.1013 0.1000 0.1010
> 4102 4103 63.3 0.1014 0.0999 0.1010
> 4158 4159 83.2 0.1038 0.0997 0.1010
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
>
> Step 8, time 0.016 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 4.360419, max 264.224396 (between atoms 3683 and 3684)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 275 276 42.7 0.1008 0.1012 0.1010
> 406 407 90.0 0.1005 0.1578 0.1010
> 579 580 53.1 0.1015 0.1010 0.1010
> 619 620 58.8 0.1015 0.1001 0.1010
> 702 703 90.0 0.1007 0.1220 0.1010
> 763 764 36.2 0.1008 0.1010 0.1010
> 806 808 39.5 0.1005 0.1010 0.1010
> 822 823 38.5 0.1010 0.1010 0.1010
> 958 959 41.9 0.1010 0.1014 0.1010
> 1075 1076 83.0 0.0998 0.1019 0.1010
> 1118 1119 54.3 0.1012 0.1002 0.1010
> 1142 1143 31.5 0.1009 0.1009 0.1010
> 1270 1271 37.2 0.1010 0.1010 0.1010
> 1278 1279 52.0 0.1010 0.1010 0.1010
> 1302 1303 59.8 0.1016 0.1012 0.1010
> 1435 1436 90.0 0.1002 0.1257 0.1010
> 1547 1549 44.1 0.1004 0.1011 0.1010
> 1683 1684 59.6 0.1012 0.1016 0.1010
> 1803 1804 51.3 0.1010 0.1004 0.1010
> 1835 1836 90.0 0.1110 0.1776 0.1010
> 1886 1887 40.0 0.1009 0.1013 0.1010
> 1894 1895 35.1 0.1008 0.1011 0.1010
> 1950 1951 90.0 0.0997 0.1473 0.1010
> 1955 1956 40.6 0.1010 0.1013 0.1010
> 1966 1967 90.0 0.1006 0.1207 0.1010
> 2035 2037 90.0 0.1010 0.1330 0.1010
> 2107 2108 90.0 0.1002 0.1237 0.1010
> 2195 2196 38.7 0.1010 0.1013 0.1010
> 2310 2311 56.6 0.1015 0.1010 0.1010
> 2334 2335 90.0 0.1069 0.1735 0.1010
> 2382 2383 31.5 0.1010 0.1008 0.1010
> 2483 2484 90.0 0.1193 0.1033 0.1010
> 2518 2519 90.0 0.0994 0.1049 0.1010
> 2611 2612 90.0 0.1007 0.1360 0.1010
> 2670 2671 40.6 0.1008 0.1011 0.1010
> 2683 2684 45.0 0.1009 0.1015 0.1010
> 2702 2703 77.6 0.1043 0.1010 0.1010
> 2726 2727 90.0 0.1011 0.1317 0.1010
> 2747 2748 41.8 0.1011 0.1014 0.1010
> 2782 2783 32.3 0.1008 0.1009 0.1010
> 2803 2804 33.3 0.1010 0.1008 0.1010
> 2878 2879 45.3 0.1014 0.1012 0.1010
> 2910 2911 30.6 0.1009 0.1010 0.1010
> 2918 2919 90.0 0.0995 0.1146 0.1010
> 2958 2959 51.7 0.1013 0.1003 0.1010
> 3030 3031 38.2 0.1010 0.1006 0.1010
> 3046 3047 31.3 0.1010 0.1010 0.1010
> 3118 3119 36.0 0.1009 0.1012 0.1010
> 3147 3148 68.8 0.1017 0.0999 0.1010
> 3155 3156 45.1 0.1008 0.1014 0.1010
> 3243 3244 70.9 0.1013 0.1000 0.1010
> 3403 3404 30.6 0.1009 0.1010 0.1010
> 3462 3463 31.1 0.1009 0.1011 0.1010
> 3507 3508 68.0 0.1018 0.0999 0.1010
> 3526 3527 47.8 0.1010 0.1010 0.1010
> 3651 3652 47.9 0.1016 0.1007 0.1010
> 3662 3663 90.0 0.1000 0.1099 0.1010
> 3683 3684 85.1 0.3526 26.7877 0.1010
> 3683 3685 43.9 0.1011 0.0986 0.1010
> 3734 3735 77.9 0.1234 0.1012 0.1010
> 3747 3748 51.9 0.1006 0.1006 0.1010
> 4043 4045 54.6 0.1010 0.1003 0.1010
> 4059 4060 49.4 0.1016 0.1006 0.1010
> 4075 4076 53.5 0.1010 0.1010 0.1010
> 4099 4100 59.1 0.1000 0.1026 0.1010
> 4102 4103 67.0 0.0999 0.1028 0.1010
> 4126 4127 34.2 0.1010 0.1010 0.1010
> 4158 4159 90.1 0.0997 0.1069 0.1010
>
> step 8: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
> Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
>
> Step 9, time 0.018 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 10.208127, max 618.581116 (between atoms 3683 and 3684)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 275 276 43.6 0.1012 0.1014 0.1010
> 406 407 82.1 0.1578 0.0999 0.1010
> 579 580 50.9 0.1010 0.1003 0.1010
> 619 620 57.9 0.1001 0.1015 0.1010
> 702 703 74.6 0.1220 0.1004 0.1010
> 763 764 38.0 0.1010 0.1013 0.1010
> 806 808 38.0 0.1010 0.1012 0.1010
> 822 823 39.5 0.1010 0.1007 0.1010
> 958 959 44.3 0.1014 0.1011 0.1010
> 1075 1076 73.6 0.1019 0.1004 0.1010
> 1118 1119 52.6 0.1002 0.1013 0.1010
> 1142 1143 34.0 0.1009 0.1010 0.1010
> 1270 1271 35.3 0.1010 0.1007 0.1010
> 1278 1279 48.2 0.1010 0.1004 0.1010
> 1302 1303 61.1 0.1012 0.1001 0.1010
> 1371 1373 68.4 0.1010 0.1010 0.1010
> 1435 1436 74.6 0.1257 0.1006 0.1010
> 1547 1549 44.1 0.1011 0.1014 0.1010
> 1683 1684 60.0 0.1016 0.1001 0.1010
> 1803 1804 53.0 0.1004 0.1014 0.1010
> 1835 1836 90.0 0.1776 0.1152 0.1010
> 1886 1887 44.4 0.1013 0.1013 0.1010
> 1894 1895 36.0 0.1011 0.1013 0.1010
> 1950 1951 69.5 0.1473 0.1002 0.1010
> 1955 1956 41.6 0.1013 0.1013 0.1010
> 1966 1967 74.3 0.1207 0.1004 0.1010
> 2035 2037 74.4 0.1330 0.1012 0.1010
> 2107 2108 74.0 0.1237 0.1005 0.1010
> 2195 2196 40.2 0.1013 0.1012 0.1010
> 2310 2311 53.4 0.1010 0.1003 0.1010
> 2334 2335 90.0 0.1735 0.1091 0.1010
> 2483 2484 89.9 0.1033 0.1203 0.1010
> 2518 2519 71.4 0.1049 0.0995 0.1010
> 2611 2612 76.1 0.1360 0.1007 0.1010
> 2670 2671 42.6 0.1011 0.1015 0.1010
> 2683 2684 46.0 0.1015 0.1011 0.1010
> 2702 2703 69.9 0.1010 0.1011 0.1010
> 2726 2727 78.9 0.1317 0.1009 0.1010
> 2747 2748 33.9 0.1014 0.1010 0.1010
> 2782 2783 31.3 0.1009 0.1011 0.1010
> 2803 2804 32.2 0.1008 0.1009 0.1010
> 2878 2879 43.7 0.1012 0.1006 0.1010
> 2910 2911 32.2 0.1010 0.1012 0.1010
> 2918 2919 69.7 0.1146 0.0999 0.1010
> 2934 2935 57.5 0.1010 0.1010 0.1010
> 2958 2959 50.3 0.1003 0.1011 0.1010
> 3030 3031 36.2 0.1006 0.1009 0.1010
> 3118 3119 36.8 0.1012 0.1013 0.1010
> 3147 3148 74.1 0.0999 0.1021 0.1010
> 3155 3156 47.0 0.1014 0.1012 0.1010
> 3243 3244 77.0 0.1000 0.1026 0.1010
> 3403 3404 31.4 0.1010 0.1011 0.1010
> 3462 3463 32.6 0.1011 0.1013 0.1010
> 3507 3508 72.0 0.0999 0.1019 0.1010
> 3526 3527 44.6 0.1010 0.1005 0.1010
> 3651 3652 45.8 0.1007 0.1006 0.1010
> 3662 3663 70.5 0.1099 0.1001 0.1010
> 3670 3671 89.9 0.1010 0.1849 0.1010
> 3681 3683 90.0 0.1332 0.1328 0.1335
> 3683 3685 89.9 0.0986 0.1713 0.1010
> 3694 3695 89.9 0.1010 0.1168 0.1010
> 3734 3735 90.0 0.1012 0.1217 0.1010
> 3747 3748 50.4 0.1006 0.1014 0.1010
> 4043 4045 52.3 0.1003 0.1015 0.1010
> 4059 4060 47.5 0.1006 0.1006 0.1010
> 4075 4076 52.4 0.1010 0.1002 0.1010
> 4099 4100 89.7 0.1026 0.1072 0.1010
> 4102 4103 59.8 0.1028 0.0992 0.1010
> 4115 4117 30.7 0.1010 0.1010 0.1010
> 4126 4127 31.7 0.1010 0.1008 0.1010
> 4158 4159 71.7 0.1069 0.0997 0.1010
>
> step 9: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
> Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
>
> Step 10, time 0.02 (ps) LINCS WARNING
> relative constraint deviation after LINCS:
> rms 16.089568, max 974.978882 (between atoms 3683 and 3684)
> bonds that rotated more than 30 degrees:
> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
> 243 245 90.0 0.1010 0.1244 0.1010
> 275 276 43.0 0.1014 0.1007 0.1010
> 406 407 90.0 0.0999 0.1625 0.1010
> 475 476 30.2 0.1010 0.1011 0.1010
> 579 580 49.9 0.1003 0.1013 0.1010
> 619 620 59.3 0.1015 0.1014 0.1010
> 702 703 90.0 0.1004 0.1178 0.1010
> 763 764 41.8 0.1013 0.1012 0.1010
> 806 808 37.9 0.1012 0.1011 0.1010
> 822 823 40.7 0.1007 0.1009 0.1010
> 830 831 30.2 0.1010 0.1010 0.1010
> 958 959 42.1 0.1011 0.1006 0.1010
> 1075 1076 71.0 0.1004 0.1006 0.1010
> 1118 1119 50.3 0.1013 0.1014 0.1010
> 1142 1143 35.9 0.1010 0.1012 0.1010
> 1195 1196 90.0 0.1010 0.1158 0.1010
> 1270 1271 33.7 0.1007 0.1009 0.1010
> 1278 1279 47.0 0.1004 0.1013 0.1010
> 1302 1303 64.1 0.1001 0.1017 0.1010
> 1371 1373 62.5 0.1010 0.1002 0.1010
> 1435 1436 90.0 0.1006 0.1201 0.1010
> 1547 1549 45.3 0.1014 0.1008 0.1010
> 1683 1684 62.3 0.1001 0.1012 0.1010
> 1803 1804 53.7 0.1014 0.1016 0.1010
> 1835 1836 90.0 0.1152 0.1723 0.1010
> 1886 1887 43.6 0.1013 0.1006 0.1010
> 1894 1895 38.0 0.1013 0.1011 0.1010
> 1950 1951 90.0 0.1002 0.1386 0.1010
> 1955 1956 40.9 0.1013 0.1007 0.1010
> 1966 1967 90.0 0.1004 0.1161 0.1010
> 2035 2037 90.0 0.1012 0.1316 0.1010
> 2107 2108 90.0 0.1005 0.1194 0.1010
> 2195 2196 40.6 0.1012 0.1008 0.1010
> 2310 2311 52.0 0.1003 0.1015 0.1010
> 2323 2324 35.1 0.1010 0.1010 0.1010
> 2334 2335 90.0 0.1091 0.1699 0.1010
> 2446 2447 42.3 0.1010 0.1010 0.1010
> 2483 2484 90.0 0.1203 0.1028 0.1010
> 2518 2519 76.9 0.0995 0.1018 0.1010
> 2611 2612 90.0 0.1007 0.1313 0.1010
> 2670 2671 37.4 0.1015 0.1010 0.1010
> 2683 2684 43.7 0.1011 0.1005 0.1010
> 2702 2703 76.3 0.1011 0.1002 0.1010
> 2726 2727 90.0 0.1009 0.1298 0.1010
> 2747 2748 33.1 0.1010 0.1008 0.1010
> 2782 2783 30.9 0.1011 0.1011 0.1010
> 2803 2804 31.4 0.1009 0.1011 0.1010
> 2878 2879 42.1 0.1006 0.1009 0.1010
> 2910 2911 33.6 0.1012 0.1013 0.1010
> 2918 2919 90.0 0.0999 0.1092 0.1010
> 2934 2935 53.3 0.1010 0.1000 0.1010
> 2958 2959 48.2 0.1011 0.1014 0.1010
> 3030 3031 34.2 0.1009 0.1011 0.1010
> 3147 3148 68.4 0.1021 0.1005 0.1010
> 3155 3156 45.1 0.1012 0.1005 0.1010
> 3243 3244 69.5 0.1026 0.0997 0.1010
> 3363 3365 90.0 0.1010 0.1548 0.1010
> 3390 3391 90.0 0.1010 0.1165 0.1010
> 3403 3404 33.2 0.1011 0.1012 0.1010
> 3462 3463 33.7 0.1013 0.1011 0.1010
> 3507 3508 65.2 0.1019 0.1008 0.1010
> 3526 3527 43.5 0.1005 0.1011 0.1010
> 3531 3533 34.0 0.1010 0.1010 0.1010
> 3651 3652 44.5 0.1006 0.1013 0.1010
> 3662 3663 90.0 0.1001 0.1045 0.1010
> 3670 3671 77.1 0.1849 0.1015 0.1010
> 3681 3683 54.3 0.1328 0.1254 0.1335
> 3683 3685 43.1 0.1713 0.0944 0.1010
> 3694 3695 74.0 0.1168 0.1011 0.1010
> 3734 3735 80.0 0.1217 0.1000 0.1010
> 3747 3748 50.5 0.1014 0.1012 0.1010
> 3867 3869 74.6 0.1010 0.1010 0.1010
> 4043 4045 51.0 0.1015 0.1012 0.1010
> 4059 4060 45.9 0.1006 0.1014 0.1010
> 4075 4076 50.2 0.1002 0.1013 0.1010
> 4099 4100 81.6 0.1072 0.1010 0.1010
> 4102 4103 58.6 0.0992 0.1009 0.1010
> 4126 4127 30.0 0.1008 0.1009 0.1010
> 4158 4159 89.8 0.0997 0.1027 0.1010
>
> step 10: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled.
> Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
> Wrote pdb files with previous and current coordinates
> Segmentation fault (core dumped)
> --
> Gromacs Users mailing list
>
> * Please search the archive at
> http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before
> posting!
>
> * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists
>
> * For (un)subscribe requests visit
> https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or
> send a mail to gmx-users-request at gromacs.org.
>
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list