[gmx-developers] completion.bash

Wed Jan 23 14:44:21 CET 2002

Hi,

some versions of bash don't like things like 

  esac }

They complain (basically) about a missing semi colon, as in eg

 esac; }

(or even safer, esac; }; )

Perhaps you could add these semicolons in the next release; I attached a 
patch which would do that. (cd bin; patch < completion.bash_patch).

Oli

-- 
Oliver Beckstein * oliver at bioch.ox.ac.uk
 http://indigo1.biop.ox.ac.uk/oliver/
-------------- next part --------------
*** scripts/completion.bash_ORIG	Fri Nov  2 14:44:38 2001
--- scripts/completion.bash	Fri Nov  2 14:44:52 2001
***************
*** 16,20 ****
  -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  shopt -s extglob
--- 16,20 ----
  -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  shopt -s extglob
***************
*** 29,33 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _editconf_compl editconf
  shopt -s extglob
--- 29,33 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _editconf_compl editconf
  shopt -s extglob
***************
*** 39,43 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _eneconv_compl eneconv
  shopt -s extglob
--- 39,43 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _eneconv_compl eneconv
  shopt -s extglob
***************
*** 63,67 ****
  -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  shopt -s extglob
--- 63,67 ----
  -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  shopt -s extglob
***************
*** 81,85 ****
  -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_analyze_compl g_analyze
  shopt -s extglob
--- 81,85 ----
  -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_analyze_compl g_analyze
  shopt -s extglob
***************
*** 101,105 ****
  -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_angle_compl g_angle
  shopt -s extglob
--- 101,105 ----
  -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_angle_compl g_angle
  shopt -s extglob
***************
*** 113,117 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_bond_compl g_bond
  shopt -s extglob
--- 113,117 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_bond_compl g_bond
  shopt -s extglob
***************
*** 135,139 ****
  -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_bundle_compl g_bundle
  shopt -s extglob
--- 135,139 ----
  -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_bundle_compl g_bundle
  shopt -s extglob
***************
*** 154,158 ****
  -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_chi_compl g_chi
  shopt -s extglob
--- 154,158 ----
  -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_chi_compl g_chi
  shopt -s extglob
***************
*** 177,181 ****
  -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_cluster_compl g_cluster
  shopt -s extglob
--- 177,181 ----
  -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_cluster_compl g_cluster
  shopt -s extglob
***************
*** 190,194 ****
  -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_confrms_compl g_confrms
  shopt -s extglob
--- 190,194 ----
  -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_confrms_compl g_confrms
  shopt -s extglob
***************
*** 208,212 ****
  -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_covar_compl g_covar
  shopt -s extglob
--- 208,212 ----
  -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_covar_compl g_covar
  shopt -s extglob
***************
*** 221,225 ****
  -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_density_compl g_density
  shopt -s extglob
--- 221,225 ----
  -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_density_compl g_density
  shopt -s extglob
***************
*** 234,238 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
  shopt -s extglob
--- 234,238 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
  shopt -s extglob
***************
*** 245,249 ****
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_dih_compl g_dih
  shopt -s extglob
--- 245,249 ----
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_dih_compl g_dih
  shopt -s extglob
***************
*** 266,270 ****
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
  shopt -s extglob
--- 266,270 ----
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
  shopt -s extglob
***************
*** 283,287 ****
  -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_disre_compl g_disre
  shopt -s extglob
--- 283,287 ----
  -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_disre_compl g_disre
  shopt -s extglob
***************
*** 295,299 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_dist_compl g_dist
  shopt -s extglob
--- 295,299 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_dist_compl g_dist
  shopt -s extglob
***************
*** 306,310 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
  shopt -s extglob
--- 306,310 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
  shopt -s extglob
***************
*** 319,323 ****
  -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_enemat_compl g_enemat
  shopt -s extglob
--- 319,323 ----
  -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_enemat_compl g_enemat
  shopt -s extglob
***************
*** 338,342 ****
  -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_energy_compl g_energy
  shopt -s extglob
--- 338,342 ----
  -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_energy_compl g_energy
  shopt -s extglob
***************
*** 350,354 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
  shopt -s extglob
--- 350,354 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
  shopt -s extglob
***************
*** 363,367 ****
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_h2order_compl g_h2order
  shopt -s extglob
--- 363,367 ----
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_h2order_compl g_h2order
  shopt -s extglob
***************
*** 384,388 ****
  -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_hbond_compl g_hbond
  shopt -s extglob
--- 384,388 ----
  -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_hbond_compl g_hbond
  shopt -s extglob
***************
*** 398,402 ****
  -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_helix_compl g_helix
  shopt -s extglob
--- 398,402 ----
  -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_helix_compl g_helix
  shopt -s extglob
***************
*** 408,412 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_lie_compl g_lie
  shopt -s extglob
--- 408,412 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_lie_compl g_lie
  shopt -s extglob
***************
*** 422,426 ****
  -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
  shopt -s extglob
--- 422,426 ----
  -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
  shopt -s extglob
***************
*** 436,440 ****
  -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _g_mindist_compl g_mindist
  shopt -s extglob
--- 436,440 ----
  -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_mindist_compl g_mindist
  shopt -s extglob
***************
*** 449,453 ****
  -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  shopt -s extglob
--- 449,453 ----
  -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _g_morph_compl g_morph
  shopt -s extglob
***************
*** 465,469 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  shopt -s extglob
--- 465,469 ----
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  shopt -s extglob
***************
*** 477,481 ****
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  shopt -s extglob
--- 477,481 ----
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  shopt -s extglob
***************
*** 490,494 ****
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--- 490,494 ----
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*** 505,509 ****
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--- 505,509 ----
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***************
*** 519,523 ****
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--- 519,523 ----
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*** 530,534 ****
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--- 530,534 ----
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***************
*** 546,550 ****
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--- 546,550 ----
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***************
*** 567,571 ****
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--- 567,571 ----
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***************
*** 586,590 ****
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--- 586,590 ----
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***************
*** 604,608 ****
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--- 604,608 ----
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***************
*** 618,622 ****
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--- 618,622 ----
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***************
*** 628,632 ****
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--- 628,632 ----
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***************
*** 644,648 ****
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--- 644,648 ----
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  complete -F _g_sas_compl g_sas
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***************
*** 659,663 ****
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  shopt -s extglob
--- 659,663 ----
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  shopt -s extglob
***************
*** 674,678 ****
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--- 674,678 ----
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***************
*** 691,695 ****
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  shopt -s extglob
--- 691,695 ----
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***************
*** 709,713 ****
  -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  shopt -s extglob
--- 709,713 ----
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  complete -F _g_traj_compl g_traj
  shopt -s extglob
***************
*** 723,727 ****
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  shopt -s extglob
--- 723,727 ----
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! esac; };
  complete -F _g_velacc_compl g_velacc
  shopt -s extglob
***************
*** 736,740 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  shopt -s extglob
--- 736,740 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _genbox_compl genbox
  shopt -s extglob
***************
*** 747,751 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  shopt -s extglob
--- 747,751 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _genconf_compl genconf
  shopt -s extglob
***************
*** 760,764 ****
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _genion_compl genion
  shopt -s extglob
--- 760,764 ----
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _genion_compl genion
  shopt -s extglob
***************
*** 771,775 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _genpr_compl genpr
  shopt -s extglob
--- 771,775 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _genpr_compl genpr
  shopt -s extglob
***************
*** 786,790 ****
  -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
  shopt -s extglob
--- 786,790 ----
  -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
  shopt -s extglob
***************
*** 797,801 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _gmxdump_compl gmxdump
  shopt -s extglob
--- 797,801 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _gmxdump_compl gmxdump
  shopt -s extglob
***************
*** 815,819 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _grompp_compl grompp
  shopt -s extglob
--- 815,819 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _grompp_compl grompp
  shopt -s extglob
***************
*** 825,829 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _highway_compl highway
  shopt -s extglob
--- 825,829 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _highway_compl highway
  shopt -s extglob
***************
*** 836,840 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _make_ndx_compl make_ndx
  shopt -s extglob
--- 836,840 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _make_ndx_compl make_ndx
  shopt -s extglob
***************
*** 859,863 ****
  -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _mdrun_compl mdrun
  shopt -s extglob
--- 859,863 ----
  -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _mdrun_compl mdrun
  shopt -s extglob
***************
*** 870,874 ****
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
  shopt -s extglob
--- 870,874 ----
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
  shopt -s extglob
***************
*** 881,885 ****
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _ngmx_compl ngmx
  shopt -s extglob
--- 881,885 ----
  -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _ngmx_compl ngmx
  shopt -s extglob
***************
*** 892,896 ****
  -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _nmrun_compl nmrun
  shopt -s extglob
--- 892,896 ----
  -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _nmrun_compl nmrun
  shopt -s extglob
***************
*** 907,911 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
  shopt -s extglob
--- 907,911 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
  shopt -s extglob
***************
*** 919,923 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _protonate_compl protonate
  shopt -s extglob
--- 919,923 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _protonate_compl protonate
  shopt -s extglob
***************
*** 931,935 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _tpbconv_compl tpbconv
  shopt -s extglob
--- 931,935 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _tpbconv_compl tpbconv
  shopt -s extglob
***************
*** 941,945 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _trjcat_compl trjcat
  shopt -s extglob
--- 941,945 ----
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  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _trjcat_compl trjcat
  shopt -s extglob
***************
*** 957,961 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _trjconv_compl trjconv
  shopt -s extglob
--- 957,961 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _trjconv_compl trjconv
  shopt -s extglob
***************
*** 969,973 ****
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _trjorder_compl trjorder
  shopt -s extglob
--- 969,973 ----
  -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _trjorder_compl trjorder
  shopt -s extglob
***************
*** 979,983 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _wheel_compl wheel
  shopt -s extglob
--- 979,983 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _wheel_compl wheel
  shopt -s extglob
***************
*** 990,994 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _x2top_compl x2top
  shopt -s extglob
--- 990,994 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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! esac; };
  complete -F _x2top_compl x2top
  shopt -s extglob
***************
*** 1018,1022 ****
  -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac }
  complete -F _xmdrun_compl xmdrun
  shopt -s extglob
--- 1018,1022 ----
  -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _xmdrun_compl xmdrun
  shopt -s extglob
***************
*** 1037,1041 ****
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps
  shopt -s extglob
--- 1037,1041 ----
  -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
! esac; };
  complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps
  shopt -s extglob
***************
*** 1047,1050 ****
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _xrama_compl xrama
--- 1047,1050 ----
  -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
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  complete -F _xrama_compl xrama