[gmx-users] segmentation fault on gromacs 4.5.5 after mdrun

[Carlos Javier Almeciga Diaz]

Hello evryone,

I doing a simulation of a ligand-protein interaction with gromacs 4.5.5. Everything looks fine after I equilibrate the protein-ligand complex. I'm running these commands:


grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr

mdrun -deffnm nvt

Nevertheless, I got this error:

"Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.5 (double precision)
Segmentation fault"

What should I do?



Carlos Javier Alméciga Díaz, QF., PhD.

Profesor Asistente

Pontificia Universidad Javeriana

Facultad de Ciencias

Instituto de Errores Innatos del Metabolismo

Tel: 57-1-3208320 Ext 4140-4099

Fax: 57-1-3208320 Ext 4099

Bogotá. D.C. - COLOMBIA

cjalmeciga at javeriana.edu.co

http://www.javeriana.edu.co/ieim

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