[gmx-users] Implementing GoIP parameters in OPLSAA
Justin Lemkul
jalemkul at vt.edu
Tue Apr 5 15:23:41 CEST 2016
On 4/5/16 9:14 AM, ingram wrote:
> Dear GROMACS gremlins,
>
> I am trying in vain to implement the GoIP parameters for a gold-peptide
> interface in the OPLSAA ff. To begin with I am just trying to get the paramteres
> working for only a 3x3 Au slab. My .pdb file looks like this:
> OMPND New structure
> COMPND 1Created by VESTA
> HETATM 1 AU AU 0.000 0.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 2 AU AU 0.000 0.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 3 AU AU 0.000 0.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 4 AU AU 0.000 0.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 5 AU AU 0.000 3.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 6 AU AU 0.000 3.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 7 AU AU 0.000 3.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 8 AU AU 0.000 3.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 9 AU AU 0.000 6.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 10 AU AU 0.000 6.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 11 AU AU 0.000 6.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 12 AU AU 0.000 6.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 13 AU AU 0.000 9.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 14 AU AU 0.000 9.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 15 AU AU 0.000 9.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 16 AU AU 0.000 9.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 17 AU AU 3.000 0.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 18 AU AU 3.000 0.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 19 AU AU 3.000 0.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 20 AU AU 3.000 0.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 21 AU AU 3.000 3.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 22 AU AU 3.000 3.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 23 AU AU 3.000 3.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 24 AU AU 3.000 3.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 25 AU AU 3.000 6.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 26 AU AU 3.000 6.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 27 AU AU 3.000 6.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 28 AU AU 3.000 6.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 29 AU AU 3.000 9.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 30 AU AU 3.000 9.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 31 AU AU 3.000 9.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 32 AU AU 3.000 9.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 33 AU AU 6.000 0.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 34 AU AU 6.000 0.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 35 AU AU 6.000 0.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 36 AU AU 6.000 0.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 37 AU AU 6.000 3.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 38 AU AU 6.000 3.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 39 AU AU 6.000 3.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 40 AU AU 6.000 3.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 41 AU AU 6.000 6.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 42 AU AU 6.000 6.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 43 AU AU 6.000 6.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 44 AU AU 6.000 6.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 45 AU AU 6.000 9.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 46 AU AU 6.000 9.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 47 AU AU 6.000 9.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 48 AU AU 6.000 9.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 49 AU AU 9.000 0.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 50 AU AU 9.000 0.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 51 AU AU 9.000 0.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 52 AU AU 9.000 0.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 53 AU AU 9.000 3.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 54 AU AU 9.000 3.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 55 AU AU 9.000 3.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 56 AU AU 9.000 3.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 57 AU AU 9.000 6.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 58 AU AU 9.000 6.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 59 AU AU 9.000 6.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 60 AU AU 9.000 6.000 9.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 61 AU AU 9.000 9.000 0.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 62 AU AU 9.000 9.000 3.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 63 AU AU 9.000 9.000 6.000 1.00 1.00 Au
> HETATM 64 AU AU 9.000 9.000 9.000 1.00 1.00 Au
> END
>
> And After executing this command:
>
> gmx pdb2gmx -f test.pdb -o test.gro -ff oplsaa_Au -p topol.top
>
>
> I get the error I get is a .gro file that looks like this:
>
> New structure; 1Created by VESTA
> 1
> 0AU AU 1 0.000 0.000 0.000
> 0.00000 0.00000 0.00000
>
Your PDB file is incorrectly formatted. It has no residue numbers. So pdb2gmx
just writes the first residue and assumes that the other atoms listed are
duplicates. It should write some screen output to this effect.
-Justin
>
> So far the steps I have taken are:
>
> Made a local OPLSAA_Au force field directory in the directory where I am working
>
> Edited the atomtypes.atp file to include a new atomtype:
>
> opls_966 196.00000 ; THE AU ATOM I HAVE ADDED - maybe this is the dumb mistake?
>
> Edited aminoacids.rtp file:
>
> [ bondedtypes ]
> [ AU ]
> [ atoms ]
> AU opls_966 1.0 0
>
>
> Edited ffnonbonded.itp, where the last two numbers are sigma and epsilom GoIP
> parameters
>
> opls_966 AU 79 196.99840 0.0 A 3.20000e-01 6.50000e-01
>
> Edited residuetypes.dat with
>
> AU Ion
>
>
> Thanking you in advance for any help :)
--
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Justin A. Lemkul, Ph.D.
Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow
Department of Pharmaceutical Sciences
School of Pharmacy
Health Sciences Facility II, Room 629
University of Maryland, Baltimore
20 Penn St.
Baltimore, MD 21201
jalemkul at outerbanks.umaryland.edu | (410) 706-7441
http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul
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