[gmx-users] core dumped during equilibration in gromacs
ISHRAT JAHAN
jishrat17 at gmail.com
Wed Mar 22 10:26:56 CET 2017
Dear all,
I am trying to simulate protein in urea box using "amber99sb-ildn" force
field.when i do the energy minimization step with emtol 1000 it shows many
lincs warning then i increase the emtol to 1500 minimization occur in 1
step but in pr run it shows segmentation fault as-
step 13: Water molecule starting at atom 12818 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
1909 1911 90.5 0.1010 6.9898 0.1010
1843 1845 90.1 0.1335 0.7170 0.1335
2426 2424 89.0 0.1010 1.3001 0.1010
3834 3832 30.3 0.1011 0.1011 0.1010
3975 3973 90.8 0.1020 3.5240 0.1010
3974 3973 93.5 0.1037 0.6352 0.1010
1845 1847 89.5 0.1010 1.1038 0.1010
2425 2424 89.4 0.1010 2.2398 0.1010
3840 3842 86.6 0.1010 0.4727 0.1010
3840 3841 72.6 0.1010 0.0943 0.1010
4302 4301 39.8 0.1010 0.1010 0.1010
1845 1846 89.9 0.1010 2.4267 0.1010
3020 3019 89.0 0.1229 2.5234 0.1229
1909 1910 90.5 0.1010 7.4258 0.1010
3723 3724 88.8 0.1229 0.2757 0.1229
4348 4347 89.5 0.1229 0.6861 0.1229
1850 1848 90.0 0.1010 2.6093 0.1010
3024 3019 87.5 0.1335 1.4130 0.1335
1912 1914 92.9 0.1010 1.9229 0.1010
3723 3728 40.0 0.1335 0.1390 0.1335
4352 4347 89.0 0.1335 0.5260 0.1335
1849 1848 90.0 0.1010 2.2107 0.1010
3021 3019 89.4 0.1335 2.6444 0.1335
3080 3075 62.9 0.1336 0.1403 0.1335
3082 3080 88.5 0.1011 0.1289 0.1010
3081 3080 89.9 0.1011 1.6887 0.1010
4349 4347 85.8 0.1341 0.0908 0.1335
1843 1848 89.2 0.1335 0.7476 0.1335
3023 3021 89.4 0.1010 5.1859 0.1010
3728 3730 90.1 0.1010 2.8064 0.1010
3728 3729 90.3 0.1010 1.1145 0.1010
3723 3725 95.0 0.1335 0.1466 0.1335
3725 3727 89.7 0.1010 2.5135 0.1010
3725 3726 89.5 0.1010 1.5862 0.1010
3913 3912 78.0 0.2808 0.1013 0.1010
4127 4125 90.0 0.1010 3.2749 0.1010
4126 4125 90.0 0.1010 3.4106 0.1010
3078 3077 71.1 0.1007 0.0834 0.1010
1847 1845 89.5 0.1010 1.1038 0.1010
1846 1845 89.9 0.1010 2.4267 0.1010
3348 3347 31.4 0.1229 0.1454 0.1229
3349 3347 86.4 0.1335 0.2715 0.1335
3351 3349 90.0 0.1010 3.8643 0.1010
4354 4352 89.9 0.1010 1.4920 0.1010
3022 3021 69.0 0.1010 0.1722 0.1010
step 13: Water molecule starting at atom 19622 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
2378 2376 89.7 0.1010 1.7581 0.1010
3350 3349 89.9 0.1010 0.4917 0.1010
4353 4352 89.9 0.1010 2.7233 0.1010
3026 3024 120.8 0.1010 3.7674 0.1010
2377 2376 89.9 0.1008 3.4398 0.1010
3324 3323 95.3 0.1229 0.2979 0.1229
3323 3328 60.3 0.1335 0.1799 0.1335
3025 3024 89.8 0.1010 3.2735 0.1010
2371 2376 87.9 0.1336 0.6651 0.1335
3972 3971 88.6 0.1416 2.6683 0.1229
3976 3971 82.7 0.2058 16.5778 0.1335
3973 3971 94.1 0.1492 2.8224 0.1335
3978 3976 76.6 0.1818 16.0156 0.1010
3977 3976 90.0 5.4502 248.0255 0.1010
4351 4349 89.7 0.1060 1.6853 0.1010
2372 2371 89.7 0.1229 1.2811 0.1229
2371 2372 89.7 0.1229 1.2811 0.1229
3328 3330 90.4 0.1010 2.4729 0.1010
3328 3329 90.3 0.1010 3.4044 0.1010
2371 2376 87.9 0.1336 0.6651 0.1335
2371 2373 89.0 0.1335 1.0416 0.1335
4350 4349 89.8 0.1013 2.1256 0.1010
3327 3325 93.4 0.1010 0.4147 0.1010
2376 2378 89.7 0.1010 1.7581 0.1010
2373 2375 89.6 0.1011 2.9293 0.1010
3234 3232 89.9 0.1010 3.5885 0.1010
3233 3232 89.9 0.1010 3.0155 0.1010
3227 3232 89.1 0.1335 0.7809 0.1335
3227 3228 87.5 0.1229 0.1716 0.1229
3227 3229 87.3 0.1335 0.2695 0.1335
3229 3231 89.3 0.1010 0.6305 0.1010
3229 3230 89.8 0.1010 1.9634 0.1010
4305 4304 32.9 0.1008 0.1009 0.1010
3561 3560 34.3 0.1010 0.1010 0.1010
3836 3835 86.5 0.1229 0.5365 0.1229
3840 3835 88.6 0.1335 1.1454 0.1335
3835 3837 88.6 0.1335 1.2985 0.1335
3837 3839 88.6 0.1010 0.8127 0.1010
3837 3838 88.2 0.1010 0.6595 0.1010
3723 3724 88.8 0.1229 0.2757 0.1229
3728 3723 40.0 0.1335 0.1390 0.1335
3725 3723 95.0 0.1335 0.1466 0.1335
3727 3725 89.7 0.1010 2.5135 0.1010
3726 3725 89.5 0.1010 1.5862 0.1010
3730 3728 90.1 0.1010 2.8064 0.1010
3729 3728 90.3 0.1010 1.1145 0.1010
3740 3739 89.4 0.1229 0.8769 0.1229
2376 2377 89.9 0.1008 3.4398 0.1010
2373 2374 89.9 0.1010 3.1833 0.1010
3326 3325 90.8 0.1010 1.8066 0.1010
3744 3739 89.9 0.1335 2.8404 0.1335
2373 2371 89.0 0.1335 1.0416 0.1335
1908 1907 92.0 0.1229 3.3603 0.1229
3449 3448 90.0 0.1044 0.1239 0.1010
3741 3739 87.2 0.1335 0.9979 0.1335
2375 2373 89.6 0.1011 2.9293 0.1010
1912 1907 92.1 0.1335 3.2085 0.1335
3228 3227 87.5 0.1229 0.1716 0.1229
3227 3232 89.1 0.1335 0.7809 0.1335
3743 3741 90.2 0.1010 1.9862 0.1010
1909 1907 92.4 0.1335 2.8016 0.1335
2374 2373 89.9 0.1010 3.1833 0.1010
3232 3234 89.9 0.1010 3.5885 0.1010
3232 3233 89.9 0.1010 3.0155 0.1010
3229 3227 87.3 0.1335 0.2695 0.1335
3231 3229 89.3 0.1010 0.6305 0.1010
3230 3229 89.8 0.1010 1.9634 0.1010
3560 3561 34.3 0.1010 0.1010 0.1010
3172 3171 89.1 0.1229 1.8214 0.1229
3176 3171 90.9 0.1335 3.6835 0.1335
3173 3171 86.8 0.1335 1.7813 0.1335
3175 3173 99.7 0.1010 0.3723 0.1010
3174 3173 92.0 0.1010 1.8602 0.1010
3178 3176 89.6 0.1010 13.5133 0.1010
3177 3176 88.3 0.1010 2.6361 0.1010
3490 3488 61.1 0.1019 0.1001 0.1010
3506 3504 62.3 0.1001 0.1020 0.1010
3116 3115 88.8 0.1229 0.4402 0.1229
3120 3115 90.0 0.1335 0.5524 0.1335
3117 3115 82.8 0.1335 0.2489 0.1335
3119 3117 31.8 0.1010 0.1259 0.1010
3118 3117 34.5 0.1010 0.1223 0.1010
3122 3120 85.9 0.1010 0.2776 0.1010
3121 3120 119.1 0.1010 3.5355 0.1010
3589 3590 37.2 0.0995 0.1009 0.1010
3592 3594 76.3 0.2306 0.1015 0.1010
step 13: Water molecule starting at atom 15707 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
3742 3741 90.3 0.1010 1.3761 0.1010
1911 1909 90.5 0.1010 6.9898 0.1010
2820 2819 93.6 0.1229 0.1882 0.1229
3842 3840 86.6 0.1010 0.4727 0.1010
1910 1909 90.5 0.1010 7.4258 0.1010
2824 2819 89.7 0.1335 0.3039 0.1335
3841 3840 72.6 0.1010 0.0943 0.1010
1912 1914 92.9 0.1010 1.9229 0.1010
2821 2819 84.6 0.1335 0.1386 0.1335
1923 1924 38.9 0.1229 0.1316 0.1229
1912 1913 95.5 0.1010 1.0391 0.1010
4004 4003 89.2 0.1229 0.6499 0.1229
1923 1925 32.8 0.1335 0.1338 0.1335
2713 2712 78.7 0.1019 0.1004 0.1010
4008 4003 88.4 0.1335 0.2378 0.1335
1925 1927 89.9 0.1010 1.7174 0.1010
2709 2711 47.8 0.1006 0.1009 0.1010
3330 3328 90.4 0.1010 2.4729 0.1010
3329 3328 90.3 0.1010 3.4044 0.1010
3323 3328 60.3 0.1335 0.1799 0.1335
3323 3324 95.3 0.1229 0.2979 0.1229
3325 3327 93.4 0.1010 0.4147 0.1010
3325 3326 90.8 0.1010 1.8066 0.1010
4005 4003 88.5 0.1335 0.7968 0.1335
1925 1926 89.1 0.1010 0.0985 0.1010
step 13: Water molecule starting at atom 4667 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
4007 4005 89.9 0.1010 1.6885 0.1010
2712 2713 78.7 0.1019 0.1004 0.1010
2711 2709 47.8 0.1006 0.1009 0.1010
2826 2824 104.1 0.1010 0.2124 0.1010
2825 2824 91.4 0.1010 2.1142 0.1010
4006 4005 90.0 0.1010 2.8577 0.1010
4010 4008 89.7 0.1010 3.8945 0.1010
4009 4008 89.3 0.1010 1.3050 0.1010
3772 3771 89.6 0.1229 0.7077 0.1229
step 13: Water molecule starting at atom 11183 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
3776 3771 89.0 0.1335 0.5022 0.1335
3773 3771 86.2 0.1335 0.3640 0.1335
3778 3776 89.8 0.1010 3.6930 0.1010
3777 3776 88.9 0.1009 0.1931 0.1010
4172 4171 68.6 0.1229 0.1187 0.1229
4176 4171 91.0 0.1335 0.2675 0.1335
4173 4171 89.6 0.1335 0.2976 0.1335
4175 4173 90.0 0.1010 3.2713 0.1010
4174 4173 90.0 0.1010 2.6987 0.1010
4178 4176 89.6 0.1010 0.5865 0.1010
4177 4176 89.9 0.1010 3.6148 0.1010
3746 3744 89.4 0.1010 2.3745 0.1010
3745 3744 89.7 0.1010 5.5164 0.1010
4248 4243 92.0 0.1335 0.8513 0.1335
4245 4243 90.2 0.1335 1.1166 0.1335
4250 4248 90.0 0.1010 4.1474 0.1010
4249 4248 90.1 0.1010 3.4663 0.1010
3852 3851 94.8 0.1229 0.3110 0.1229
3856 3851 87.7 0.1335 0.2355 0.1335
3853 3851 98.2 0.1335 0.3382 0.1335
3855 3853 43.3 0.1010 3.6650 0.1010
3854 3853 88.2 0.1010 0.3390 0.1010
3858 3856 108.0 0.1010 0.1709 0.1010
4247 4245 90.7 0.1010 1.3392 0.1010
4246 4245 90.5 0.1010 1.8016 0.1010
step 13: Water molecule starting at atom 18938 can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
Here is my em.mdp and pr_nvt.mdp file-
;^M
; User spoel (236)^M
; Wed Nov 3 17:12:44 1993^M
; Input file^M
;^M
cpp = /usr/bin/cpp^M
define = -DFLEX_SPC^M
constraints = all-bonds
integrator = steep ^M
nsteps = 50000
; Energy minimizing stuff^M
emtol = 1500^M
emstep = 0.01^M
nstlist = 1^M
nstcomm = 100^M
ns_type = grid^M
rlist = 0.8 ^M
coulombtype = PME^M
rcoulomb = 0.8^M
rvdw = 0.8
pbc = xyz
fourierspacing = 0.12^M
fourier_nx = 0^M
fourier_ny = 0^M
fourier_nz = 0^M
pme_order = 4^M
ewald_rtol = 1e-5^M
optimize_fft = yes^M
Tcoupl = no^M
Pcoupl = no^M
gen_vel = no^M
~
PR_NVT.MDP-
;^M
; User spoel (236)^M
; Wed Nov 3 17:12:44 1993^M
; Input file^M
;^M
title = Yo^M
cpp = /usr/bin/cpp^M
define = -DPOSRES^M
constraints = all-bonds^M
constraintalgorithm = LINCS^M
integrator = md^M
dt = 0.002 ; ps !^M
nsteps = 50000 ; total 10 ps.^M
nstcomm = 1000^M
nstxout = 1000^M
nstvout = 1000^M
nstfout = 0^M
nstlog = 10^M
nstenergy = 10^M
nstlist = 10^M
ns_type = grid^M
rlist = 0.8
coulombtype = PME^M
rcoulomb = 0.8
rvdw = 0.8
fourierspacing = 0.12^M
fourier_nx = 0^M
fourier_ny = 0^M
fourier_nz = 0^M
pme_order = 4^M
ewald_rtol = 1e-5^M
optimize_fft = yes^M
; Berendsen temperature coupling is on in two groups^M
Tcoupl = V-rescale^M
tc-grps = System ^M
tau_t = 0.1 ^M
ref_t = 300 ^M
; Energy monitoring^M
energygrps = System^M
; Pressure coupling is off^M
Please help me to get out of this .
Thanks in advance.
More information about the gromacs.org_gmx-users
mailing list