[gmx-users] adding of a new force field in gromacs 4.5.1

mina Madah mina.maddah at yahoo.com
Mon Jan 24 08:16:24 CET 2011


Dear all

I use charmm27 as a
 default for making my force field file , and now I need .n2t file while charmm27 don't have .n2t file .
 I use oplsaa as a default for .n2t file and g_x2top and could not read this file . 
 this is my .n2t file  :
H    HP         -0.18    1.0080    1    C
 0.150
H    HE2        -0.12   1.0080    1    C 0.150   
C    CPT        0.145   12.011    3    C 0.150   C 0.150   C 0.150
C   
 CE2        0.145   12.011    3    H 0.108   H 0.108   C 0.150
N    NAB        -0.5    14.0067    3    H 0.108   C 0.150   B 0.0
N    NAB2       -0.5    14.0067 3    B 0.0     C 0.140   B 0.0
N    NB3        -0.5    14.0067 3    B 0.0     B 0.0     B 0.0
N    NB2        0       14.0067 3    B 0.0     B 0.0     H 0.108
B   
 BAN        -0.5    10.8110 3    H 0.108   C 0.140   N 0.123
B    BAN2       -0.5    10.8110 3    N 0.123   C 0.132   N 0.123
B    BN3        0       10.8110 3    N 0.123   N 0.123   N 0.123
B    BN2        0.5     10.8110 3    B 0.0     B 0.0     H 0.108
H    H1B        0.06    1.0080     1    B 0.0
H    H2B        0.06    1.0080     1    B
 0.0
H    HCB        0.06    1.008     1    C 0.108
H    HCN        0.06    1.008     1    C 0.108
H    H1N        0.30    1.0080    1    N 0.095
H    H2N        0.30    1.0080    1    N 0.095 
C    CAB        -0.12   12.011    3    C 0.150   C 0.150   B 0.0
C    CAN        0.5     12.011     3    C 0.133   N 0.132   C
 0.150
C    CNH        0.5     12.011     3    C 0.133   N 0.132   H 0.108
C    CBH        0.5     12.011     3    C 0.133   B 0.0     H 0.108
is my manner true?
any help will highly appreciated. 
 



      
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20110123/9e50e962/attachment.html>


More information about the gromacs.org_gmx-users mailing list